RevcoEdit
Egy új partnerrel, Bernard Mardennel, és a nagykereskedőként megszerzett készségeit kihasználva megalapította az Odd Lot Trading nevű céget, amely a leárazott termékek nagy- és kiskereskedelme volt. 1984 májusában eladták az Odd Lot-ot a Revco Discount Drug Stores-nak a Revco részvényeinek 12%-áért cserébe. Hamarosan kihívta a Revco vezetőségét a vállalat irányításáért, de a kezdeti pozitív visszajelzések után elutasították. Perlmutter és társa ellenséges felvásárlással fenyegetőzött, de végül elálltak ettől, és 120 millió dollárért visszaadták részesedésüket a Revcónak.
ColecoEdit
Perlmutter szoros kapcsolatban állt a játékgyártó Coleco Entertainment Corporation vezetőségével, mivel egy ideje eladatlan készleteket vásárolt tőlük. Az iparágra jellemző módon a fizetési feltételek gyakran szokatlanok voltak. A Colecónál Perlmutter 50% készpénzért és 50% “barter reklámhitelért” (lényegében a Coleco jövőbeli reklámköltségeinek kifizetésére tett ígéret) cserébe vásárolt eladatlan készletet. Négy év alatt Perlmutter 144 millió dollárnyi árut kapott, és 73 millió dollárt fizetett készpénzben, valamint 71 millió dollárt biztosított a jövőben fizetendő barter reklámkreditekben.
1988-ban meglátta a lehetőséget, mivel a Coleco a személyi számítógép megjelenése miatt, amely hatással volt a videojátékok értékesítésére, adósságokkal küzdött. Perlmutter 50 millió dollárért, azaz jelentős árengedménnyel megvásárolta a Coleco összes elsőbbségi adósságát (85 millió dolláros névértékkel), így csőd esetén a kötvénytulajdonosok rangidősévé vált. Bár Perlmutter úgy vélte, hogy a Coleco csődje valószínűsíthető, úgy vélte, hogy a Coleco eszközeinek értékének elegendőnek kell lennie ahhoz, hogy fedezze az általa megvásárolt 85 millió dollár értékű teljes összeget. 1988 júliusában a Coleco 11. fejezet szerinti csődeljárást jelentett be. A kötvénytulajdonosok, akik gyanakodtak Perlmutter és a Coleco vezetőségének szoros kapcsolata miatt, beperelték Perlmuttert a barter reklámhitelek (amelyek igen jelentős tételt képeztek a Coleco mérlegében) csalárd átruházására hivatkozva. Kiterjedt tárgyalások után egyezség született, amelynek értelmében a Coleco-t 85 millió dollárért eladják a Hasbro Corporationnek, Perlmutter pedig 64 millió dollárt fogad el az immár 90 millió dolláros követeléséért (tőke plusz kamatok), cserébe a per visszavonásáért.
RemingtonEdit
1994-ben Victor Kiam eladta a Remington Products irányító részesedését Isaac Perlmutter-nek. Perlmutter lett a Remington alelnöke. Kiam és Perlmutter 1996-ban eladta a Remingtont a Vestar Capital Partnersnek.
MarvelEdit
Isaac Perlmutter 1993 áprilisától a Marvel Comics igazgatótanácsának tagja volt, és 1995 márciusáig az igazgatótanács elnöke volt.
Isaac Perlmutter Avi Araddal a Toy Biz (később Marvel Toys) társtulajdonosa is volt, miután 1990 januárjában megvásárolta a cég elődjét a Charan Industries-tól. A Toy Biz, Inc. átszerveződött a Marvel-üzletben, Perlmutter továbbra is az eredeti Toy Biz, Inc. tulajdonosa maradt, amelyet Zib, Inc. névre kereszteltek át. A Zib birtokolta külföldi értékesítési leányvállalatát, a Toy Biz International Ltd.-t, egy hongkongi vállalatot és Perlmutter részesedését az új Toy Biz, Inc.-ben.
Amikor a Marvel csoport 1996-ban csődbe ment, hosszas jogi csatározások következtek a vállalat irányításáról Perlmutter, Arad, Carl Icahn és Ronald Perelman között. 1997-re Perlmutter és Arad átvette az irányítást a vállalat felett, kiszorítva Icahnt és Perelmant. A ToyBiz és a Marvel 1998 júniusában a csődből való kilábalás érdekében egyesült a Marvel Enterprises-szal, a ToyBiz pedig az új vállalat részlegévé vált.
2001. november 30-án Perlmutter lett a Marvel alelnöke. A Marvel Comics vezérigazgatója 2005. január 1-jén lett. A Marvel Entertainment vezérigazgatója maradt, még azután is, hogy a The Walt Disney Company 2009. december 31-én felvásárolta a Marvelt. Bár Perlmutter 800 millió dollár készpénzt és 590 millió dollár Disney-részvényt kapott a felvásárlás után, nem akart helyet kapni a Disney igazgatótanácsában.
2015 szeptemberében Perlmutter felhagyott a Marvel Studios fejlesztésének felügyeletével. A Disney úgy vélte, hogy a stúdió vezetőjének, Kevin Feige-nek közvetlenül a The Walt Disney Studios elnökének, Alan Hornnak kell jelentenie, így a Disney összes filmes tulajdona, beleértve a Pixart és a Lucasfilmet is, egy irányítási struktúra alá került. Az átszervezés oka állítólag Feige “frusztrációja” volt a Perlmutterrel való munka miatt, valamint Perlmutter néhány állítólagos ellentmondásos megjegyzése és intézkedése miatt, mint például az, hogy Terrence Howardot James Rhodes szerepében Don Cheadle-re cserélte le, mert a feketék “ugyanúgy néznek ki”. Egy, a kreatív szemléletét ismerő személy azt mondta: “Ike Perlmutter nem diszkriminál és nem törődik a sokszínűséggel, csak azzal törődik, amiről úgy gondolja, hogy pénzt hoz.” Jeph Loeb, aki a Marvel Televisiont és a Marvel Cinematic Universe televíziós tulajdonságait felügyeli, 2019-ig még mindig Perlmutter-nek jelentett.