1959-ben William Morgan a Morgan Marine hajóépítő cégtől, a New York-i George-tónál található Silver Bayből származó hajóépítő cégtől megvásárolta a Hacker-Craft nevet azzal a céllal, hogy felelevenítse a cég történelmi örökségét.
A Morgan Marine jelentős szerkezeti és mérnöki módosításokat végzett. A Hacker számára elérhetetlen új technológiák alkalmazása lehetővé tette a hajók néhány finom, de fontos módon történő javítását. Ahol a Hacker 110 lóerős (82 kW) motorokat használt, a Morgan Marine 350 lóerős (260 kW) vagy 454 lóerős (339 kW) Crusader motorokkal tudta meghajtani ezeket a hajótesteket, amelyek képesek voltak meghaladni az 50 mérföld/órás sebességet. E továbbfejlesztett motorok befogadásához a Morgan Marine-nak erősebbé kellett tennie a támasztékokat, mint amilyeneket az eredeti tervekben használtak. A Morgan legnagyobb eredménye azonban a Hacker Crafts kezelhetőségének javítása volt. Ha a régi Hackereket csúcssebességgel hajtották, az orr megemelkedhetett, és eltakarta a vezető kilátását. Az alsó kialakítás átdolgozásával Morgan biztosította, hogy a hajó vízszintesebben maradjon a vízben.
Ebben az időben az eredeti szerelvények közül sok elveszett, és ahol szükséges volt, új homoköntvényeket készítettek a hardverekhez. Miközben Morgan a hagyományos kézműves munka nagy részét megtartotta, a technológia fejlődésének engedve számos jelentős javítást hajtott végre a régi tervekhez képest: Az eredeti egyetlen kipufogó helyett kettős kipufogó, a nagyobb motorteljesítmény érdekében; rozsdamentes acél szerelvények és vasalatok használata mindenütt, hogy a lyukadás többé ne jelentsen problémát; a legkorszerűbb epoxi burkolási és ragasztási technikák; háromszoros deszkafenék, amely teljesen epoxival van bevonva; epoxival telített dupla deszkázott oldalak és fedélzet; 25%-kal több keret; kétszer annyi padlófa; akár 18 réteg lakk; megújuló forrásból származó hondurasi mahagóni használata; új, továbbfejlesztett kormányzás a nagyobb manőverezhetőség érdekében; és laminált szélvédők kék vagy zöld árnyalatokkal.
2004-ben Robert Wagemann megvásárolta a céget William Morgantól. 2008-ban a George Badcock’s Erin Investments többségi részesedést szerzett a vállalatban Robert Wagemanntól. Ezt követően a vállalat egy 32 000 négyzetméteres gyártóüzemet nyitott Ticonderogában, a kapacitás növelése érdekében áthelyezve a termelést Silver Bayből oda. 2011-ben az Erin Investments megszerezte a vállalat teljes tulajdonjogát.
Az új gyártóüzem mellett a vállalat George-tó partján lévő főhadiszállását, amely egyben egy teljes körű szolgáltatást nyújtó kikötő helyszíne is, egy új, négy hajó bemutatására alkalmas bemutatóteremmel korszerűsítették. A központi irodákat és az összes raktár- és szervizépületet felújították/felújították. A kampuszt parkosították és a parkolási területeket korszerűsítették.
2011-ben a Hacker-Craft a Marks & Spencer (UK), a Tommy Hilfiger és a Nautica számára készült TV- és katalógusfotókon szerepelt.
2011-ben az egyedi tervezésű Neiman Marcus Edition Hacker-Craftot a legendás Neiman Marcus Christmas Book katalógusban “fantáziaajándéknak” választották.
2012-ben a Tommy Bahamával való partnerség eredményeként egy egyedi tervezésű modell, a Tommy Bahama Edition Hacker-Craft (TBE) született.
2015-ben a vállalat bevezetett egy limuzin jacht tendert, és meghatalmazott képviselőnek a Sierra Boat Company-t (Tahoe-tó, Nevada) és a Wawasee Boat Company-t (Syracuse, Indiana) nevezte ki.
2017-ben a vállalat a thaiföldi székhelyű Classic Boats Lifestyle, Ltd. (CBL) hivatalos raktárkereskedőjévé.
2019-ben egy Hacker Craft csónak szerepelt a Netflix Ozark című sorozatának második évadában.