Kromofór, egy szerves molekula részét képező atomok és elektronok olyan csoportja, amely a molekula színeződését okozza.
A kémiai vegyületek szerkezeti jellemzői és színei közötti összefüggéseket körülbelül 1870 óta keresik, amikor megfigyelték, hogy a kinonok és az aromás azo- és nitrovegyületek gyakran erősen színezettek, és hogy a vegyületek hidrogénezésekor a színek csökkennek vagy megsemmisülnek. Egy vegyületnek a hidrogén felvételére való képességét, az úgynevezett telítetlenséget, olyan elektronok jelenléte okozza, amelyek nem kötődnek erősen kovalens kötésekben egyes atompárok között, hanem nagyobb térrészeket (molekulapályákat) foglalnak el, amelyek több atomhoz is kapcsolódhatnak. Ezek az elektronok a látható tartományban egy bizonyos hullámhossz-tartományban képesek elnyelni a fény energiáját; a fény maradék részének transzmissziója vagy visszaverődése adja a vegyület megfigyelt színét. Mély színeződés akkor keletkezik, ha több kromofór szorosan kapcsolódik egy molekulában, vagy ha egy másik csoport, az úgynevezett auxokróm is jelen van.