2004 márciusában a szigeti róka négy alfaját minősítették szövetségi szinten védett, veszélyeztetett fajnak: a Santa Cruz szigeti rókát, a Santa Rosa szigeti rókát, a San Miguel szigeti rókát és a Santa Catalina szigeti rókát. 2013-tól az IUCN az egész fajt a veszélyeztetettséghez közeli kategóriába sorolja, ami javulást jelent a korábbi “súlyosan veszélyeztetett” státuszhoz képest. A szigetrókapopulációk csökkenését az 1990-es években állapították meg. A San Miguel-szigeten a csökkenés 1994-ben kezdődött, és a populáció 450 felnőtt egyedről 1999-re 15-re csökkent. Hasonló állománycsökkenést tapasztaltak Santa Cruz szigetén is. A Santa Cruz-szigeten a populáció az 1994-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 2000-es 1000 felnőtt egyedről kevesebb mint 135-re csökkent, a Santa Rosa-szigeten pedig, ahol a rókák száma 1994-ben több mint 1500 lehetett, 2000-re 14 egyedre csökkent. 2004-ben 38 San Miguel-szigeti róka volt fogságban; 46 róka volt fogságban a Santa Rosa-szigeten és hét vadon élő (az aranysas-ragadozók megakadályozták a fogságban tartott rókák szabadon engedését); a Santa Cruz-szigeten 25 fogságban tartott róka és egy stabil, körülbelül 100 rókából álló vadon élő populáció volt.
A magas elhullási arányok okának az aranysas-ragadozók bizonyultak, amelyeket a rókák rádiókészülékkel történő megjelölése és megfigyelése során fedeztek fel. Dr. Lyndal Laughrin, a Kaliforniai Egyetem Santa Cruz-szigeti rezervátumának munkatársa által gyűjtött adatok szerint az aranysas az 1990-es évek előtt ritka látogatója volt a Csatorna-szigeteknek, és az első aranysasfészket 1999-ben jegyezték fel a Santa Cruz-szigeten. A biológusok szerint a sas az 1960-as években, a kopaszfejű sas visszaszorulása után vonzódhatott a szigetekre. Az aranysas a kopaszsas helyébe lépett, és vaddisznókkal kezdett táplálkozni, miután a helyi kopaszsas-populáció az 1950-es években a DDT-nek való kitettség miatt elpusztult – a kopaszsas elriasztotta volna az aranysast attól, hogy megtelepedjen a szigeteken, miközben halakkal táplálkozott.
A vaddisznókat Santa Rosán a Nemzeti Parkszolgálat az 1990-es évek elején kiirtotta, és ezzel megszüntette az aranysas egyik táplálékforrását. Az aranysas ezután a szigeten élő rókapopulációra kezdett vadászni. A vaddisznókat a Santa Cruz-szigeten, valamint a szarvasokat és jávorszarvasokat a Santa Rosa-szigeten közel 70 évvel a rókák visszaszorulása előtt telepítették be, ezért az aranysas valószínűleg nem ezeket az állatokat kereste alternatív zsákmányként. Ez valószínűleg a látszólagos versengésnek nevezett folyamat eredményeként következett be: e folyamat során egy ragadozó, mint például az aranysas, legalább két zsákmánnyal táplálkozik, például a szigetrókával és a vaddisznókkal. Az egyik zsákmányállat alkalmazkodott a nagy ragadozói nyomáshoz, és támogatja a ragadozó populációt (pl. a sertések), míg a másik zsákmányállat (pl. a szigeti róka) rosszul alkalmazkodott a ragadozáshoz, és a ragadozói nyomás következtében csökken. Az is felmerült, hogy az aranysasok teljes eltávolítása lehet az egyetlen olyan intézkedés, amely a szigeti róka három alfaját megmentheti a kihalástól. A Santa Cruz-szigeten élő sertéseket azonban a természetvédelmi szervezet arra hivatkozva irtotta ki, hogy azok a sasokat a rókákhoz csalogatták.
A behurcolt betegségek vagy paraziták pusztíthatják a szigeti rókaállományokat. Mivel a szigeti róka elszigetelt, nincs immunitása a szárazföldről behurcolt parazitákkal és betegségekkel szemben, és különösen sebezhetőek azokkal szemben, amelyeket a házi kutya hordozhat. Az 1998-ban kitört szopornyica-járvány a Santa Catalina-szigeti rókák mintegy 90%-át elpusztította, így a populáció 1300-ról 103-ra csökkent 2000-re. A Catalina-szigeti rókák szopornyica elleni védelmére oltási programot indítottak. A rókák többéves gondos csapdázása és szopornyica és veszettség elleni oltása után a rókák populációja 2015-ben elérte az 1717-et, ami meghaladta a betegség előtti, körülbelül 1300-as populációt. A tudósok úgy vélik, hogy a szopornyica vírust egy házi kutya vagy egy mosómedve hurcolta be a szárazföldről, amely hajóra vagy uszályra szállt. A betegség kockázatának kiküszöbölése érdekében a Channel Islands Nemzeti Parkban nem engedélyezett a háziállatok tartása.
A rókapopulációra negatívan hatott a csökkent táplálékellátás és az élőhely általános romlása a betelepített emlősfajok miatt, beleértve a vadmacskákat, sertéseket, juhokat, kecskéket és az amerikai bölényt, utóbbit az 1920-as években egy westernfilmet forgató hollywoodi filmstáb hozta be a Catalina-szigetre.
A rókák veszélyeztetik a San Clemente-szigeten élő, súlyosan veszélyeztetett San Clemente-szigeti rókakölyök populációt. A sziget rókapopulációját negatívan befolyásolta a csapdázás és a rókáknak az Egyesült Államok haditengerészete általi eltávolítása vagy elaltatása. 2000 óta a haditengerészet különböző kezelési stratégiákat alkalmazott: a rókák csapdába ejtése és tartása a rókák szaporodási időszakában, elektromos kerítésrendszer telepítése a rókák élőhelyei köré, valamint sokkoló nyakörvrendszerek használata. A San Clemente-szigeti rókapopuláció fokozatos helyreállásával a haditengerészet már nem ellenőrzi a rókákat.
A Santa Cruz-szigeti rókák, a San Miguel-szigeti rókák és a Santa Rosa-szigeti rókák populációi drámai módon emelkedtek a 2000-es mélypontról, amely a Santa Cruz-szigeti rókák esetében 70, a San Miguel- és a Santa Rosa-szigeten pedig 15 volt. A Catalina Island Conservancy fogságban tenyésztési programot folytat a Catalina-szigeten. 2012. szeptember 14-én az Egyesült Államok Hal- és Vadvédelmi Szolgálata közzétette a San Miguel-szigeti róka, a Santa Rosa-szigeti róka, a Santa Cruz-szigeti róka és a Santa Catalina-szigeti róka helyreállítási tervezetét. 2012-re a Catalina-szigeti természetvédelmi szervezet megállapította, hogy a Santa Catalina-szigeti rókák száma 1500 volt, és a populáció stabil. A Friends of the Island Fox nevű csoport szerint 2015-ben 520 őshonos róka élt San Miguel szigetén és 874 Santa Rosa szigetén. A Santa Cruz-szigeten a rókák száma 1750-re emelkedett. Az Egyesült Államok Hal- és Vadvédelmi Szolgálata a veszélyeztetett fajokról szóló törvény jelentős sikere nyomán javasolta a Santa Cruz, San Miguel és Santa Rosa szigeti rókák törlését a jegyzékből. Ugyanakkor azt javasolják, hogy a Santa Catalina-szigetet minősítsék át a veszélyeztetettről a veszélyeztetettre, mivel ezen a sűrűn látogatott szigeten a betegségek veszélyeztetik.
A San Nicolas és a San Clemente szigeten élő két másik alfaj nem veszélyeztetett. San Nicolason 263, San Clementén pedig 1230 róka élt.
Mivel a Csatorna-szigetek szinte teljes egészében a Catalina Island Conservancy, a The Nature Conservancy vagy a szövetségi kormány tulajdonában és ellenőrzése alatt állnak, a rókának esélye van arra, hogy megkapja a szükséges védelmet, beleértve az érdekelt tisztviselők folyamatos felügyeletét anélkül, hogy az emberi beavatkozás folyamatos veszélye fenyegetné az élőhelyét.
A róka azért nem maradt fenn az Anacapa-szigeten, mert nincs megbízható édesvízforrása; a Santa Barbara-sziget túl kicsi ahhoz, hogy egy életképes rókapopuláció táplálékigényét kielégítse.
Rene Vellanoweth régész úgy véli, hogy a beltenyésztési depresszió kezelhető a különböző szigeti róka-alfajok populációinak keverésével, ahogyan azt az őslakosok tették: szigetről szigetre vitték őket, nagyobb genetikai változatosságot teremtve és segítve a helyreállást.