Vuoden 1000 eaa. tienoilla suuret ihmisryhmät asettuivat tälle alueelle. Nämä olivat umbrilaisia. He asuivat pienissä linnoitetuissa kylissä korkeilla paikoilla. Vuodesta 450 eaa. lähtien Umbrian kylät siirtyivät etruskien haltuun. Sitten roomalaiset ottivat Keski-Italian haltuunsa Sentinumin taistelussa vuonna 295 eaa. He tasoittivat osan maasta terasseiksi (leveiksi portaiksi) ja rakensivat suuren kaupungin nimeltä Asisium Subasio-vuoren rinteelle. Tästä kaupungista tuli Assisi. Assisissa on yhä nähtävissä joitakin roomalaisten ajoilta peräisin olevia rakennuksia. Niihin kuuluvat muurit, pääaukio ja Minerva-jumalattaren temppeli, joka on nykyään kirkko nimeltä Santa Maria sopra Minerva.
Vuonna 238 jKr. kaikki Assisin asukkaat tulivat kristityiksi piispa Rufinon opetuksen ansiosta. Hän sai marttyyrikuoleman. Hänen ruumiinsa uskotaan olevan haudattuna San Rufinon katedraalikirkon alle Assisissa.
Kuningas Totilan johtamat Pohjolakit tuhosivat suurimman osan kaupungista vuonna 545. Sen jälkeen Assisia hallitsivat Pohjois-Italiasta tulleet lombardit ja sitten frankkien hallitsijat.
1100-luvulla (1000-luvulla) Assisista tuli vapaa kaupunki. Mutta siellä käytiin jatkuvia taisteluita kahden ryhmän välillä, joita kutsuttiin ghibelleiksi ja guelfeiksi. Assisi kannatti pääasiassa ghibellinejä, mutta lähin suuri kaupunki Perugia kannatti guelfeja. Ponte San Giovannin (Pyhän Johanneksen silta) taistelun aikana perugialaiset guelfit onnistuivat vangitsemaan nuoren miehen Assisista. Hänen nimensä oli Francesco di Bernardone. Osittain vangitsemiskokemustensa vuoksi nuori Francesco päätti, että hän vaihtaisi sotilaan ammatin. Palattuaan isänsä kotiin hän luopui kaikista rikkauksistaan ja ryhtyi köyhäksi vaeltavaksi saarnaajaksi, joka kehotti ihmisiä kääntymään Jumalan puoleen ja elämään rauhassa toistensa kanssa. Hän työskenteli köyhien ja syrjäytyneiden ihmisten parissa. Heillä ei ollut muuta kirkkoa kuin raunio. Pyhä Fransiskus ja hänen ystävänsä rakensivat pienen raunioituneen kirkon uudelleen, jotta paimenet ja muut köyhät ihmiset voisivat palvoa siinä. Sitä kutsutaan nimellä ”Porziuncola”. Francesco (Franciscus) perusti fransiskaaniritarikunnan. Hänet ”kanonisoitiin” (tehtiin pyhimykseksi) vuonna 1228, ja hänet tunnetaan nimellä Pyhä Fransiskus. Hän on yksi suosituimmista pyhimyksistä.
Pyhän Fransiskuksen kunniaksi vuoren rinteeseen rakennettiin suuri basilikakirkko, joka oli kauniisti koristeltu hänen elämänsä kohtauksilla. Yksi kuuluisimmista kohtauksista esittää tarinan, jossa Pyhä Fransiskus saarnaa linnuille. Vuonna 1997 Assisiin iski kaksi maanjäristystä. Osa basilikan katosta romahti sisään, jolloin neljä alla seisovaa ihmistä kuoli ja maalattu katto vaurioitui. Monet ihmiset ”lahjoittivat” (antoivat rahaa) rakennuksen korjaamiseksi, joka avattiin uudelleen vajaat kaksi vuotta myöhemmin.
