Aproteom ist die Gesamtheit der von einem Organismus exprimierten Proteine. Der Begriff kann auch verwendet werden, um die Auswahl der Proteine zu beschreiben, die zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer bestimmten Zelle oder einem bestimmten Gewebetyp produziert werden. Das Proteom ist ein Ausdruck des Genoms eines Organismus. Im Gegensatz zum Genom, das sich durch seine Stabilität auszeichnet, verändert sich das Proteom jedoch aktiv als Reaktion auf verschiedene Faktoren, darunter das Entwicklungsstadium des Organismus sowie innere und äußere Bedingungen.
Die Erforschung des Proteoms wird als Proteomik bezeichnet und umfasst das Verständnis der Funktionsweise von Proteinen und ihrer Wechselwirkung untereinander. So falten sich beispielsweise viele Proteine zu komplizierten dreidimensionalen Strukturen, und einige bilden Komplexe miteinander, um ihre Funktionen zu erfüllen. Darüber hinaus werden Proteine vor oder nach der Translation verändert. Das Proteom kann mit einer Vielzahl von Techniken untersucht werden. Mit der zweidimensionalen Gelelektrophorese lassen sich Proteine beispielsweise nach Größe und Ladung trennen. Das Proteom kann auch mit einer anderen Labortechnik, der Massenspektrometrie, untersucht werden, die spezifische Proteine in komplexen Proben identifiziert.