ApE ist ein proprietärer Sequenzeditor, der ein modifiziertes GenBank-Format zum Speichern von Sequenzen verwendet. Die Software kann für den Zusammenbau von Sequenzierungsspuren, virtuelle Verdauungen, Sequenzannotation und schematische Sequenzdarstellung verwendet werden. Sie wurde von Wayne Davis von der University of Utah entwickelt und wird von ihm gepflegt. Die aktuelle stabile Version (Stand: Juni 2010) ist 1.17 und die Software läuft unter Windows, Mac und Unix. Die Software ist kostenlos, aber Spenden sind erwünscht.
Merkmale
Betriebssystem, Datenformat
- läuft auf Windows, OS X und Linux/Unix
- importiert DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL und ABI Sequenzspuren
- speichert Daten in einem modifizierten Genbank-Dateiformat (DNA Strider-kompatibel)
- exportiert BankIt-Merkmalstabelle für die Sequenzeinreichung an NCBI GenBank
- exportiert Grafikdateien von Sequenzdiagrammen
Sequenzauszeichnung und Tools
- vorvorhandene erweiterbare Merkmalstabellen, die für die automatische Annotation
- Sequenzsuche verwendet werden können, e.z.B. für Primer, Sonden oder Restriktionsstellen
- Restriktionsstellen und Regionsmarkierung in Sequenz und in einem einfachen Cartoon
- zeigt Übersetzung, Tm, %GC, ORF der ausgewählten DNA
- BLAST ausgewählte Sequenz im NCBI oder Wormbase
- virtueller Verdau inklusive Gel-Diagramm
Der Autor ist sehr reaktionsschnell und hat innerhalb weniger Tage eine von mir vorgeschlagene BankIt-Exportoption integriert. –JS 05:50, 30. Juni 2010 (EDT)
Es gibt einen schwerwiegenden Fehler, der die Alignment-Funktion in den neueren Versionen von ApE betrifft (ich habe ihn zumindest in den Versionen 2.0.39 – 2.0.45 gefunden, möglicherweise betrifft er alle 2.0.X-Versionen?), die in den letzten ~12 Monaten veröffentlicht wurden, einschließlich der aktuellen Version (2.0.45). In einigen Fällen, in denen sich die Sequenzen um ein einziges Basenpaar unterscheiden, ist das von ApE ausgegebene Alignment falsch und die nicht übereinstimmenden Reste werden nicht wie erwartet rot hervorgehoben. Dadurch kann es sehr leicht passieren, dass kleine Deletionen übersehen werden, wenn Sie Ihre Sequenzierungsdaten mit der erwarteten Sequenz vergleichen. Dies sollte in der noch zu veröffentlichenden Version 2.0.46 korrigiert werden. Siehe Fehlerbericht hier („Misalignment of sequences with indels (sometimes)“). Mit Vorsicht verwenden! –Damian Ekiert 12:19, 22. Feb. 2013 (EST). Die aktuelle Version, v2.0.46, hat dieses Problem nicht, sagt der Fehlerbericht — JM 9/2013
Links zur ApE-Homepage
- ApE-Plasmid-Editor-Homepage & Downloads
- ApE-Wiki für Fragen, Antworten, Funktionswünsche, Fehlerberichte, etc.
- Herunterladen der letzten Preview-Versionen (Alphas)
Siehe auch
- ApE-Review bei softpedia
- Ein OWW-Tutorial mit ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA-Sequenzverarbeitung
- Biosoftware für Mac
- Sequenzanalyse