Der Überlieferung nach wurde Shōtoku 593 von seiner Tante, der Kaiserin Suiko (554-628), zum Regenten (Sesshō) ernannt. Shōtoku, der sich von den Lehren des Buddha inspirieren ließ, gelang es, während seiner Regierungszeit eine zentralisierte Regierung zu errichten. Im Jahr 603 führte er am Hof das Zwölf-Stufen-Haupt- und Rangsystem ein. Ihm wird zugeschrieben, eine Verfassung mit siebzehn Artikeln verkündet zu haben.
Der Fürst war ein begeisterter Buddhist und wird traditionell als Autor des Sangyō Gisho oder der „Kommentierten Kommentare zu den drei Sutras“ (dem Lotus-Sutra, dem Vimalakirti-Sutra und dem Śrīmālādevī Siṃhanāda-Sūtra) angesehen. Der erste dieser Kommentare, Hokke Gisho, wird traditionell auf das Jahr 615 datiert und gilt daher als „erster japanischer Text“, was wiederum Shōtoku zum ersten japanischen Schriftsteller macht. Es gibt auch Gerüchte, dass Prinz Shōtoku nie gelebt hat.
Eine Legende besagt, dass Bodhidharma, als er nach Japan kam, Prinz Shōtoku traf, während er sich als hungernder Bettler verkleidete. Der Prinz forderte den Bettler auf, sich auszuweisen, aber der Mann antwortete nicht. Statt weiterzugehen, gab Shōtoku ihm zu essen und zu trinken, bedeckte ihn mit seinem Purpurgewand und sagte ihm, er solle „in Frieden ruhen“. Dann sang der Prinz für den hungernden Mann.
Alas! Für den Wanderer, der auf dem Hügel von Kataoka liegt und nach Reis hungert, bist du elternlos geworden, hast du keinen Herrn, der wie ein Bambus blüht?
Am zweiten Tag schickte der Fürst einen Boten zu dem hungernden Mann, aber er war bereits tot. Daraufhin war Shōtoku sehr betrübt und ordnete seine Beerdigung an. Shōtoku war sich später sicher, dass der Mann kein gewöhnlicher Mensch war, und schickte einen weiteren Boten, der feststellte, dass die Erde nicht aufgewühlt worden war. Als er das Grab öffnete, befand sich kein Leichnam darin, und das purpurne Gewand des Fürsten lag zusammengefaltet auf dem Sarg. Der Fürst schickte daraufhin einen weiteren Boten, um das Gewand abzuholen, und er trug es wie zuvor. Voller Ehrfurcht lobten die Menschen den Prinzen: „Wie wahr ist es, dass ein Weiser einen Weisen kennt.“ Diese Legende wird mit dem Tempel Daruma-dera in Ōji, Nara, in Verbindung gebracht, wo ein steinerner Stupa unter der Erde gefunden wurde, der äußerst selten ist.
Im späten 6. Jahrhundert leitete Prinz Shōtoku ein enormes nationales Projekt zur Förderung des Buddhismus und gab den Bau des Shitennō-ji in Auftrag. Der buddhistische Tempel wurde in der Provinz Settsu (dem heutigen Osaka) nach seinem militärischen Sieg über den mächtigen Mononobe-Clan erbaut, denn er soll sie gerufen haben, um seine Feinde zu vernichten. Shōtokus Name wird mit dem Hōryū-ji, einem Tempel in der Provinz Yamato, und zahlreichen anderen Tempeln in der Region Kansai in Verbindung gebracht. Die Dokumentation des Hōryū-ji besagt, dass Suiko und Shōtoku den Tempel im Jahr 607 gründeten. Archäologische Ausgrabungen im Jahr 1939 haben bestätigt, dass Prinz Shōtokus Palast, der Ikaruga no miya (斑鳩宮), im östlichen Teil des heutigen Tempelkomplexes stand, wo sich heute der Tō-in (東院) befindet.
Trotz der Tatsache, dass er als Begründer des japanischen Buddhismus gilt, wird auch gesagt, dass der Prinz den Shinto respektierte und nie buddhistische Tempel besuchte, ohne Shinto-Schreine zu besuchen.
In seiner Korrespondenz mit Kaiser Yang von Sui enthält der Brief des Prinzen das früheste bekannte schriftliche Beispiel, in dem der japanische Archipel mit einem Begriff bezeichnet wird, der „Land der aufgehenden Sonne“ bedeutet. Der Sui-Kaiser hatte 605 eine Botschaft geschickt, in der es hieß: „Der Herrscher von Sui erkundigt sich respektvoll nach dem Herrscher von Wa“, und Shōtoku reagierte darauf, indem er 607 eine Mission unter der Leitung von Ono no Imoko sponserte, der eine Notiz mitbrachte, die lautete: „Vom Herrscher des Landes der aufgehenden Sonne (hi izuru tokoro) an den Herrscher des Landes der untergehenden Sonne.“
Er soll in Shinaga in der Provinz Kawachi (heutige Präfektur Osaka) begraben worden sein.