TAIR – Über Arabidopsis

Über Arabidopsis

• Zusammenfassung
• Geschichte von Arabidopsis thaliana
• Gängige Namen für ein ungewöhnliches Unkraut
• Geografische Verteilung von Ökotypen und die Geschichte einiger beliebter „Labor“-Stämme.
• Arabidopsis-Wachstumsstadien und Zeitleiste der Ereignisse
• 101 Wege, Arabidopsis anzubauen
• Die Rolle und Bedeutung von Arabidopsis als Modellorganismus
• Genom-Schnappschuss
• Bücher über Arabidopsis und Methoden in der Arabidopsis-Forschung
• Zeitleiste der wichtigsten Ereignisse in der Arabidopsis-Forschung

Zusammenfassung Arabidopsis thaliana ist eine kleine Blütenpflanze, die in der Pflanzenbiologie häufig als Modellorganismus verwendet wird. Arabidopsis gehört zur Familie der Senfgewächse (Brassicaceae), zu der auch kultivierte Arten wie Kohl und Rettich gehören. Arabidopsis hat keine große agronomische Bedeutung, aber sie bietet wichtige Vorteile für die Grundlagenforschung in der Genetik und Molekularbiologie. Klicken Sie auf den Link zum Taxonomie-Browser des NCBI, um die Arabidopsis-Taxonomie oder die Brassicaceae zu betrachten. Ein Wikipedia-Eintrag ist ebenfalls verfügbar. Einige nützliche Statistiken: Das kleine Genom (114,5 Mb/125 Mb insgesamt) wurde im Jahr 2000 sequenziert (SequenceViewer, AGI). Umfangreiche genetische und physikalische Karten aller 5 Chromosomen (MapViewer). Schneller Lebenszyklus (ca. 6 Wochen von der Keimung bis zum reifen Samen). Reichhaltige Samenproduktion und einfacher Anbau auf begrenztem Raum. Effiziente Transformationsmethoden unter Verwendung von Agrobacterium tumefaciens. Eine große Anzahl von Mutantenlinien und genomischen Ressourcen, von denen viele von Stock Centern zur Verfügung gestellt werden. Multinationale Forschungsgemeinschaft aus akademischen, staatlichen und industriellen Laboratorien. Diese Vorteile haben Arabidopsis zu einem Modellorganismus für die Erforschung der Zell- und Molekularbiologie blühender Pflanzen gemacht.TAIR sammelt und stellt die aus diesen Bemühungen resultierenden Informationen zur Verfügung.Ansicht von Arabidopsis thaliana Geschichte von Arabidopsis thaliana als Forschungsorganismus. „Arabidopsis thaliana wurde von Johannes Thal (daher thaliana) im sechzehnten Jahrhundert im Harz entdeckt, obwohl er sie Pilosella siliquosa nannte (und sie hat seitdem eine Reihe von Namensänderungen durchgemacht). Der früheste Bericht über eine Mutante (soweit ich weiß) stammt aus dem Jahr 1873 (von A. Braun). F. Laibach fasste 1943 erstmals das Potenzial von Arabidopsis thaliana als Modellorganismus für die Genetik zusammen – er hatte allerdings schon viel früher an ihr gearbeitet und 1907 ihre korrekte Chromosomenzahl veröffentlicht. Die erste Sammlung von induzierten Mutanten wurde von Laibachs Schülerin E. Reinholz angelegt. Ihre Dissertation wurde 1945 eingereicht, die Arbeit 1947 veröffentlicht. Langridge spielte in den 1950er Jahren eine wichtige Rolle bei der Festlegung der Eigenschaften und des Nutzens des Organismus für Laborstudien, ebenso wie Rédei und andere (wie J. H. van der Veen in den Niederlanden, J. Veleminsky in der Tschechoslowakei und G. Röbbelen in Deutschland) in den 1960er Jahren. Einer von Rédeis vielen wichtigen Beiträgen war das Verfassen wissenschaftlicher Übersichtsarbeiten über Arabidopsis, eine besonders gründliche in Bibliographica Genetica vol 20, Nr. 2, 1970, S. 1 – 151. Eine weitere, leichter zu findende Übersicht ist in Ann. Rev. Genet. (1975), Bd. 9, S. 111-127. Beide gehen auf die frühe Geschichte der Verwendung von Arabidopsis im Labor ein, obwohl der längere Artikel von 1970 alle Details enthält.“

–von Elliot Meyerowitz, 1998

Gebräuchliche Namen für Arabidopsis Nach Redei, GP. (1992) A heuristic glance at the past of Arabidopsis genetics. In Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Englisch: Wall cress; mouse-ear cress Deutsch: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse Französisch: arabette rameuse, arabette des dames Spanisch: arabide Niederländisch: zandraket Dänisch: gåsemad Norwegisch: vårskrinneblom Ungarisch: lúdfü Polnisch: rzodkiewnik Japanisch: shiro-inu-nazuna Arabidopsis Ökotypen und geografische Verbreitung von Arabidopsis Über 750 natürliche Akzessionen von Arabidopsis thaliana wurden weltweit gesammelt und sind bei den beiden großen Saatgutzentren ABRC und NASC erhältlich. Diese Akzessionen sind in Bezug auf Form und Entwicklung (z. B. Blattform, Behaarung) und Physiologie (z. B. Blütezeit, Krankheitsresistenz) recht unterschiedlich. Forscher auf der ganzen Welt nutzen diese Unterschiede bei natürlichen Akzessionen, um die komplexen genetischen Interaktionen aufzudecken, die beispielsweise den Reaktionen der Pflanzen auf die Umwelt und der Evolution morphologischer Merkmale zugrunde liegen. Auch wenn viele Sammlungen natürlicher Akzessionen nicht der strengen Definition eines Ökotyps entsprechen, werden sie in der wissenschaftlichen Literatur üblicherweise als Ökotypen bezeichnet. PNG-Abbildung der weltweiten Verbreitung (1993, von Jonothan Clarke) Diese Abbildung wurde von Jonathan Clarke für seine Doktorarbeit (1993) bei Caroline Dean in Norwich, Großbritannien, erstellt. Weltkarte mit der geografischen Verteilung (Längengrad, Breitengrad, Höhe) von mehr als 30 Arabidopsis-Ökotypen. Dieses Bild wurde uns freundlicherweise von der Universität Toronto zur Verfügung gestellt und ist auch als interaktive Karte auf ihrer Website verfügbar http://www.bar.utoronto.ca/ Verbreitungskarte von Arabidopsis in den USA aus der Pflanzen-Datenbank des USDA Um die Karte interaktiv zu betrachten (klicken Sie auf die Links zu den Bundesstaaten, um die Verteilung auf Bezirksebene zu sehen) und andere Daten einzusehen, gehen Sie auf die Website der Pflanzen-Datenbank und geben Sie den wissenschaftlichen Namen =Arabidopsis thaliana ein. Folgen Sie den Links, um die Verbreitung und andere Links anzuzeigen. Informationen über die Herkunft häufig verwendeter Ökotypen (Landsberg erecta, Columbia und Wassilewskija vom NASC. Arabidopsis Growth Stages and Timeline Zeittabelle der Wachstumsstadien, die für den Arabidopsis-Ökotyp Columbia-O bestimmt wurden, aus Boyes, et.Hal. (2001) Die Pflanzenzelle 1499-1510. Sehen Sie sich einen Zeitrafferfilm eines keimenden Arabidopsis-Samens an, von 0 bis 65 Stunden nach dem Einpflanzen. Der Ökotyp ist Col-0, die Bilder wurden alle 10 Minuten aufgenommen. Dieser Quicktime-Film wurde dem TAIR freundlicherweise von Dr. Ronny Joosen (Universität Wageningen) zur Verfügung gestellt. Sehen Sie sich einen Zeitrafferfilm an, der das Wachstum von Arabidopsis von 4 Tagen nach dem Einpflanzen (dap) bis 22 dap zeigt. Die Columbia-Pflanzen wurden bei konstantem Licht in einer Wachstumskammer gezüchtet; die Bilder wurden alle dreißig Minuten aufgenommen. Dieses 65 MB große Quicktime-Video umfasst die Ereignisse nach der Keimung bis zum Schießen. Das Originalvideo wurde dem TAIR freundlicherweise von Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) zur Verfügung gestellt und in das Quicktime-Format portiert. Sie können Quicktime hier herunterladen. Informationen über Arabidopsis als genetischer Modellorganismus Arabidopsis als Modellpflanze: Bericht von NSF und MASC. Arabidopsis – Ein Pflanzengenomprojekt, eines der Nifty50 der National Science Foundation, USA. Bücher über Arabidopsis Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel und Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Ein umfassendes, detailliertes Laborhandbuch für Arabidopsis mit Abschnitten über Pflanzenwachstum, Genanalyse, Proteomik und Genomik. Das Arabidopsis-Buch Chris Somerville und Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Ein webbasiertes dynamisches Kompendium der Arabidopsis-Biologie. Die von Experten auf ihrem Gebiet verfassten Kapitel sind online und kostenlos als PDF-Dokumente (Portable Document Format) verfügbar. Arabidopsis: Eine praktische Herangehensweise. (2000) Zoe Wilson (Hrsg.). Oxford University Press, Oxford, UK. Weitere Protokolle und Methoden Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson und Jeremy Roberts, Herausgeber. CRC Press, Boca Raton, FL, USA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, Herausgeber. CSHL Press, New York, USA. Ein ziemlich umfassender Überblick über die Arabidopsologie Arabidopsis : an Atlas of Morphology and Development. (1993) John L. Bowman ed. Springer-Verlag, Berlin & New York. Bilder und Beschreibungen von normalen und mutierten Arabidopsis-Pflanzen Methods in Arabidopsis research. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protokolle und Methoden für Arabidopsis-Forscher Timeline 2005: Erste Veröffentlichung des TAIR-Genoms (Version TAIR 6.0, November 2005). 2004: Endgültige Veröffentlichung von TIGR Genome (Version TIGR 5.0, März 2004). 2003: TIGR 4.0 Genom Veröffentlichung (Juni 2003). 2001: Verstärkter Schwerpunkt auf funktioneller und vergleichender Genomik, NSF2010 Programm. 2000: Fertigstellung der Genomsequenz. 1999: DNA-Chips und Mikroarrays verfügbar. 1999: Sequenzierung der Chromosomen II und IV . 1998: Arabidopsis wird in der Genom-Ausgabe von Science vorgestellt . 1997: Physikalische Karten aller Chromosomen fertiggestellt. 1996: Organisation der Arabidopsis-Genom-Initiative. 1995: Erstellung von Standard-BAC- und P1-Bibliotheken. 1994: Beginn der cDNA-Sequenzierung. 1993: Hocheffiziente Transformation etabliert. 1992: Erste Chromosomenwanderung veröffentlicht. 1991: Einrichtung von Bestandszentren und einer Datenbank. 1990: Arabidopsis-Genom-Projekt initiiert. 1989: Erstes T-DNA-markiertes Mutantengen geklont. 1988: Erste RFLP-Chromosomenkarte veröffentlicht. 1988: Einrichtung einer elektronischen Arabidopsis-Newsgroup. 1986: Veröffentlichung der ersten Arabidopsis-Gensequenzen. 1986: Transformation mit Agrobacterium veröffentlicht 1985: Erstmals als Modell für die Molekulargenetik beworben. 1984: Genomgröße und -komplexität charakterisiert. 1983: Erste detaillierte genetische Karte veröffentlicht. 1980: Erweitertes Interesse an der Verwendung von Arabidopsis zur Untersuchung der Biochemie, Physiologie und Entwicklung von Pflanzen. 1976: Zweite Internationale Arabidopsis-Konferenz. 1970: Veröffentlichung des ersten größeren Übersichtsartikels. 1965: Erste Internationale Arabidopsis-Konferenz. 1964: Veröffentlichung des ersten Arabidopsis-Newsletters.