Der Auslass des Henrys Lake wird im Sommer durch Bewässerungsanlagen stark entlastet. Gegen Ende der Saison, wenn die Abflüsse mit der kühleren Witterung abnehmen, wird mehr Wasser in den Fluss geleitet, so dass die Fische aus dem unteren Teil des Flusses aufsteigen können. Die Naturschutzorganisation Nature Conservancy sponsert eine Lernstation in der Nähe des Ausflusses.
Südlich des Sees bei Big Springs fließen täglich fast 500.000 US-Gallonen (1.900 m3) konstantes Wasser mit einer Temperatur von 11 °C (52 °F) in den Fluss. Der Fluss fließt in südlicher Richtung durch ein Hochplateau im nördlichen Fremont County, durch den Caribou-Targhee National Forest und passiert das Island Park Reservoir. Er tritt aus dem Stausee aus und fließt durch einen Canyon, der sich in eine breite, flache Wiese in der Island Park Caldera im zentralen Fremont County öffnet. Der Fluss fließt langsam an der Stadt Island Park vorbei, durch den Harriman State Park, der auch als „Railroad Ranch“ bekannt ist, und fließt dann schnell abwärts, wenn er sich der Wand der Caldera nähert, wobei er sowohl die Upper Mesa als auch die Lower Mesa Falls überfließt und in der Nähe von Ashton aus den Bergen in die Snake River Plain mündet. Er fließt in südwestlicher Richtung durch die Ebene, vorbei an St. Anthony und teilt sich in mehrere Kanäle auf, um nördlich von Rexburg in ein breites Binnendelta zu münden. Etwa 8,0 km (5 Meilen) westlich von Rexburg mündet der Teton River von Osten her in ihn. Von Nordosten mündet er etwa 16 km (10 Meilen) südwestlich von Rexburg in den Snake, knapp unter 1.463 m (4.800 Fuß).
Das Island Park Reservoir, ein Teil des Minidoka-Projekts, wird für die Bewässerung der Snake River Plain genutzt. Sein Einzugsgebiet bietet eine der wichtigsten Regenbogenforellenfischereien in Idaho, was den Lebensraum, die Fischpopulationen und die Nutzung durch Angler betrifft. Der Flussabschnitt zwischen Henry’s Lake und Big Springs ist ein wichtiges Laichgebiet für Forellen und darf nicht beangelt werden.
Henrys Fork ist seit langem für seine hervorragenden Angelmöglichkeiten bekannt, insbesondere für das Fischen mit Trockenfliegen. Bing Lempke, ein Rohrleger aus dem nahe gelegenen Idaho Falls, galt bis zu seinem Tod im Jahr 1990 als der lokale Dekan der Fischerei.