Obwohl die ägyptische Presse freier war als unter Nasser oder Sadat, führte Mubarak 1995 ein Gesetz ein, das die Inhaftierung von Journalisten oder Parteiführern vorsah, wenn diese Nachrichten veröffentlichten, die einen Regierungsvertreter verletzten. Der Druck der Bevölkerung veranlasste die Versammlung, das Gesetz abzuschwächen, das schließlich vom ägyptischen Verfassungsgericht für ungültig erklärt wurde. Die zunehmende Zensur durch die islamischen Gerichte und den Rektor der al-Azhar-Universität schränkte jedoch die Rede- und Pressefreiheit im späten 20. und frühen 21. Jahrhundert ein.
Im Kampf gegen den islamistischen Terrorismus griff das Mubarak-Regime auf Präventivhaft und angeblich auch auf Folter zurück. Ägyptische Terroristen ermordeten ihrerseits mehrere Regierungsminister, töteten 1995 in Addis Abeba (Äthiopien) beinahe Mubarak selbst und schossen auf Touristen in der Nähe der berühmtesten ägyptischen Denkmäler – einschließlich eines besonders brutalen Anschlags in Luxor im Jahr 1997. Ein führender Islamist, Scheich ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, floh in die Vereinigten Staaten, wo er 1993 an einem Lkw-Bombenanschlag auf das World Trade Center in New York City beteiligt war und später wegen dieses Verbrechens und wegen Verschwörung zu weiteren Anschlägen zu lebenslanger Haft verurteilt wurde. Ein weiterer Islamistenführer, ein kairischer Kinderarzt namens Ayman al-Zawahiri, floh nach Afghanistan, wo er Mitglieder der EIJ dazu brachte, sich der transnationalen Terrororganisation al-Qaida anzuschließen. Trotz der Initiativen der Regierung, das Problem in den Griff zu bekommen, bleibt der inländische Terrorismus eine Bedrohung für die Stabilität Ägyptens.
Einige soziale und wirtschaftliche Probleme sind entweder auf die Beteiligung Ägyptens am Persischen Golfkrieg (1990-91) auf der Seite der US-geführten Koalition zurückzuführen oder wurden durch diese verschärft. Ägyptische Truppen nahmen an dem Konflikt teil, ebenso wie Soldaten aus vielen arabischen Ländern. Obwohl Ägypten für seine Teilnahme mit dem Erlass von Milliarden von Dollar belohnt wurde, die es für den Kauf von Waffen aus dem Westen schuldete, verloren viele ägyptische Arbeiter im Ausland ihre Arbeit im Irak aufgrund der Invasion Kuwaits durch das Land. Auch Ägyptens Hoffnungen, dass seine Auftragnehmer den Zuschlag für den Wiederaufbau Kuwaits nach dem Krieg erhalten würden, wurden enttäuscht, und ein Plan, ägyptische und syrische Truppen als Friedenstruppen in der Region zu stationieren, wurde von den Staaten am Persischen Golf abgelehnt. Es ist vielleicht verständlich, dass die finanziell angeschlagenen Ägypter begannen, den wohlhabenden Saudis, Kuwaitis und anderen Golfarabern, die ihren Urlaub oft in Kairos Luxushotels mit Glücksspiel verbrachten, zu misstrauen.
Die ägyptische Öffentlichkeit wurde auch skeptisch gegenüber den anhaltenden Bemühungen der aufeinander folgenden US-Präsidenten und ihres eigenen Präsidenten, den Frieden zwischen Israel und anderen arabischen Ländern und insbesondere den Palästinensern zu fördern. In einer sich wandelnden Weltwirtschaft wurde in der Bevölkerung der Verdacht geäußert, dass solche Versuche, bessere Beziehungen zu fördern, Hintergedanken haben könnten. Insbesondere befürchteten viele Ägypter einen möglichen Versuch der USA und Israels, die ägyptische Industrie zu manipulieren, zumal die Computer- und Informationstechnologie – beides Bereiche, bei deren Beschaffung und Nutzung Ägypten stark vom Westen abhängig ist – für das Wirtschaftswachstum immer wichtiger wurde. Seit 2004 steht jedoch der Ausbau der Internetverbindungen des Landes ganz oben auf der wirtschaftlichen Agenda des ägyptischen Premierministers Ahmad Nazif, der selbst Computertechniker ist.
Tatsächlich zeigte sich Mubaraks Engagement für die Entwicklung des Landes darin, dass er in den 1990er Jahren drei aufeinanderfolgende Wirtschaftsplaner zum Premierminister ernannte. Und obwohl Ägypten wirtschaftlich immer anspruchsvoller wurde, hatte es dafür einen hohen Preis zu zahlen. Die Unabhängigkeit des Landes wurde durch die Einmischung internationaler Kreditgeber wie des IWF beschnitten, und die zunehmenden Einkommensunterschiede und der Zugang zu Ressourcen belasteten die Beziehungen zwischen den reichen und den armen Bürgern und trugen zur Erosion der Einheit zwischen Muslimen und Kopten bei. Während einige Muslime die Kopten beschuldigten, als Agenten ausländischer Mächte zu dienen und die ägyptische Wirtschaft zu kontrollieren, warfen einige Kopten den Muslimen vor, Kirchen zu zerstören und ägyptische Christen zum Übertritt zum Islam zu zwingen. Obwohl sich sowohl muslimische als auch christliche Ägypter größtenteils bemühten, ihre Differenzen in der Öffentlichkeit zu minimieren, um die nationale Einheit zu wahren, stellte die rasche und ungleiche Entwicklung letztlich eine Bedrohung für Ägyptens politische und kulturelle Führungsrolle in der arabischen Welt dar.
Arthur Eduard Goldschmidt
Die internen Spannungen nahmen zu, als das Mubarak-Regime die Opposition weiter unterdrückte, indem es Dissidenten verhaftete und die politische Meinungsäußerung einschränkte. Bei den Parlamentswahlen im November 2010, die die NDP mit überwältigender Mehrheit gewann und damit die Oppositionsparteien aus der Volksversammlung verdrängte, wurden weit verbreitete Unregelmäßigkeiten beobachtet.