Das Gedicht Flannan Isle wird von Tom Baker als Doctor am Ende der Doctor Who-Geschichte Horror of Fang Rock zitiert, die auf einem Leuchtturm spielt und eine außerirdische Erklärung für die Tragödie enthält, die den drei Wärtern dort und den Überlebenden eines Schiffbruchs widerfahren ist.
Für das Album Chansons des mers froides (Songs from the Cold Seas) von 1994 adaptierte der französische Produzent Hector Zazou einen Auszug aus dem Gedicht Flannan Isle als Song mit dem Titel The Lighthouse. Der Leadgesang wurde von Siouxsie Sioux von Siouxsie and the Banshees gesungen und der Hintergrundgesang von einem weiblichen Nanai-Schamanen.
Der Genesis-Song The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (auf Archive 1967-75) basiert auf diesem Vorfall, ebenso wie die Oper The Lighthouse von Peter Maxwell Davies.
Der Roman Some Strange Scent of Death von Angela J. Elliott ist nach einer Zeile des Gedichts benannt und erzählt vom Verschwinden der Leuchtturmwärter.
Die Hauptgeschichte des Videospiels Dark Fall II: Lights Out enthält Charaktere und Orte, die mit dem Vorfall in Verbindung stehen.
Der schottische Thrillerfilm The Vanishing aus dem Jahr 2018 spielt auf den Flannan-Inseln.