Az Arabidopsisról
- Summary
- History of Arabidopsis thaliana
- Common names for an uncommon weed.
- Geographic distribution of ecotypes and the history of some favourite “lab” strains.
- Arabidopsis növekedési szakaszai és az események idővonala
- 101 mód az Arabidopsis termesztésére
- Az Arabidopsis mint modellorganizmus szerepe és jelentősége
- Genom pillanatkép
- Könyvek a következőkről. Arabidopsis and methods in Arabidopsis research
- Timeline of major events in Arabidopsis research
Összefoglaló Az Arabidopsis thaliana egy kis virágos növény, amelyet széles körben használnak modellszervezetként a növénybiológiában. Az Arabidopsis a mustárfélék (Brassicaceae) családjának tagja, amelyhez olyan termesztett fajok tartoznak, mint a káposzta és a retek. Az Arabidopsis nem bír jelentős agronómiai jelentőséggel, de a genetikai és molekuláris biológiai alapkutatások számára fontos előnyöket kínál. Kattintson az NCBI taxonómiai böngészőjének linkjére az Arabidopsis taxonómiájának megtekintéséhez, vagy tekintse meg a Brassicaceae családot. A Wikipédia bejegyzése is elérhető. Néhány hasznos statisztika: Kis genomot (114,5 Mb/125 Mb összesen) szekvenáltak 2000-ben (SequenceViewer, AGI). Kiterjedt genetikai és fizikai térképek mind az 5 kromoszómáról (MapViewer). Gyors életciklus (kb. 6 hét a csírázástól az érett magvakig). Termékeny magtermelés és könnyű termesztés szűk helyen. Hatékony transzformációs módszerek az Agrobacterium tumefaciens felhasználásával. Nagyszámú mutáns vonal és genomikus erőforrás, amelyek közül sok elérhető az állományközpontokban. Akadémiai, kormányzati és ipari laboratóriumok multinacionális kutatóközössége. Ezek az előnyök az Arabidopsist a virágos növények sejt- és molekuláris biológiájának tanulmányozására szolgáló modellorganizmussá tették.A TAIR összegyűjti és hozzáférhetővé teszi az ezen erőfeszítésekből származó információkat.
Az Arabidopsis thaliana nézete Az Arabidopsis thaliana mint kutatási organizmus története. “Az Arabidopsis thaliana-t Johannes Thal (innen a thaliana) fedezte fel a XVI. században a Harz-hegységben, bár ő Pilosella siliquosa néven nevezte (és azóta számos névváltozáson ment keresztül). A legkorábbi jelentés egy mutánsról (amiről tudomásom van) 1873-ban született (A. Braun által). F. Laibach 1943-ban foglalta össze először az Arabidopsis thaliana mint genetikai modellorganizmusban rejlő lehetőségeket – ő azonban már jóval korábban is dolgozott rajta, 1907-ben publikálta a helyes kromoszómaszámát. Az indukált mutánsok első gyűjteményét Laibach tanítványa, E. Reinholz készítette. Szakdolgozatát 1945-ben nyújtotta be, a munkát 1947-ben publikálta. Langridge az 1950-es években fontos szerepet játszott a szervezet tulajdonságainak és laboratóriumi vizsgálatokra való használhatóságának megállapításában, akárcsak Rédei és mások (például J. H. van der Veen Hollandiában, J. Veleminsky Csehszlovákiában és G. Röbbelen Németországban) az 1960-as években. Rédei egyik fontos hozzájárulása volt, hogy tudományos áttekintéseket írt az Arabidopsisról, egy különösen alapos áttekintés a Bibliographica Genetica vol 20, No. 2, 1970, pp. 1- 151. Egy könnyebben fellelhetőt írt az Ann. Rev. Genet. (1975) vol. 9,111-127. Mindkettő végigveszi az Arabidopsis laboratóriumi felhasználásának korai történetét, bár a hosszabb 1970-esben minden részlet benne van.”
– Elliot Meyerowitz-tól, 1998
Az Arabidopsis közismert nevei Redei szerint, GP. (1992) Egy heurisztikus pillantás az Arabidopsis genetikájának múltjára. In Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Angol nyelven: Wall cress; mouse-ear cress German: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse French: arabette rameuse, arabette des dames Spanish: arabide Dutch: zandraket Danish: gåsemad Norwegian: vårskrinneblom Hungarian: lúdfü Polish: rzodkiewnik Japanese: Arabidopsis ökotípusok és az Arabidopsis földrajzi elterjedése Az Arabidopsis thaliana több mint 750 természetes hozzáférését gyűjtötték össze a világ minden tájáról, és ezek a két nagy vetőmagkészlet-központban, az ABRC-ben és a NASC-ben állnak rendelkezésre. Ezek a hozzáférések meglehetősen változatosak az alak és a fejlődés (pl. levélforma, szőrösödés) és a fiziológia (pl. virágzási idő, betegségekkel szembeni ellenálló képesség) tekintetében. A kutatók világszerte felhasználják a természetes állományok e különbségeit arra, hogy feltárják az összetett genetikai kölcsönhatásokat, például a növények környezetre adott válaszainak és a morfológiai tulajdonságok evolúciójának hátterében álló kölcsönhatásokat. Bár a természetes állományok számos gyűjteménye nem felel meg az ökotípus szigorú meghatározásának, a tudományos szakirodalomban általában ökotípusokként hivatkoznak rájuk. PNG-kép a világméretű elterjedésről (1993, Jonothan Clarke-tól): Ezt az ábrát Jonathan Clarke készítette doktori disszertációjához (1993) Caroline Dean-nál Norwichban (Egyesült Királyság). A térképet George Redei (1969) eredetije alapján, azaz újra rajzolták. Több mint 30 Arabidopsis-ökotípus földrajzi elterjedését (földrajzi hosszúság, szélesség, tengerszint feletti magasság) bemutató világtérkép. Ezt a képet a Torontói Egyetem bocsátotta rendelkezésünkre, és interaktív térképként is elérhető a honlapjukon http://www.bar.utoronto.ca/ Distribution map of Arabidopsis in the USA from the USDA’s Plants Database.A térkép interaktív megtekintéséhez (az államokra kattintva a megyei elterjedés linkjei) és egyéb adatok megtekintéséhez látogasson el a Plants Database honlapjára, és írjon be egy lekérdezést a Scientific Name =Arabidopsis thaliana kifejezésre. Kövesse a linkeket az elterjedés és egyéb linkek megtekintéséhez. A gyakran használt ökotípusok (Landsberg erecta, Columbia és Wassilewskija) eredetére vonatkozó információk a NASC-től. Arabidopsis növekedési szakaszok és időrend Az Arabidopsis Columbia-O ökotípusra meghatározott növekedési szakaszok időtáblázata a Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Nézze meg egy csírázó Arabidopsis magról készült time lapse filmet, 0-tól 65 órával a kiültetés után. Az ökotípus Col-0, a felvételeket 10 percenként készítettük. Ezt a Quicktime filmet Dr. Ronny Joosen (Wageningeni Egyetem) bocsátotta a TAIR rendelkezésére. Tekintse meg az Arabidopsis növekedését bemutató time lapse filmet az ültetés utáni 4 naptól (dap) 22 dap-ig. A Columbia növényeket állandó fényben nevelték egy növekedési kamrában; a felvételeket harminc percenként készítették. Ez a 65 MB méretű Quicktime videó a csírázástól a csávázásig tartó eseményeket öleli fel. Az eredeti videót Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) bocsátotta a TAIR rendelkezésére, és átültette Quicktime formátumba. A Quicktime letölthető innen. Információk az Arabidopsisról mint genetikai modellorganizmusról Arabidopsis mint modellnövény: az NSF és a MASC jelentése. Arabidopsis – A Plant Genome Project, az amerikai Nemzeti Tudományos Alapítvány Nifty50 projektjének egyike. Az Arabidopsisról szóló könyvek Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel and Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Az Arabidopsis átfogó,részletes laboratóriumi kézikönyve, amely tartalmazza a növény növekedésével, genetikai elemzésével, proteomikájával és genomikájával foglalkozó fejezeteket. The Arabidopsis Book Chris Somerville és Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Az Arabidopsis biológiájának webalapú dinamikus kompendiuma. A szakterületük szakértői által írt fejezetek on-line és ingyenesen elérhetőek portable document format (PDF) dokumentumként. Arabidopsis : Gyakorlati megközelítés. (2000) Zoe Wilson szerk. Oxford University Press, Oxford, Egyesült Királyság. További protokollok és módszerek Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson és Jeremy Roberts, szerk. CRC Press, Boca Raton, FL, USA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, szerk. CSHL Press, New York, USA. Az Arabidopsis elég átfogó áttekintése Arabidopsis : an Atlas of Morphology and Development. (1993) John L. Bowman szerk. Springer-Verlag, Berlin & New York. Képek és leírások normál és mutáns Arabidopsis növényekről Methods in Arabidopsis research. (1992) Koncz Csaba, Nam-Hai Chua, Jeff Schell szerk. Protokollok és módszerek Arabidopsis kutatók számára Idővonal 2005: A TAIR első genom kiadása (TAIR 6.0 verzió, 2005. november). 2004: A TIGR Genome végleges kiadása (TIGR 5.0 verzió, 2004. március). 2003: TIGR 4.0 Genome kiadás (2003. jún.). 2001: Fokozott hangsúly a funkcionális és összehasonlító genomikára, NSF2010 program. 2000: A genomszekvencia befejezése. 1999: Elérhetők a DNS-chipek és a microarrayk. 1999: A II. és IV. kromoszóma szekvenálása . 1998: Az Arabidopsis megjelenik a Science genom témájú számában . 1997: Az összes kromoszóma fizikai térképe elkészült. 1996: Arabidopsis Genom Kezdeményezés megszervezése. 1995: Standard BAC és P1 könyvtárak létrehozása. 1994: megkezdődtek a cDNS-szekvenálási erőfeszítések. 1993: Nagy hatékonyságú transzformáció létrehozása. 1992: Az első kromoszómaséta közzététele. 1991: Állományközpontok és adatbázis létrehozása. 1990: Arabidopsis Genom Projekt kezdeményezése. 1989: Az első T-DNS-jelölt mutáns gén klónozása. 1988: Az első RFLP kromoszómatérkép közzététele. 1988: Elektronikus Arabidopsis hírcsoport létrehozása. 1986: Az első Arabidopsis génszekvenciák közzététele. 1986: Agrobacteriummal történő transzformációról számoltak be 1985: Először népszerűsítik a molekuláris genetika modelljeként. 1984: A genom mérete és összetettsége jellemezhető. 1983: Az első részletes genetikai térkép közzététele. 1980: Megnövekedett érdeklődés az Arabidopsis felhasználása iránt a növényi biokémia, fiziológia és fejlődés tanulmányozására. 1976: Második nemzetközi Arabidopsis-konferencia. 1970: Az első nagyobb áttekintő cikk megjelenése. 1965: Nemzetközi Arabidopsis Konferencia. 1964: Az első Arabidopsis hírlevél megjelenése.