A Ramachandran-diagram és a szerkezet minősége
A röntgenadatok nagyobb felbontása általában jobb minőségű háromdimenziós szerkezetet eredményez. A plotokból könnyen látható, hogy egyes régiók sokkal több pontot tartalmaznak, mint mások. Ezeket nevezzük megengedett régióknak, a hozzájuk tartozó szögeket pedig megengedett, vagy kedvező szögeknek (piros és barna régiók). Más régiók kevésbé kedvezőek, és a jó minőségű struktúrákban kevéssé népesülnek be (sárga szín). Ez a sztérikus akadályok következménye – bizonyos forgások a polipeptidlánc körül túl közel hozzák egymáshoz az atomokat, ami sztérikus taszítást eredményez. Emiatt a Ramachandran-diagram a háromdimenziós szerkezetek minőségének fontos mutatójaként szolgál – egy jó minőségű szerkezettől elvárható, hogy minden torziós szöge a diagram megengedett tartományain belül legyen (jobb oldali kép).
Mindenesetre néha jó okkal találhatunk “rossz” torziós szögekkel rendelkező aminosavakat – a kedvezőtlen szögeken belüli egyes maradékok által a szerkezetben létrehozott feszültséget (magas energiát) a fehérje bizonyos célokra felhasználhatja, és funkcionális jelentőséggel bírhat (Pal és Chakrabarti, 2002). Egy másik kivételt az α- és β-régiók körüli klasztereződés elve alól a glicin jelent. A glicinnek nincs oldallánca, ami nagyfokú rugalmasságot tesz lehetővé a polipeptidláncban, hozzáférhetővé téve az egyébként tiltott forgási szögeket. Ezért található a glicin gyakran a hurok régiókban, ahol a polipeptidláncnak éles fordulatot kell tennie. Mint fentebb említettük, a prolin a glicinnel ellentétben a torziós szögeket egy bizonyos értéken rögzíti, amely nagyon közel van a nyújtott β-szálhoz.
elméletileg az α-hélixek és β-lemezek átlagos phi- és psi-értékei -57, -47, illetve -80, +150 körül csoportosulnak. A valós kísérleti szerkezetek esetében azonban ezek az értékek eltérőnek bizonyultak. Hovmöller et al. 2002-es tanulmányában (pdf letölthető) részletesen tárgyalják a φ- és ψ-szögeloszlás finom szerkezetét a Ramachandran-diagramban (ha bejelentkezést kérnek az oldalon, csak töröljék, és akkor is működni fog).