Die am 31. März 1782 gegründete Mission San Buenaventura ist die neunte in der Missionskette, die letzte, die zu Lebzeiten von Pater Serra gegründet wurde, und eine von sechs, die er persönlich einweihte. Die Mission wurde als Teil der Santa-Barbara-Kanal-Sektion errichtet, zu der auch die Missionen in Santa Barbara und La Purísima sowie El Presidio in Santa Barbara gehörten.
Die Patres, die bereits drei Missionen im Norden und drei im Süden Kaliforniens besaßen, fürchteten einen Indianeraufstand in der Mitte des Staates. Sie waren der Meinung, dass ein Indianeraufstand aufgrund des Geländes in diesem Gebiet verheerende Folgen haben könnte. Die Berge im Gebiet des Santa-Barbara-Kanals fallen sanft zum Meer hin ab und lassen nur wenig Platz für einen Durchgang. Die Missionare befürchteten, dass wütende Indianer den Staat leicht aufteilen und die Spanier auf die Kommunikation über den Seeweg beschränken könnten. Der Aufstand fand nie statt, und die Mission San Buenaventura blieb ein großer landwirtschaftlicher Erzeuger.
Die Indianer der Gegend waren Chumash, die das Gebiet von Ventura nordwärts bis San Luis Obispo bewohnten. Die Chumash waren der am weitesten entwickelte aller Missionsstämme. Mit Kanus, wie dieser Nachbildung eines Plankenkanus, reisten die Chumash oft zu den Santa-Barbara-Kanalinseln, die bis zu 65 Meilen vom Festland entfernt waren. Die Chumash waren hervorragend im Korbflechten, ein von den Spaniern häufig verwendetes Mittel, um die Intelligenz eines Indianerstammes zu beurteilen. Die Indianer benutzten die Körbe zum Kochen, zum Fangen von Fischen und zum Transport von Wasser.
Unter der Leitung von Padre Cambon bauten die Eingeborenen ein sieben Meilen langes Aquädukt, das Wasser aus dem Ventura River zu diesem Wasserfiltergebäude brachte. Es wurde passenderweise el caballo genannt, was auf Spanisch „Pferd“ bedeutet, weil der Ausguss angeblich einem Pferdekopf ähnelte. El caballo rief später Schrecken und Hohn hervor, als es in ein Gefängnis umgewandelt wurde.
Einzigartig für die Mission San Buenaventura sind diese Holzglocken. Sie wurden in der Karwoche, zwischen Palmsonntag und Ostern, benutzt, während die Metallglocken schwiegen. Sie sind sicherlich Originale, aber ihre Herkunft ist ein Rätsel.
Nach einer Reihe von Erdbeben und einer damit einhergehenden Flutwelle im Jahr 1812 wurde die Kirche wunderschön restauriert; sie enthält ein 400 Jahre altes Kruzifix aus den Philippinen. In der Mitte über dem Tabernakel steht der heilige Bonaventura, der Schutzpatron der Mission. Die Kirche beherbergt auch einen Schrein der Nuestra Señora de Guadalupe.