Az ApE egy saját fejlesztésű szekvencia szerkesztő, amely módosított GenBank formátumot használ a szekvenciák mentésére. A szoftver használható szekvenálási nyomvonalak összeállítására, virtuális emésztésekre, szekvencia annotálásra és sematikus szekvencia ábrázolásra. A programot Wayne Davis, a Utah-i Egyetem munkatársa hozta létre és tartja karban. A jelenlegi stabil verzió 2010 júniusában az 1.17-es, és a szoftver Windows, Mac és Unix rendszereken fut. A szoftver ingyenes, de adományozásra buzdítanak.
Tulajdonságok
OS, adatformátum
- fut Windows, OS X és Linux/Unix alatt
- importálja a DNA Strider, Fasta, Genbank programokat, EMBL és ABI szekvencia nyomvonalakat
- menti az adatokat módosított Genbank fájlformátumban (DNA Strider-kompatibilis)
- exportálja a BankIt feature táblázatot az NCBI GenBankba történő szekvencia benyújtáshoz
- exportálja a szekvencia diagramok grafikus fájljait
Sorozatjelölés és eszközök
- pre-meglévő bővíthető jellemzőtáblák, amelyek automatikus annotáció
- szekvencia kereséshez használhatók, e.pl. primerek, szondák vagy restrikciós helyek
- szűkítő helyek és régiók jelölése a szekvenciában és egy egyszerű karikatúrában
- megjeleníti a kiválasztott DNS fordítását, Tm, %GC, ORF
- BLAST kiválasztott szekvencia NCBI vagy wormbase
- virtuális emésztés, beleértve a gél diagramot
A szerző nagyon rugalmas és néhány napon belül beépített egy BankIt export opciót, amit én javasoltam. –JS 05:50, 2010. június 30. (EDT)
Az ApE legújabb verzióiban (én legalább a 2.0.39 – 2.0.45-ben találkoztam vele, lehet, hogy az összes 2.0.X verziót érinti?), amelyek az elmúlt ~12 hónapban jelentek meg, beleértve a jelenlegi kiadást (2.0.45) is. Néhány esetben, amikor a szekvenciák egyetlen bázispár indellel különböznek, az ApE által kimeneti igazítás hibás, és a nem egyező maradékok nem a várt módon piros színnel vannak kiemelve. Ez nagyon könnyűvé teheti a kis deléciók kihagyását, amikor a szekvenálási adatokat a várt szekvenciával összeveti. Ezt a hibát a még kiadásra váró 2.0.46-os verzióban javítani kell. Lásd a hibajelentést itt (“Indeleket tartalmazó szekvenciák helytelen illesztése (néha)”). Óvatosan használja! –Damian Ekiert 2013. február 22., 12:19 (EST). A jelenlegi, v2.0.46-os verzióban nincs ilyen probléma, mondja a hibajelentés — JM 9/2013
Linkek az ApE honlapjára
- ApE plazmidszerkesztő honlapja & letöltések
- ApE wiki kérdésekre, válaszokra, funkciókérésekre, hibajelentésekre stb.
- letöltse le a legújabb előzetes verziókat (alfák)
See also
- ApE review at softpedia
- An OWW tutorial using ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA sequence processing
- Biosoftware for Mac
- Sequence analysis