Omkring år 1000 f.Kr. bosatte store grupper af mennesker sig i dette område. Disse var umbrerne. De boede i små befæstede landsbyer på højtliggende områder. Fra 450 f.Kr. blev umbrernes landsbyer overtaget af etruskerne. Derefter overtog romerne kontrollen med det centrale Italien ved slaget ved Sentinum i 295 f.Kr. De udjævnede noget land i terrasser (brede trapper) og byggede en stor by kaldet Asisium på siden af bjerget Subasio. Denne by blev til Assisi. Man kan stadig se nogle bygninger fra romertiden i Assisi. De omfatter murene, hovedpiazzaen og gudinden Minervas tempel, som nu er en kirke kaldet Santa Maria sopra Minerva.
I 238 e.Kr. blev hele befolkningen i Assisi kristen på grund af biskop Rufinos undervisning. Han blev martyrdød. Man mener, at hans lig ligger begravet under katedralkirken San Rufino i Assisi.
Ostgoterne under kong Totila ødelagde det meste af byen i 545. Derefter blev Assisi styret af langobarderne, som kom fra Norditalien, og derefter af de frankiske herskere.
I det 11. århundrede (1000-tallet) blev Assisi en fri by. Men der var konstante kampe mellem to grupper kaldet ghibellinerne og guelferne. Assisi støttede hovedsageligt ghibellinerne, men den nærmeste store by, Perugia, støttede guelferne. Under slaget ved Ponte San Giovanni (Johannesbroen) lykkedes det guelferne fra Perugia at tage en ung mand fra Assisi til fange. Hans navn var Francesco di Bernardone. Det var bl.a. på grund af sine oplevelser, da han blev taget til fange, at den unge Francesco besluttede, at han ville skifte fra at være soldat. Da han vendte tilbage til sin fars hus, lagde han alle sine rigdomme fra sig og blev en fattig, omvandrende prædikant, der fortalte folk, at de skulle vende sig om til Gud og leve i fred med hinanden. Han arbejdede med de fattige og de udstødte mennesker. De havde ingen kirke bortset fra en ruin. Frans og hans venner genopbyggede den lille ødelagte kirkeruin, så hyrderne og andre fattige mennesker kunne tilbede i den. Den kaldes “Porziuncola”. Francesco (Frans) grundlagde ordenen af franciskanere. Han blev “kanoniseret” (gjort til helgen) i 1228 og er kendt som Sankt Frans. Han er en af de mest populære helgener.
En stor basilikakirke blev bygget på bjergsiden til ære for Sankt Frans og blev smukt udsmykket med scener fra hans liv. En af de mest berømte scener viser historien om Sankt Frans, der prædiker for fuglene. I 1997 blev Assisi ramt af de to jordskælv. En del af basilikaens tag faldt ned og dræbte fire personer, der stod nedenunder, og beskadigede det malede loft. Mange mennesker “donerede” (gav penge) for at reparere bygningen, som blev genåbnet mindre end to år senere.
