Ein frühes Beispiel für ein Hypogäum findet sich in der minoischen bronzezeitlichen Stätte von Knossos auf Kreta. Hogan stellt fest, dass dieses unterirdische Gewölbe die Form eines Bienenkorbes hatte und in den weichen Felsen geschnitten war. Das Ħal Saflieni Hypogeum in Paola, Malta, ist das älteste Beispiel eines prähistorischen Hypogäums, dessen früheste Phase auf 3600-3300 v. Chr. datiert wird; es handelt sich um einen Komplex von unterirdischen Kammern, Sälen und Gängen, der sich auf drei Ebenen über eine Fläche von etwa 500 m2 erstreckt, teilweise mit Schnitzereien versehen ist, um die Tempelarchitektur zu imitieren, und umfangreiche prähistorische Kunst enthält. In Larnaka, Zypern, wurde 1999 das Lefkaritis-Grab entdeckt.
Hypogäen wurden auch im dynastischen Ägypten gefunden, z. B. in der nördlichen Mazghuna-Pyramide, der südlichen Mazghuna-Pyramide und der südlichen Pyramide von Saqqara. Die Hypogäen im antiken Palmyra enthielten mit Platten verschlossene Lokuli mit skulptierten Porträtreliefs und Sarkophage mit skulptierten Familienfestszenen auf ihren Deckeln.
Die späteren Christen bauten ähnliche unterirdische Schreine, Krypten und Gräber, die sie Katakomben nannten. Aber das war nur ein Unterschied im Namen, nicht im Zweck und in den Ritualen, und die archäologische und historische Forschung zeigt, dass sie im Grunde dasselbe waren. Werner Jacobsen schreibt:
Wie andere ehrgeizige Römer wurden auch die Bischofsheiligen des dritten und vierten Jahrhunderts gewöhnlich in Hypogäen auf den Friedhöfen außerhalb der Stadtmauern beigesetzt; oft waren es nur die Wunder an ihren Gräbern, die ihre Nachfolger veranlassten, modernere Formen anzunehmen. In Dijon wurde der Heilige und Bischof Benignus (gest. um 274) in einem großen Sarkophag in einem Kammergrab auf dem römischen Friedhof beigesetzt. Im sechsten Jahrhundert war das Grab längst verfallen und wurde selbst von Bischof Gregor von Langres als heidnisch angesehen.