Életciklus
Az amerikai aligátor körülbelül 10 éves korában éri el a szaporodási kort. A párzásra késő tavasszal kerül sor. A hím párját vonzza, és terhelő üvöltéssel figyelmezteti a vetélytársakat. A nősténynek való udvarláskor a hím a nőstényhez simul, és az ormányával megérinti a nőstény ormányát. A párzás után a nőstény fűből és sárból fészket épít. A halom akár három láb magas is lehet. Ezután a nőstény a hátsó lábaival mélyedést ás a halom tetejébe, és 35-50 tojást rak a mélyedésbe. A tojásokat növényzettel takarja be, és őrzi a fészket. 
A tojások alig több mint egy hónap alatt kelnek ki. Közvetlenül azelőtt, hogy a kicsinyek kikelnének, magasan csipogó vagy dobálózó hangot adnak ki. Ez tudatja a nősténnyel, hogy ideje leszedni a növényzetet a tojásokról. A fészek hőmérsékletéből megállapítható a kikelő fiókák neme! Ha a fészek hőmérséklete 82-86°F, a kikelő fiókák nőstények lesznek, ha a fészek hőmérséklete 90- 93°F, akkor az összes kikelő hím lesz! Ha a fészek 82°F és 90°F között van, a kikelő fiókák hímek és nőstények is lesznek. 
Amint a fiatal aligátorok kikelnek, a nőstény a szájában vagy a hátán viszi le őket a vízbe. Amint a fiatal aligátorok a vízben vannak, csoportokat vagy gubókat alkotnak. A fiatal aligátorok rovarokat, rákokat, ebihalakat, békákat és apró halakat esznek. A nőstény az első évben agresszívan védi a kicsinyeit, de a fiatal aligátorokat gyakran megeszik a nagy halak, madarak, mosómedvék, bobcaták és még más aligátorok is. A vadonban az amerikai aligátor akár 35 évig is élhet. Fogságban akár 50 évig is élhet.
Viselkedés
A nagyon hideg és nagyon meleg időben az amerikai aligátor áshat egy odút vagy aligátorlyukat a sárban. Az aligátorlyukak gyakran megtelnek vízzel, és élőhelyet biztosítanak a halaknak, valamint itatóhelyet a madaraknak és más állatoknak. Az amerikai aligátor nem alszik téli álmot, de nagyon hideg időben nyugalmi állapotba kerülhet. 
Az amerikai aligátort egykor a húsáért és a bőréért vadászták. Populációja egykor olyan drámaian csökkent, hogy a veszélyeztetett fajok közé sorolták. Napjainkban populációja növekedett, és veszélyeztetett fajként tartják nyilván. Nem azért került a veszélyeztetett fajok közé, mert állománya veszélyesen alacsony, hanem azért, mert nagyon hasonlít az amerikai krokodilra, amely szintén veszélyeztetett faj.