Während die planmäßige Zucht der Tonkinesen erst in den 1960er Jahren begann, gibt es frühe Versionen der Rasse höchstwahrscheinlich schon seit Hunderten von Jahren. Da die burmesischen Katzen, die in ihrer südostasiatischen Heimat ursprünglich „Kupferkatzen“ genannt wurden, jahrhundertelang in denselben Regionen wie die Siamesen lebten, sind geplante oder unbeabsichtigte Kreuzungen wahrscheinlich. Einfarbig braune (selbstbraune) Katzen und Schokoladensiamesen gehörten zu den ersten Katzen, die in den späten 1800er Jahren aus Siam nach England kamen, zusammen mit den blauäugigen Sealpoint-Siamesen.
Frühe Aufzeichnungen beschreiben die braunen Katzen als „Siamesen, mit einem Fell aus brünierter Kastanie und grün-blauen Augen“. Forscher glauben, dass diese Importe nicht alle denselben genetischen Typen angehörten, sondern eher das repräsentieren, was man heute als Burmesen, Chocolate Point Siamesen, Tonkinesen und Havanna Browns bezeichnen würde. Zum jetzigen Zeitpunkt ist es schwierig, anhand der verfügbaren Beschreibungen die einzelnen Typen voneinander zu unterscheiden. Ironischerweise stellte sich heraus, dass Wong Mau, die Stammkatze der Burmesen, die 1930 in die Vereinigten Staaten gebracht wurde, ein Siam/Burma-Hybrid war und heute als Tonkinesen bezeichnet werden würde. Diese siamesischen und einfarbigen Katzen wurden in Europa Ende des 19. und Anfang des 20. Bald darauf fielen diese Katzen jedoch in Ungnade. Im Jahr 1930 verkündete der Siamese Cat Club: „Der Club bedauert sehr, dass er nicht in der Lage ist, die Zucht von Siamkatzen mit blauen Augen zu fördern. Einfarbige Katzen ohne blaue Augen wurden dementsprechend von Wettbewerben ausgeschlossen und verschwanden aus der Katzenwelt.
Die Tonkinesen erlebten Anfang der 1960er Jahre einen Neuanfang als anerkannte Rasse, als die kanadische Züchterin Margaret Conroy eine zobelfarbene Burmakatze mit einer sealpoint-Siamkatze kreuzte. Das Ergebnis dieser Kreuzung war eine Katze von mittlerem Temperament und Typ, die Conroy ursprünglich „Golden Siamese“ nannte. Als die Tonkinese entstand, waren sowohl die Burmesen als auch die Siamesen noch nicht durch selektive Zucht in ihre heutige Form gebracht worden. Die Siamesen hatten noch nicht ihren extrem geschmeidigen Ausstellungsstil erreicht, und die Burmesen waren noch nicht so kompakt und rundlich, und die Kopfform war noch nicht so breit und rund. Dennoch war es für die Tonkinesen-Züchter eine Herausforderung, beide zu kombinieren und einen einheitlichen und konsistenten Kopf- und Körpertyp zu erreichen.
Um die Rasse von den Siamesen zu unterscheiden, wurde der Name 1967 in „Tonkanese“ geändert. Im Jahr 1971 stimmten die Züchter dafür, den Namen in „Tonkinese“ zu ändern, nach der Bucht von Tonkin vor Südchina und Nordvietnam. Der Name war attraktiv und hatte einen schönen exotischen Klang, obwohl die Rasse nicht aus dem Gebiet der Bucht von Tonkin stammte.
In Zusammenarbeit mit anderen namhaften Züchtern wie Jane Barletta aus New Jersey schrieb Conroy den ersten Rassestandard, der der Canadian Cat Association (CCA) vorgelegt wurde. Die Tonkinese war die erste Rasse, die in Kanada entwickelt wurde. Im Jahr 1971 war die CCA das erste Katzenregister, das der Tonkinesen den Status eines Champions zuerkannte. Die CFF erkannte die Tonkinese 1974 an; die TICA folgte 1979, dem Jahr ihrer Gründung als Verband.
Im Oktober 1979 verabschiedete der CFA eine „Fünf-Jahres-Regel“, die besagt, dass neue Rassen fünf Jahre lang in der neu geschaffenen Klasse „Non-Competition Miscellaneous“ bleiben müssen. 1984 gewährte der CFA der Rasse Tonkinese den Status eines Champions. Bis 1990 hatten alle großen Verbände die Rasse als Champion anerkannt.