A migrén és a funkcionális gasztrointesztinális zavarok közötti összefüggést számos klinikai megfigyelés és epidemiológiai vizsgálat igazolta. A legtöbb betegnél a migrénes rohamok során a különböző neurológiai és vaszkuláris tünetek mellett gasztrointesztinális zavarok jelentkeznek, beleértve a hányingert, hányást, hasi fájdalmat vagy hasmenést. Migrénes betegeknél a rohamok közötti időszakokban is beszámolnak funkcionális gasztrointesztinális zavarokról, például irritábilis bél szindrómáról (IBS). Másrészt az IBS-betegek 23-53%-ának gyakori a fejfájása. A migrén és az IBS gyakran együtt jár fibromyalgiával és más krónikus fájdalom szindrómákkal és funkcionális zavarokkal. A migrén és az IBS az általános népesség körülbelül 10-20%-át érinti, általában fiatal felnőtteket. Mindkét betegség gyakoribb a nők körében, talán az ösztrogénnek a patogenezisben játszott szerepe miatt. Az IBS és a migrén közös patogenetikai mechanizmusait keresve az agy-bél tengely, a neuroimmun és a neuroendokrin kölcsönhatások szerepét vizsgálják. Úgy tűnik, hogy a stressz hatása a tünetek előfordulására és súlyosságára a hipotalamusz-hipofízis-mellékvese tengely hiperaktivitásával függ össze. Az enterális idegrendszer mint számos neurotranszmitter és zsigeri reflex forrása plauzibilis közös patogén kapcsolat az IBS és a migrén között. Különösen a szerotonin, mint a gasztrointesztinális traktus fő neurotranszmittere játszik fontos szerepet az IBS és a migrén patogenezisében. Napjainkban a szerotoninerg receptorok agonistái és antagonistái a leghatékonyabb gyógyszerek az IBS és a migrén terápiájában. A migrén kezelésében alkalmazott triptánok, 5-HT(1B/D) agonisták egyes mellékhatásai a triptánoknak a gasztrointesztinális funkciókra gyakorolt hatásával hozhatók összefüggésbe. A migrén és az IBS közötti kapcsolat jobb megértése mindkét betegség hatékonyabb kezelését eredményezheti.