A hypogeum korai példája a krétai Knósszosz minószi bronzkori lelőhelyén található. Hogan megjegyzi, hogy ez a föld alatti boltozat méhkas alakú volt, és a puha sziklába vájt. A máltai Paolában található Ħal Saflieni Hypogeum a legrégebbi példa egy őskori hypogeumra, a legkorábbi fázis i. e. 3600-3300-ra datálható; ez egy földalatti kamrákból, termekből és folyosókból álló komplexum, amely három szinten mintegy 500 m2-en terül el, részben faragott, templomépítészetet utánzó módon, és kiterjedt őskori művészeti alkotásokat tartalmaz. A ciprusi Larnakában – a Lefkaritis-sírt 1999-ben fedezték fel.
Hipogénákat találtak a dinasztikus Egyiptomban is, például az északi Mazghuna-piramisnál, a déli Mazghuna-piramisnál és a déli, déli Szakkara-piramisnál. Az ókori Palmürában található hipogénák szoborszerű portré-domborműveket viselő táblákkal lezárt loculákat és szarkofágokat tartalmaztak, amelyek fedelén szoborszerű családi lakoma-jelenetek voltak.
A későbbi keresztények hasonló földalatti szentélyeket, kriptákat és sírokat építettek, amelyeket katakombáknak neveztek. De ez csak az elnevezésben volt különbség, nem pedig a célban és a rituálékban, és a régészeti és történelmi kutatások azt mutatják, hogy gyakorlatilag ugyanazok voltak. Werner Jacobsen írta:
Mint más nagyravágyó rómaiak, a harmadik és negyedik századi püspökszenteket általában a városaik falain kívüli temetőkben lévő hipogénákban temették el; gyakran csak a sírjaiknál történt csodák késztették utódaikat arra, hogy korszerűbb kialakításokat fogadjanak el. Dijonban a szentet és Benignus püspököt (megh. 274 körül) egy nagy szarkofágban, a római temetőben lévő kamrasírban temették el. A hatodik századra a sír már régóta romlásnak indult, és még Langres-i Gergely püspök is pogánynak tartotta.