Markoff wurde in Oakland, Kalifornien, geboren und wuchs in Palo Alto, Kalifornien, auf. Er schloss 1971 sein Studium am Whitman College in Walla Walla, Washington, mit einem B.A. in Soziologie ab. Darüber hinaus erwarb er 1976 an der University of Oregon einen M.A. in Soziologie.
Nach seinem Studium kehrte er nach Kalifornien zurück, wo er für den Pacific News Service, ein alternatives Nachrichtensyndikat mit Sitz in San Francisco, zu schreiben begann. Er arbeitete freiberuflich für eine Reihe von Publikationen, darunter The Nation, Mother Jones und Saturday Review. 1981 gehörte er zu den Gründungsmitgliedern der Wochenzeitschrift InfoWorld für die Computerbranche. 1984 wurde er Redakteur beim Byte Magazine und 1985 wechselte er als Reporter in den Wirtschaftsteil des San Francisco Examiner, wo er über das Silicon Valley schrieb.
Im Jahr 1988 zog er nach New York, um für den Wirtschaftsteil der New York Times zu schreiben. Im November 1988 berichtete er, dass Robert Tappan Morris, der Sohn des Kryptographen der National Security Agency Robert Morris, der Autor dessen war, was als Internet-Wurm bekannt wurde.
Im Dezember 1993 schrieb er einen frühen Artikel über das World Wide Web und bezeichnete es als „Karte zu den vergrabenen Schätzen des Informationszeitalters“
Markoff und Kevin MitnickEdit
Quellen finden: „John Markoff“ – Nachrichten – Zeitungen – Bücher – Wissenschaftler – JSTOR (März 2008) (Erfahren Sie, wie und wann Sie diese Vorlage entfernen können)
Am 4. Juli 1994 schrieb er einen Artikel über Kevin Mitnick, der zu diesem Zeitpunkt vor einer Reihe von Strafverfolgungsbehörden auf der Flucht war. Er schrieb mehrere weitere Artikel über Mitnicks Ergreifung. Markoff schrieb auch zusammen mit Tsutomu Shimomura das Buch Takedown über die Verfolgungsjagd. Aus dem Buch wurde später ein Film, der in den Vereinigten Staaten direkt auf Video veröffentlicht wurde. Markoffs Schriften über Mitnick wurden von Mitnick-Anhängern und Unbeteiligten kritisiert, die behaupteten, dass Markoffs Berichte Mitnicks Aktivitäten und Erfolge übertrieben oder sogar erfunden hätten. Markoff stand in mehreren Antworten zu seiner Berichterstattung.
Der Film ging noch viel weiter, und Markoff selbst erklärte im Jahr 2000 gegenüber dem San Francisco Chronicle: „Ich hielt ihn für einen grundsätzlich unehrlichen Film.“ (Mitnick gab an, dass er einen Rechtsstreit mit dem Verleiher Miramax über den Film beigelegt hat, aber die Einzelheiten waren vertraulich; Miramax hat dies nicht bestätigt.)
Markoff wurde auch von Jonathan Littman des journalistischen Fehlverhaltens und der übertriebenen Darstellung von Mitnicks tatsächlichen Verbrechen beschuldigt. Littman veröffentlichte eine wohlwollendere Darstellung von Mitnicks Zeit als Flüchtling in seinem eigenen Buch über den Vorfall, The Fugitive Game. Weitere Kontroversen ergaben sich aus der Veröffentlichung des Films Takedown, in dem Littman behauptete, dass Teile des Films ohne Genehmigung aus seinem Buch The Fugitive Game entnommen wurden.
Markoffs Verwicklung mit Mitnick wird in dem Dokumentarfilm Freedom Downtime ausführlich behandelt, in dem ein Interview mit Markoff geführt wird, der nicht in der Lage ist, den Wahrheitsgehalt von Mitnicks Anschuldigungen zu erläutern.
Post-MitnickEdit
Nach Mitnick schrieb Markoff weiter über Technologie, wobei er sich zeitweise auf drahtlose Netzwerke konzentrierte und frühe Berichte über drahtlose Breitbandverbindungen ohne Sichtverbindung, Phased-Array-Antennen und MIMO-Antennensysteme (Multiple-in, Multiple-out) zur Verbesserung von Wi-Fi verfasste. Er berichtete 1999 über Jim Gillogly, der die ersten drei Abschnitte der CIA-Chiffre Kryptos knackte, und schreibt regelmäßig über Halbleiter und Supercomputer. Er schrieb die ersten beiden Artikel über die Rückkehr von Admiral John Poindexter in die Regierung und die Gründung des Total Information Awareness-Projekts. Für die Geschichte „End of an Era“ wurde er 2005 mit dem Gerald Loeb Award in der Kategorie Deadline Writing ausgezeichnet. Im Jahr 2009 wechselte er vom Wirtschaftsteil der New York Times in den Wissenschaftsteil.
Markoff war an dem Beitrag der New York Times beteiligt, der 2013 mit dem Pulitzer-Preis für erklärende Berichterstattung ausgezeichnet wurde. Die Serie von 10 Artikeln untersuchte die Geschäftspraktiken von Apple und anderen Technologieunternehmen. Am 1. Dezember 2016 zog er sich von seiner Vollzeitstelle bei der New York Times zurück. Er arbeitet weiterhin als freiberuflicher Journalist für die Times und andere Organisationen und ist ehrenamtlich für das Computer History Museum tätig.
Markoff wird in Do You Trust This Computer? interviewt, einem Dokumentarfilm von 2018 über künstliche Intelligenz.