Eine Stunde nach der gescheiterten Ankunft in Montana wurde die „Operation Mike“, benannt nach dem Flugzeugkommandanten First Lt. Kyle L. McMichael, wurde ein Such- und Rettungsprogramm gestartet, bei dem 85 amerikanische und kanadische Flugzeuge sowie 7.000 Mitarbeiter 350.000 Quadratmeilen des pazifischen Nordwestens absuchten. Die Suche wurde dadurch erleichtert, dass Soldaten und Ausrüstung bereits für die bevorstehende Übung Sweetbriar, ein gemeinsames Kriegsspielszenario von Kanada und den USA, nach Norden gebracht worden waren. Die Fortsetzung der Operation verwirrte die Suchenden, da es viele falsch positive Berichte über Rauchsignale, verstümmelte Kommunikation und Sichtungen von „Überlebenden“ gab.
Am 30. Januar geriet eine C-47 mit der Air Force-Seriennummer 45-1015 des 57th Fighter Wing, die an der Suche teilgenommen hatte, ins Stocken und stürzte in den McClintoc-Bergen nahe Whitehorse ab. Die Besatzungsmitglieder wurden verletzt, aber es gab keine Todesopfer. Der Pilot lief 13 km zum Alaska Highway und hielt einen Lastwagen an, um Unterstützung für seine 5-8 Besatzungsmitglieder zu holen.
Am 2. Februar wurde berichtet, dass zwei Flugzeuge und zwei Funkstationen im Yukon-Gebiet unverständliche Funksignale gehört hatten, aber Versuche, die Position zu „fixieren“, waren erfolglos. Ebenso meldete ein einsamer Siedler, er habe ein großes Flugzeug über seiner Hütte am Beaver Lake im Inneren von British Columbia gesehen, 500 Meilen südlich der Yukon-Grenze, 250 Meilen nördlich von Vancouver und 200 Meilen westlich der Flugroute des Alaska Highway.
Am 7. Februar stürzte eine C-47D, 45-1037, von der Eielson Air Force Base, die von der 5010th Wing für die Suche eingesetzt wurde, an einem Berghang südlich des Aishihik Lake ab. An Bord befanden sich zehn Besatzungsmitglieder, es gab jedoch keine Todesopfer. Am 16. Februar stürzte eine C-47 der Royal Canadian Air Force, KJ-936, in der Nähe von Snag ab. Auch hier erlitten die vier Besatzungsmitglieder nur leichte Verletzungen. Später wurde ihr Wrack vorübergehend mit der vermissten C-54 verwechselt.
Die Operation wurde am 14. Februar auf unbestimmte Zeit unterbrochen, da die Suchflugzeuge benötigt wurden, um den Absturz einer B-36 zu untersuchen, die eine Mark-4-Atombombe an Bord hatte, obwohl diese Bombe keinen radioaktiven Kern hatte.