A FFPE szövetek tárolása
A FFPE minták kórházakban, biobankokban és kutatóközpontokban tárolhatók. A tároló létesítmények gyakran nyilvántartást vezetnek a szövetek gyűjtésének módjáról, a megőrzési eljárásokról és a donor demográfiai adatairól (például, de nem kizárólagosan: származás, időtartam, életkor, etnikai hovatartozás, nem és a betegség stádiuma). A demográfiai információk fontos tényezőt jelentenek a kutatásban és a klinikai vizsgálatokban. A megfelelően tartósított FFPE minták nagyon értékesek, és szobahőmérsékleten hosszú ideig tárolhatók.
Alkalmazások
Az FFPE minták fontosak, mivel gyakran használják őket:
a) Immunhisztokémia
A metszett FFPE mintákat tárgylemezre rögzítik, antitesteket tartalmazó oldatban fürdetik, majd megfestik, hogy jobban láthatóak legyenek. Ez a módszer fontos az orvosok és kutatók számára, akik patológiát keresnek a szövetekben, például Alzheimer-kór vagy rák esetén.
b) Onkológia
Az FFPE-minták létfontosságúak az onkológia területén, mivel a tumorszövetek jellegzetes morfológiával rendelkeznek, ami lehetővé teszi a kutatók számára bizonyos fehérjék keresését. Ezeket a fehérjéket aztán felhasználják a kezelés és a diagnózis értékeléséhez.
c) Hematológia
A vér és rendellenességeinek vizsgálatában az FFPE-minták fontosak az anomáliák meghatározásában és a gyógymódok felfedezésében. A minták felhasználhatók a szövetregenerációval, a genetikával és a toxikológiával kapcsolatos vizsgálatokban.
d) Immunológia
Az autoimmun betegségben szenvedő donorból származó FFPE-minták segítenek az okok meghatározásában és az állapot terápiájának kidolgozásában.
Komplikációk vagy korlátozások
A formalinnal történő rögzítési folyamat egyik lehetséges korlátja a szövetben lévő fehérjék esetleges denaturációja, ami az antitestek számára kimutathatatlanná teszi őket. Ennek a problémának a kompenzálására antigén-visszanyerő technikákat fejlesztettek ki. Az antigén-visszanyerő technika kifejezetten az FFPE mintákból nyeri vissza a DNS-t, az RNS-t és a fehérjéket. Ahhoz, hogy ez a módszer működjön, az FFPE-minták minősége kritikus. Az is probléma, hogy nincs szabványos eljárás, amelyet az analízist megelőző feldolgozás során alkalmazni kellene, mint például a fixálás és a DNS-izolálás. Ez azt jelenti, hogy a kisebb különbségek, például az eszközök eltérő használata, a minták kezelése és a módszertan eltéréseket eredményezhetnek, amelyek befolyásolják a DNS minőségét és a vizsgálati eredményeket. Néhány olyan tényező, amelyről megállapították, hogy befolyásolja az FFPE-mintákból származó vizsgálati eredményeket, a következő:
-
A rögzítési protokoll pontatlan naplózása
-
A rögzítési idő változása
-
Hőmérséklet a rögzítés során. fixálás
-
Az FFPE-minták tárolási körülményei
Minőségi ellenőrzés
Az FFPE-minták legmagasabb minőségének biztosítása, azoknak, akik ezeket a mintákat gyűjtik és tárolják, a következőket kell tenniük:
-
Az etikai és jogi normák betartása.
-
Tartsanak egyértelmű és pontos nyilvántartást a donorokról.
-
Tájékoztatást nyújt a mintavétel és a gyűjtés folyamatáról
-
A minták gyűjtése során engedéllyel rendelkező patológus felügyelete alatt áll
-
Teljes felügyeleti láncot vezet
-
Kizárólag az alábbiakkal dolgozik gondosan kiválasztott forgalmazói hálózattal, amely következetesen kiváló minőségű és pontos mintákat biztosít
Frissfagyasztott szövetek
A frissen fagyasztott szövetek olyan minták, amelyeket folyékony nitrogénnel, az úgynevezett “gyorsfagyasztás” módszerével tartósítanak. Ezeket a mintákat ezután -80 Celsius-foknál alacsonyabb hőmérsékletre beállított fagyasztóban tárolják. A frissen fagyasztott szöveteknek más alkalmazási területei vannak, mint az FFPE mintáknak, mivel felhasználhatók natív morfológiai vizsgálatokhoz vagy molekuláris elemzésekhez is.
FFPE minták kontra frissen fagyasztott szövetek
AFFPE és a frissen fagyasztott szöveteknek megvannak az előnyei és hátrányai. Két különböző mintatípusról van szó, amelyek a kutatás vagy klinikai vizsgálat követelményeitől függően eltérő módon használhatók.
-
AFFPE blokkok nagyon kemények, és könnyen tárolhatók szobahőmérsékleten évtizedekig, speciális berendezések nélkül, így ez a szövetmintatípus nagyon költséghatékony.
-
A tárolásával járó egyszerűség miatt nagy mennyiségű FFPE minta áll a kutatók rendelkezésére.
-
AFFPE mintákat évtizedek óta használják, így a patológusok számára hihetetlenül ismerős.
-
A frissen fagyasztott szövetek sokkal alkalmasabbak a natív fehérjék, a polimeráz láncreakció és az új generációs DNS-szekvenálás elemzésére.
-
A frissen fagyasztott szövetek biztosítják a DNS, az RNS és a natív fehérjék megőrzését.
-
A frissen fagyasztott szövetek tárolásához speciális berendezésekre van szükség. Ez azt jelenti, hogy a mechanikai meghibásodás, az áramkimaradás és a gondatlanság befolyásolhatja a minták minőségét.
1) Ward T. Az FFPE minták megfelelő formalin fixálásának fontossága. Personalis. Hozzáférés 2018. 6/19. https://www.personalis.com/importance-proper-formalin-fixation-ffpe-specimens/
2) Doiron L. 5 minőségellenőrzési szabály a rákos szövetbankok számára. Folio Conversant. Hozzáférés: 2018. 6/19. http://www.conversantbio.com/blog/bid/339034/5-Quality-Control-Rules-for-Cancer-Tissue-Banks
3) FFPE vs. fagyasztott szövetminták. BioChain. Hozzáférés 2018. 6/19. https://www.biochain.com/general/ffpe-vs-frozen-tissue-samples/
4) Mi az FFPE szövet és milyen felhasználási módjai vannak. BioChain. Hozzáférés 2018. 6/19. https://www.biochain.com/general/what-is-ffpe-tissue/