Bei der Anionenaustauschchromatographie hat das stationäre Bett eine ionisch positiv (+) geladene Oberfläche, während die Ionen der Probe negativ (-) geladen sind. Diese Technik wird fast ausschließlich bei ionischen oder ionisierbaren Proben eingesetzt. Je stärker die negative Ladung der Probe ist, desto stärker wird sie von der positiven Ladung der stationären Phase angezogen, und desto länger dauert die Elution. Die Elution in der Ionenchromatographie wird durch den pH-Wert und die Ionenstärke der mobilen Phase und, in geringerem Maße, durch die Betriebstemperatur beeinflusst. Die Möglichkeit, den gesamten pH-Bereich und höhere Temperaturen zu nutzen, ist ein deutlicher Vorteil gegenüber Trägern auf Siliziumdioxidbasis.

Anionenaustauschkapazität
Die Anionenaustauschkapazität ist ein Maß für die Anzahl der negativen Ladungen (Anionen), die das Austauscherharz binden kann, und wird in einfach geladenen Ionenäquivalenten pro 1 Gramm Harz angegeben. Die Austauschkapazität hängt vom pH-Wert der mobilen Phase ab, und bei der Anionenaustauschchromatographie sinkt die Austauschkapazität mit abnehmendem Säuregehalt der mobilen Phase (pH-Wert steigt).

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