Bár az egyiptomi sajtó szabadabb volt, mint Nasszer vagy Szadat alatt, Mubarak 1995-ben olyan törvényt vezetett be, amely bebörtönözte azokat az újságírókat vagy pártvezetőket, akik egy kormánytisztviselőt sértő híreket tettek közzé. A közvélemény nyomására a Képviselőház mérsékelte a törvényt, amelyet végül az egyiptomi alkotmánybíróság érvénytelenített. Az iszlám bíróságok és az al-Azhar Egyetem rektora által gyakorolt növekvő cenzúra azonban mérsékelte a szólás- és sajtószabadságot a 20. század végén és a 21. század elején.
Az iszlamista terrorizmus elleni küzdelemben Mubarak rendszere előzetes letartóztatáshoz és állítólag kínzáshoz is folyamodott. Egyiptomi terroristák a maguk részéről meggyilkoltak több kormányminisztert, 1995-ben majdnem megölték magát Mubarakot az etiópiai Addisz-Abebában, és turistákat lőttek le Egyiptom leghíresebb műemlékeinek közelében – beleértve egy különösen erőszakos támadást Luxorban 1997-ben. Egy vezető iszlamista, ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān sejk az Egyesült Államokba szökött, ahol részt vett a New York-i World Trade Center elleni 1993-as teherautó-bombatámadásban, és később életfogytiglani börtönbüntetésre ítélték e bűncselekményért és további támadások elkövetésére való összeesküvésért. Egy másik iszlamista vezető, egy Ayman al-Zawahiri nevű cairenei gyermekorvos Afganisztánba menekült, ahol az EIJ tagjainak vezetésével csatlakozott az al-Kaida transznacionális terrorszervezethez. A probléma megfékezésére irányuló kormányzati kezdeményezések ellenére a belföldi terrorizmus továbbra is veszélyt jelent Egyiptom stabilitására.
Egyes társadalmi és gazdasági problémák egy része vagy abból eredt, vagy azt súlyosbította, hogy Egyiptom részt vett a Perzsa-öbölbeli háborúban (1990-91) az Egyesült Államok vezette koalíció oldalán. Egyiptomi csapatok vettek részt a konfliktusban, ahogyan számos arab ország katonái is. Bár Egyiptomot a részvételéért azzal jutalmazták, hogy elengedték neki a nyugati fegyverek vásárlásáért járó dollármilliárdokat, sok egyiptomi külföldi munkavállaló elvesztette állását Irakban, mivel az ország lerohanta Kuvaitot. Hasonlóképpen, Egyiptom reményei, hogy vállalkozói megnyerik a háború utáni kuvaiti újjáépítésben való részvételre kiírt pályázatokat, csalódást okoztak, és a Perzsa-öböl menti államok elutasították azt a tervet, hogy egyiptomi és szíriai csapatokat állomásoztassanak békefenntartóként a térségben. Talán érthető, hogy a pénzszűkében lévő egyiptomiak kezdtek neheztelni a gazdag szaúdiakra, kuvaitiakra és más öböl menti arabokra, akik gyakran szerencsejátékkal töltötték szabadságukat Kairó luxusszállodáiban.
Az egyiptomi közvélemény szkeptikus lett az egymást követő amerikai elnökök és saját elnökük folyamatos erőfeszítéseivel szemben is, amelyek az Izrael és más arab országok, különösen pedig a palesztinok közötti béke előmozdítására irányultak. A változó világgazdaságban elterjedt a nép gyanúja, hogy a jobb kapcsolatok előmozdítására tett ilyen próbálkozásoknak hátsó szándékai lehetnek. Különösen sok egyiptomi félt attól, hogy az Egyesült Államok és Izrael megpróbálja manipulálni Egyiptom iparát, különösen azóta, hogy a számítógépes és információs technológia – amelyek beszerzésében és használatában Egyiptom nagymértékben függött a Nyugattól – egyre fontosabbá vált a gazdasági növekedés szempontjából. 2004 óta azonban az ország internetkapcsolatának bővítése különösen fontos helyet foglal el Egyiptom miniszterelnökének, Ahmad Nazifnak a gazdasági napirendjén, aki maga is számítástechnikai mérnök.
Valójában Mubaraknak a hazai fejlődés iránti elkötelezettsége nyilvánvaló volt abban, hogy az 1990-es években három egymást követő gazdasági tervezőt választott miniszterelnöknek. És bár Egyiptom gazdaságilag egyre fejlettebbé vált, mindezt magas áron tette. Függetlenségét a nemzetközi hitelezők, például az IMF beavatkozása korlátozta, és a jövedelmek és az erőforrásokhoz való hozzáférés terén növekvő egyenlőtlenségek feszítették a gazdag és szegény polgárok közötti kapcsolatokat, valamint hozzájárultak a muszlimok és koptok közötti egység eróziójához. Míg egyes muzulmánok azzal vádolták a koptokat, hogy külföldi hatalmak ügynökei és Egyiptom gazdaságának irányítói, addig egyes koptok azzal vádolták a muzulmánokat, hogy templomokat rombolnak le, és arra kényszerítik az egyiptomi keresztényeket, hogy térjenek át az iszlámra. Bár mind a muszlim, mind a keresztény egyiptomiak többnyire igyekeztek nyilvánosan minimalizálni nézeteltéréseiket a nemzeti egység fenntartása érdekében, a gyors és egyenlőtlen fejlődés végül veszélyt jelentett Egyiptom politikai és kulturális vezető szerepére az arab világban.
Arthur Eduard Goldschmidt
A belső feszültségek nőttek, ahogy a Mubarak-rezsim folytatta az ellenzék elnyomását, letartóztatta a disszidens vezetőket és korlátozta a politikai véleménynyilvánítást. Széleskörű szabálytalanságokat tapasztaltak a 2010. novemberi törvényhozási választásokon, amelyeket az NDP elsöprő fölénnyel nyert meg, gyakorlatilag kizárva az ellenzéki pártokat a Népi Gyűlésből.