Azokon a területeken, ahol nincs öntözés, a növényvilág különböző zónáit nagyjából a csapadék mennyisége szerint lehet felosztani.
Trópusi esőerdők találhatók a Nílus-Kongó-szakadék mentén, a Tó-fennsík egyes részein és Etiópia délnyugati részén. A hőség és a bőséges csapadék sűrű erdőket eredményez, amelyekben a trópusi fák és növények, köztük az ébenfa, a banán, a gumi, a bambusz és a kávécserje nagy választékát találjuk. Vegyes erdő- és gyepterület (szavanna), amelyet közepes magasságú, vékony lombozatú fák ritkás növekedése, valamint fű és évelő füvek talajborítása jellemez, a Tó-fennsík nagy részén, az Etióp-fennsík egyes részein, a Kék-Nílust szegélyező területen Al-Ruṣayriṣ közelében és az Al-Ghazāl folyó déli részén fordul elő.
A szudáni síkságon vékony bozót, tövises fák és nyílt gyepek keveréke uralkodik. Ez a terület az esős évszakban mocsaras, különösen a Dél-Szudán középső részén található Al-Sudd régióban, amelynek területe közel 100 000 négyzetmérföld. A növényzetben ott papirusz, magas bambuszszerű füvek, nádi muskátli ambatch vagy turor, vízisaláta, a convolvulus egy faja és a dél-amerikai vízijácint található.
Az északi szélesség 10°-ától északra egy tövises szavanna- vagy gyümölcsösbokor-övezet található, amelyet kis elszórt faállományok, tövisbokor, és – eső után – fűfélék és gyógynövények jellemeznek. Ettől északra azonban a csapadékmennyiség csökken, és a növényzet elvékonyodik, így a tájat kis tüskés cserjék, főként akácok tarkítják. Khartumtól északra igazi sivatag van, ahol kevés és rendszertelenül hullik a csapadék, és néhány satnya bokor kivételével egyáltalán nincs állandó növényzet. Eső után a vízelvezető vonalak mentén elszórtan előfordulhatnak fűfélék és apró fűszernövények, de ezek néhány hét alatt elpusztulnak. Egyiptomban a Nílus melletti növényzet szinte teljes egészében az öntözés és a földművelés eredménye.
A Nílus rendszerben számos halfaj megtalálható. Az alsó nílusi rendszerben találhatóak közül kiemelkedik a nílusi sügér (amely elérheti a 175 fontot meghaladó súlyt), a bolti (a Tilapia egyik faja), a sügér, több harcsafaj, az elefántorrú hal és a tigrishal vagy vízi leopárd. E fajok többsége, valamint a szardíniaszerű Haplochromis, a tüdőhal és az iszaphal egészen a Viktória-tóig megtalálható. A közönséges angolna egészen Khartoumig hatol délre, a tüskés angolna pedig a Viktória-tóban található.
Kifejezetten az Encyclopædia Britannica számára festette Tom Dolan, Loren P. felügyeletével. Woods, Chicagói Természettudományi Múzeum
A nílusi krokodil, amely a folyó legtöbb részén megtalálható, még nem hatolt be a Nílus felső medencéjének tavaiba. A Nílus medencéjében található egyéb hüllők közé tartozik a lágyhéjú teknős, a monitorgyík három faja és mintegy 30 kígyófaj, amelyeknek több mint a fele mérges. A víziló, amely egykor az egész Nílus-rendszerben elterjedt volt, ma már csak az Al-Sudd régióban és délen fordul elő.
© Digital Vision/Getty Images
Az egyiptomi Nílus vizében az árvíz idején táplálkozó halrajok száma az asszuáni nagy gát építése óta csökkent vagy eltűnt. A legtöbb nílusi halfaj vándorló hal volt, és a gát sokukat megakadályozta abban, hogy a Nasszer-tóba vándoroljanak. A Földközi-tenger keleti részén élő szardellák számának csökkenését szintén a vízből kiáramló tápanyagok gát miatti komoly csökkenésének tulajdonítják. A Nasszer-tó azonban kereskedelmi célú halászattá fejlődött, ahol a nílusi sügér és más fajok is jól érzik magukat.