Im März 2004 wurden vier Unterarten des Inselfuchses als vom Aussterben bedrohte Art eingestuft: der Santa-Cruz-Inselfuchs, der Santa-Rosa-Inselfuchs, der San-Miguel-Inselfuchs und der Santa-Catalina-Inselfuchs. Seit 2013 listet die IUCN die gesamte Art als nahezu bedroht, was eine Verbesserung gegenüber dem früheren Status „stark gefährdet“ bedeutet. In den 1990er Jahren wurde ein Rückgang der Fuchspopulationen auf den Inseln festgestellt. Auf der Insel San Miguel begann der Rückgang 1994, als die Population von 450 erwachsenen Tieren auf 15 im Jahr 1999 zurückging. Ein ähnlicher Bestandsrückgang wurde auf der Insel Santa Cruz festgestellt. Auf der Santa-Cruz-Insel ging die Population von 2.000 erwachsenen Tieren im Jahr 1994 auf weniger als 135 im Jahr 2000 zurück, und auf der Santa-Rosa-Insel, wo die Zahl der Füchse 1994 noch mehr als 1.500 betragen haben könnte, sank sie bis zum Jahr 2000 auf 14 Tiere. Im Jahr 2004 gab es auf der San-Miguel-Insel 38 Füchse, die alle in Gefangenschaft lebten; auf der Santa-Rosa-Insel waren 46 Füchse in Gefangenschaft und sieben in freier Wildbahn (die Steinadlerprädation verhinderte die Auswilderung von Füchsen in Gefangenschaft); auf der Santa-Cruz-Insel gab es 25 in Gefangenschaft lebende Füchse und eine stabile Wildpopulation von etwa 100 Füchsen.
Die Steinadlerprädation, die entdeckt wurde, als die Füchse mit Funksignalen versehen und überwacht wurden, erwies sich als Ursache für die hohe Sterblichkeitsrate. Nach Angaben von Dr. Lyndal Laughrin vom Inselreservat der Universität von Kalifornien in Santa Cruz war der Steinadler vor den 1990er Jahren ein seltener Besucher auf den Kanalinseln, und der erste Steinadlerhorst wurde 1999 auf Santa Cruz Island registriert. Biologen vermuten, dass der Adler in den 1960er Jahren nach dem Rückgang des Weißkopfseeadlers auf die Inseln gekommen sein könnte. Der Steinadler löste den Weißkopfseeadler ab und begann, sich von Wildschweinen zu ernähren, nachdem die lokale Weißkopfseeadlerpopulation in den 1950er Jahren durch DDT-Exposition vernichtet worden war – der Weißkopfseeadler hätte den Steinadler davon abgehalten, sich auf den Inseln niederzulassen, während er sich von Fischen ernährte.
Die Wildschweine auf Santa Rosa wurden Anfang der 1990er Jahre vom National Park Service ausgerottet, wodurch eine der Nahrungsquellen des Steinadlers wegfiel. Der Steinadler begann daraufhin, die Inselfüchse zu jagen. Wildschweine auf Santa Cruz Island und Hirsche und Elche auf Santa Rosa Island wurden fast 70 Jahre vor dem Rückgang der Inselfüchse eingeführt, so dass der Steinadler diese Tiere höchstwahrscheinlich nicht als alternative Beute suchte. Dies ist höchstwahrscheinlich das Ergebnis eines Prozesses, der als offensichtliche Konkurrenz bekannt ist: Bei diesem Prozess ernährt sich ein Raubtier, wie der Steinadler, von mindestens zwei Beutetieren, z. B. dem Polarfuchs und Wildschweinen. Ein Beutetier ist an den hohen Raubdruck angepasst und unterstützt die Raubtierpopulation (d. h. die Schweine), während das andere Beutetier (d. h. der Polarfuchs) schlecht an den Raub angepasst ist und als Folge des Raubdrucks zurückgeht. Es wurde auch vorgeschlagen, dass die vollständige Beseitigung der Steinadler die einzige Maßnahme sein könnte, die drei Unterarten des Inselfuchses vor dem Aussterben bewahren könnte. Die Schweine auf Santa Cruz Island wurden jedoch von der Naturschutzorganisation Nature Conservancy mit der Begründung getötet, dass sie die Adler zu den Füchsen lockten.
Eingeschleppte Krankheiten oder Parasiten können die Populationen der Inselfüchse zerstören. Da Füchse auf Inseln isoliert leben, sind sie nicht immun gegen Parasiten und Krankheiten, die vom Festland eingeschleppt werden, und besonders anfällig für Krankheiten, die von Haushunden übertragen werden können. Bei einem Ausbruch der Hundestaupe im Jahr 1998 starben etwa 90 % der Füchse auf Santa Catalina Island, wodurch die Population von 1.300 auf 103 im Jahr 2000 zurückging. Zum Schutz der Füchse auf Catalina Island vor Hundestaupe wurde ein Impfprogramm eingeleitet. Nachdem die Füchse mehrere Jahre lang sorgfältig in Fallen gefangen und gegen Staupe und Tollwut geimpft wurden, hat ihre Population im Jahr 2015 1.717 Tiere erreicht und damit die Population vor der Erkrankung von etwa 1.300 Tieren übertroffen. Wissenschaftler gehen davon aus, dass das Staupevirus durch einen Haushund oder einen Waschbären vom Festland eingeschleppt wurde, der per Anhalter auf einem Boot oder einem Lastkahn mitfuhr. Um das Seuchenrisiko auszuschalten, sind Haustiere im Channel Islands National Park nicht erlaubt.
Das verringerte Nahrungsangebot und die allgemeine Verschlechterung des Lebensraums durch eingeschleppte Säugetierarten, darunter Wildkatzen, Schweine, Schafe, Ziegen und amerikanische Bisons, von denen letztere in den 1920er Jahren durch ein Hollywood-Filmteam, das einen Western drehte, auf Catalina Island eingeführt wurden, haben sich ebenfalls negativ auf die Fuchspopulationen ausgewirkt.
Die Füchse bedrohen eine Population des stark gefährdeten San Clemente Island Loggerhead Shrike, der auf San Clemente Island lebt. Die Fuchspopulation auf der Insel wurde durch den Fang und die Entfernung oder Euthanasie der Füchse durch die US-Marine negativ beeinflusst. Seit dem Jahr 2000 hat die Marine verschiedene Managementstrategien angewandt: das Einfangen und Festhalten der Füchse während der Brutzeit der Würger, die Installation eines elektrischen Zaunsystems um die Lebensräume der Würger und die Verwendung von Schockhalsbändern. Mit der allmählichen Erholung der Würgerpopulation auf San Clemente Island kontrolliert die Marine die Füchse nicht mehr.
Die Populationen der Füchse auf den Inseln Santa Cruz, San Miguel und Santa Rosa haben sich von einem Tiefstand im Jahr 2000 von 70 Füchsen auf Santa Cruz und jeweils 15 Füchsen auf San Miguel und Santa Rosa dramatisch erholt. Die Catalina Island Conservancy betreibt ein Zuchtprogramm in Gefangenschaft auf Catalina Island. Am 14. September 2012 veröffentlichte der US Fish and Wildlife Service den Entwurf eines Wiederherstellungsplans für den San-Miguel-Fuchs, den Santa-Rosa-Fuchs, den Santa-Cruz-Fuchs und den Santa-Catalina-Fuchs. Im Jahr 2012 stellte die Catalina Island Conservancy fest, dass es auf der Insel Santa Catalina 1.500 Füchse gibt und die Population stabil ist. Im Jahr 2015 gab es nach Angaben der Gruppe Friends of the Island Fox 520 einheimische Füchse auf San Miguel und 874 auf Santa Rosa. Die Zahl der Füchse auf Santa Cruz Island war auf 1.750 angestiegen. Der US Fish and Wildlife Service empfahl, die Inselfüchse von Santa Cruz, San Miguel und Santa Rosa nicht mehr auf der Liste der gefährdeten Arten zu führen – ein großer Erfolg. Allerdings wird empfohlen, die Insel Santa Catalina wegen der Bedrohung durch Krankheiten auf dieser stark besuchten Insel von gefährdet auf bedroht umzustufen.
Zwei weitere Unterarten auf San Nicolas und San Clemente sind nicht gefährdet. Auf San Nicolas gab es 263 Füchse und auf San Clemente 1.230.
Da die Kanalinseln fast vollständig entweder der Catalina Island Conservancy, The Nature Conservancy oder der Bundesregierung gehören und von ihnen kontrolliert werden, hat der Fuchs die Chance, den Schutz zu erhalten, den er braucht, einschließlich einer ständigen Überwachung durch interessierte Beamte, ohne die ständige Bedrohung durch menschliche Eingriffe in seinen Lebensraum.
Der Fuchs konnte sich auf Anacapa Island nicht halten, weil es dort keine verlässliche Süßwasserquelle gibt; Santa Barbara Island ist zu klein, um den Nahrungsbedarf einer lebensfähigen Fuchspopulation zu decken.
Rene Vellanoweth, ein Archäologe, glaubt, dass die Inzuchtdepression in den Griff zu bekommen ist, indem man die Populationen der verschiedenen Unterarten des Inselfuchses mischt, so wie es die Ureinwohner taten, indem sie von Insel zu Insel zogen, was eine größere genetische Vielfalt schuf und sie bei der Erholung unterstützte.