A mai Allston teljes területe Brighton része volt. A város 1807-ben vált el Cambridge-től. Allston soha nem létezett önálló politikai egységként. Brighton városát 1874-ben csatolták Boston városához. 1868-ban Brighton nyugati részén új postahivatalt és vasútvonalat hoztak létre. Allstonnak nevezték el őket Allston Washington festőművész után, aki a Charles folyó túlpartján, Cambridge Cambridge Cambridgeport városrészében élt és dolgozott.
Allston gyorsan virágzott a szarvasmarhatartás és a vasútépítés révén. A 20. század közepén azonban véget ért az állattenyésztés. Allston egyike azon kevés közösségeknek az Egyesült Államokban, amelyet egy művészről neveztek el.
A Boston Patriots (ma New England Patriots) a National Football League-ben egy szezont játszott Allstonban (1970-ben), a Harvard Stadiumban. A Boston Braves 1915-től 1952-ig játszott a Braves Field-en (a mai Boston University Nickerson Field).