Das gesamte Gebiet des heutigen Allston war Teil von Brighton. Im Jahr 1807 trennte sich die Stadt von Cambridge. Allston hat nie als eigenständige politische Einheit existiert. Die Stadt Brighton wurde 1874 in die Stadt Boston eingegliedert. Im Jahr 1868 wurden im westlichen Teil von Brighton ein neues Postamt und eine Eisenbahnlinie eingerichtet. Sie wurden Allston genannt, nach Allston Washington, einem Maler, der auf der anderen Seite des Charles River im Stadtteil Cambridgeport gelebt und gearbeitet hatte.
Allston kam durch die Viehzucht und den Bau der Eisenbahn schnell zu Wohlstand. Mitte des 20. Jahrhunderts wurde die Viehzucht jedoch eingestellt. Allston ist als eine der wenigen Gemeinden in den Vereinigten Staaten bekannt, die nach einem Künstler benannt sind.
Die Boston Patriots (jetzt die New England Patriots) der National Football League spielten eine Saison in Allston (1970) im Harvard Stadium. Die Boston Braves spielten von 1915 bis 1952 im Braves Field (dem heutigen Nickerson Field der Boston University).