Im Jahr 1994 wurde das Lighthouse Museum of St. Augustine ganztägig für die Öffentlichkeit geöffnet. 1998 wurde ein gemeindebasierter Stiftungsrat gegründet. Die Männer und Frauen dieses ehrenamtlichen Gremiums haben die Aufgabe, die Stätte treuhänderisch für künftige Generationen zu verwalten. Im Jahr 2002 wurden der Turm und die historische Fresnel-Linse unter der Leitung der derzeitigen Direktorin Kathy Fleming von der US-Küstenwache über die General Services Administration und den National Park Service an die St. Augustine Lighthouse and Museum, Inc. übertragen. Dies war die erste derartige Übertragung eines US-amerikanischen Leuchtturms an eine gemeinnützige Organisation. Das Museum hält das Licht als private Navigationshilfe in Betrieb. Im Jahr 2016 änderte das Museum seinen Namen in St. Augustine Lighthouse & Maritime Museum.
Das St. Augustine Lighthouse & Maritime Museum hat sich zum Ziel gesetzt, die lokale maritime Geschichte zu bewahren, die Geschichte des ältesten Hafens der Nation lebendig zu halten und junge Menschen mit den Meereswissenschaften in Kontakt zu bringen. Der Vorstand und die Mitarbeiter des Museums setzen sich auch für den Erhalt anderer Leuchttürme in Florida und im ganzen Land ein und koordinieren ihre Bemühungen mit verschiedenen Bundesbehörden und Freiwilligengruppen wie der Florida Lighthouse Association. Der Leuchtturm beschäftigt fast 50 Mitarbeiter und wird jährlich von über 200.000 Menschen besucht, darunter 54.000 Kinder im Schulalter.
Das Museum unterhält ein aktives archäologisches Programm (Lighthouse Archaeological Maritime Program, oder LAMP), das maritime archäologische Stätten rund um St. Augustine und die First Coast Region erforscht. Die Archäologen haben eine Reihe historischer Schiffswracks entdeckt und viele andere untersucht, ebenso wie andere maritime Stätten wie Wellenbrecher, Überreste von Plantagenwerften und die nahe gelegenen Überreste des ursprünglichen Leuchtturms von St. Augustine. Das Museum erforscht auch andere Aspekte des maritimen Erbes, darunter den Bootsbau und die Geschichte der lokalen und regionalen Shrimp-Industrie, und unterhält eine wachsende Sammlung von Artefakten aus dem Zweiten Weltkrieg, die sich auf die Geschichte der US-Küstenwache in St. Augustine konzentriert. Im Haus des Leuchtturmwärters wird eine Reihe von Exponaten zu den verschiedenen Aspekten der maritimen Geschichte von St. Augustine ausgestellt. Der Leuchtturm beherbergt auch ein von Freiwilligen betriebenes Programm zum Bau von traditionellen Holzbooten aus verschiedenen Epochen der Hafengeschichte.
Anfang 2010 wurde die First Light Maritime Society als Trägerorganisation für das St. Augustine Lighthouse & Museum und LAMP gegründet. Die Verwendung dieser Fundraising-Organisation wurde vom Lighthouse & Maritime Museum mit seiner Umbenennung im Jahr 2016 eingestellt.
Lighthouse Archaeological Maritime Program (LAMP)
Das St. Augustine Lighthouse & Maritime Museum hat als Teil seiner laufenden Mission, die maritime Geschichte des ältesten Hafens Amerikas zu entdecken, zu präsentieren und lebendig zu halten, seit 1997 maritime Archäologie in den Gewässern von St. Johns County finanziert. Im Jahr 1999 hat der Leuchtturm sein Forschungsprogramm formalisiert und das Lighthouse Archaeological Maritime Program, Inc. (LAMP). LAMP ist eine der wenigen Forschungsorganisationen in den USA, die professionelle Meeresarchäologen und Konservatoren in Vollzeit beschäftigt und nicht Teil einer Universität oder staatlichen Einrichtung ist.
Der Gründungsdirektor von LAMP war William „Billy Ray“ Morris, der bis zu seinem Ausscheiden im Jahr 2005 die archäologischen Forschungs- und Bildungsprogramme leitete. Im März 2006 übernahm der Unterwasserarchäologe Chuck Meide als neuer Direktor die Leitung der Organisation, unterstützt vom damaligen Direktor für Archäologie Dr. Sam Turner. Heute beschäftigt LAMP vier Archäologen, arbeitet mit einem Team von archäologischen Konservatoren zusammen und beschäftigt regelmäßig eine große Anzahl von Freiwilligen und Studentenpraktikanten.
Das älteste bisher identifizierte Schiffswrack, das in den Gewässern von St. Augustine entdeckt wurde, ist die Sloop Industry, ein britisches Versorgungsschiff, das am 6. Mai 1764 bei dem Versuch, Munition, Werkzeuge und andere Ausrüstung für die Garnisonen in der kürzlich von Großbritannien erworbenen Kolonie Florida in den Hafen zu bringen, verloren ging. Die Artefakte aus dem Wrack – darunter acht gusseiserne Kanonen, eine eiserne Schwenkkanone, Kisten mit eisernem Schrot, eiserne Verankerungen, Mühlsteine und Kisten mit Werkzeugen wie Äxte, Schaufelblätter, Messer, Kellen, Feilen und Handsägen – waren gut erhalten und boten einen beispiellosen Einblick in die Bedürfnisse der britischen Soldaten und Verwalter an der Grenze zu Florida. Viele dieser Gegenstände wurden von LAMP-Archäologen geborgen und konserviert und sind im maritimen Museum im Haus des Leuchtturmwärters ausgestellt.
Im Jahr 2009 entdeckten LAMP-Archäologen das zweitälteste Schiffswrack in nordöstlichen Gewässern Floridas, ein nicht identifiziertes Segelschiff aus der Kolonialzeit, das als „Storm Wreck“ bekannt ist. Das Wrack, das bei seiner Entdeckung vollständig verschüttet war, wurde von 2010 bis 2012 jeden Sommer ausgegraben und scheint aus verstreuten Überresten von Fracht, Schiffsausrüstung und -komponenten, militärischer Ausrüstung und persönlichen Gegenständen zu bestehen. Die Archäologen der LAMP haben zusammen mit freiwilligen und studentischen Tauchern eine Vielzahl gut erhaltener Artefakte dokumentiert und geborgen, darunter zahlreiche Eisen- und Kupferkessel, Zinnlöffel und -teller, einen eisernen Teekessel, Keramik- und Glasfragmente, Gürtel- und Schuhschnallen, einen Kerzenhalter aus Messing, Ziegelsteine, eine Queen-Anne-Pistole mit Steinschloss, drei Brown-Bess-Musketen (zwei davon geladen, eine mit Bock und Kugel), Tausende von Bleischrot, Militärknöpfe (darunter einer von einer königlichen Provinzialeinheit und einer vom 71. Regiment of Foot, Fraser’s Highlanders), ein Fass mit Nägeln, Werkzeuge und Navigationsausrüstung (darunter ein Visier von einem Oktanten), Schiffsbeschläge und Takelageelemente, die bleierne Deckspumpe des Schiffes, eine bronzene Schiffsglocke, eine 4-Pfünder-Kanone und eine 9-Pfünder-Karronade, die vermutlich die zweitälteste der Welt ist. Nach drei Jahren Ausgrabung und Laboranalyse der Artefakte geht man davon aus, dass dieses Schiff an der Evakuierung von Charleston am 18. Dezember 1782, dem Ende der Amerikanischen Revolution, beteiligt war und loyalistische Flüchtlinge und Truppen nach St. Augustine brachte, das damals eine loyale britische Kolonie war. Es war die letzte britische Flotte, die Charleston verließ, und als sie zwischen dem 24. und 31. Dezember 1782 ankam, gingen sechzehn Schiffe auf der Sandbank vor der Bucht von St. Augustine verloren. In den Jahren 2015-2016 entdeckte LAMP drei weitere historische Schiffswracks und gräbt derzeit eines davon aus, das offenbar aus der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts stammt, das so genannte „Anniversary Wreck“
LAMP hat außerdem zwei historisch bedeutsame Wracks aus dem 19. Jahrhundert ausgegraben: ein Dampfschiff mit Holzrumpf und einen Schoner mit Mittelschwert. Die Identität beider Wracks ist nach wie vor unbekannt, aber die Untersuchung ihrer Überreste hat zu einem besseren Verständnis der wirtschaftlichen und technologischen Entwicklung von St. Augustine zu Beginn der Neuzeit geführt. Das letztgenannte Schiffswrack hatte eine Ladung Zement in Fässern an Bord, die wahrscheinlich für den Bauboom der Stadt im späten 19. Jahrhundert bestimmt war, der mit dem Industriellen Henry Flagler in Verbindung gebracht wird. Zusätzlich zu diesen und anderen Schiffswracks hat das LAMP eine Vielzahl von archäologischen Fundstätten in St. Augustine und der größeren Region der Florida First Coast untersucht, die Floridas französische, spanische, britische und frühamerikanische Periode repräsentieren. Dazu gehören britische Plantagenanlandungen, gemeinschaftliche Werftfundamente, Fähr- und Dampfbootanlandungen, Ballastdeponien, koloniale Anlegestellen und überschwemmte terrestrische Fundstellen. Zurzeit wird das First Coast Maritime Archaeology Project durchgeführt, ein umfassendes Forschungs- und Öffentlichkeitsarbeitsprogramm mit Schwerpunkt auf den Gewässern um St. Augustine und anderen Orten im Nordosten Floridas. Dieses Projekt wurde von 2007 bis 2009 und von 2014 bis 2019 teilweise durch Zuschüsse des Staates Florida für den Denkmalschutz finanziert.