O Arabidopsis
- Souhrn
- Historie Arabidopsis thaliana
- Obvyklé názvy pro neobvyklý plevel.
- Geografické rozšíření ekotypů a historie některých oblíbených „laboratorních“ kmenů.
- Růstové fáze Arabidopsis a časová osa událostí
- 101 způsobů pěstování Arabidopsis
- Úloha a význam Arabidopsis jako modelového organismu
- Snímek genomu
- Knihy o. Arabidopsis a metody výzkumu Arabidopsis
- Souhrn hlavních událostí ve výzkumu Arabidopsis
Souhrn Arabidopsis thaliana je malá kvetoucí rostlina, která je široce využívána jako modelový organismus v biologii rostlin. Arabidopsis je členem čeledi hořčicovitých (Brassicaceae), do které patří pěstované druhy, jako je zelí a ředkvička. Arabidopsis nemá zásadní agronomický význam, ale nabízí důležité výhody pro základní výzkum v oblasti genetiky a molekulární biologie. Kliknutím na odkaz na prohlížeč taxonomie NCBI si můžete prohlédnout taxonomii Arabidopsis nebo si prohlédnout čeleď Brassicaceae. K dispozici je také heslo na Wikipedii. Několik užitečných statistických údajů: Malý genom (114,5 Mb/125 Mb celkem) byl sekvenován v roce 2000 (SequenceViewer, AGI). Rozsáhlé genetické a fyzické mapy všech 5 chromozomů (MapViewer). Rychlý životní cyklus (přibližně 6 týdnů od vyklíčení po zralé semeno). Plodná produkce semen a snadné pěstování na omezeném prostoru. Účinné transformační metody využívající Agrobacterium tumefaciens. Velké množství mutantních linií a genomických zdrojů, z nichž mnohé jsou k dispozici v zásobních střediscích. Nadnárodní výzkumná komunita akademických, vládních a průmyslových laboratoří. Tyto výhody učinily z Arabidopsis modelový organismus pro studium buněčné a molekulární biologie kvetoucích rostlin.TAIR shromažďuje a zpřístupňuje informace vyplývající z tohoto úsilí.
Pohled na Arabidopsis thaliana Historie Arabidopsis thaliana jako výzkumného organismu. „Arabidopsis thaliana“ objevil Johannes Thal (odtud thaliana) v pohoří Harz v šestnáctém století, i když ji nazval Pilosella siliquosa (a od té doby prošla řadou změn názvu). Nejstarší zpráva o mutantovi (pokud vím) pochází z roku 1873 (A. Braun). F. Laibach poprvé shrnul potenciál Arabidopsis thaliana jako modelového organismu pro genetiku v roce 1943 – pracoval na něm však mnohem dříve a v roce 1907 publikoval jeho správný počet chromozomů. První sbírku indukovaných mutantů vytvořil Laibachův student E. Reinholz. Její diplomová práce byla předložena v roce 1945, práce byla publikována v roce 1947. Langridge sehrál důležitou roli při stanovení vlastností a využitelnosti organismu pro laboratorní studie v 50. letech 20. století, stejně jako Rédei a další (například J. H. van der Veen v Nizozemsku, J. Veleminský v Československu a G. Röbbelen v Německu) v 60. letech. Jedním z mnoha Rédeiových významných příspěvků bylo psaní vědeckých recenzí o Arabidopsis, zvláště důkladná je v Bibliographica Genetica vol 20, No. 2, 1970, s. 1- 151. Snadněji nalezitelnou napsal v časopise Ann. Rev. Genet. (1975), svazek 9, 111-127. Obě probírají část rané historie využití Arabidopsis v laboratoři, i když v té delší z roku 1970 jsou všechny podrobnosti.“
– z Elliot Meyerowitz, 1998
Společné názvy pro Arabidopsis Podle Redei, GP. (1992) Heuristický pohled do minulosti genetiky Arabidopsis. In Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Anglicky: Wall cress; mouse-ear cress německy: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse francouzsky: arabette rameuse, arabette des dames španělsky: arabide nizozemsky: zandraket dánsky: gåsemad norsky: vårskrinneblom maďarsky: lúdfü polsky: rzodkiewnik japonsky: Z celého světa bylo shromážděno více než 750 přírodních vzorků Arabidopsis thaliana, které jsou k dispozici ve dvou hlavních centrech pro osivo, ABRC a NASC. Tyto přístupy jsou poměrně variabilní, pokud jde o tvar a vývoj (např. tvar listů, ochlupení) a fyziologii (např. doba kvetení, odolnost vůči chorobám). Výzkumníci z celého světa využívají tyto rozdíly v přírodních vzorcích k odhalení složitých genetických interakcí, které jsou například základem reakcí rostlin na prostředí a evoluce morfologických znaků. Ačkoli mnoho sbírek přírodních vzorků nemusí splňovat přísnou definici ekotypu, ve vědecké literatuře se běžně označují jako ekotypy. PNG obrázek světového rozšíření (1993, od Jonothana Clarkea): Tento obrázek vytvořil Jonathan Clarke pro svou doktorskou práci (1993) s Caroline Deanovou v Norwichi ve Velké Británii. tato mapa byla založena, tj. překreslena, z originálu od George Redeie (1969). Mapa světa zobrazující zeměpisné rozšíření (zeměpisná délka, šířka, nadmořská výška) více než 30 ekotypů Arabidopsis. Tento obrázek nám laskavě poskytla Torontská univerzita a je k dispozici také jako interaktivní mapa na jejich webových stránkách http://www.bar.utoronto.ca/ Distribution map of Arabidopsis in the USA from the USDA’s Plants Database Chcete-li si mapu prohlédnout interaktivně (kliknutím na odkazy na jednotlivé státy se dostanete k rozšíření v jednotlivých okresech) a zobrazit si další údaje, přejděte na webové stránky Plants Database a zadejte dotaz na Scientific Name =Arabidopsis thaliana. Pro zobrazení rozšíření a dalších odkazů postupujte podle odkazů. Informace o původu často používaných ekotypů (Landsberg erecta, Columbia a Wassilewskija z NASC. Růstové fáze Arabidopsis a časová osa Časová tabulka růstových fází stanovených pro ekotyp Arabidopsis Columbia-O od Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Prohlédněte si časosběrný film klíčícího semínka Arabidopsis od 0 do 65 hodin po zasazení. Ekotyp je Col-0, snímky byly pořizovány každých 10 minut. Tento Quicktime film laskavě poskytl TAIR Dr. Ronny Joosen (Wageningen University). Prohlédněte si časosběrný film zobrazující růst Arabidopsis od 4 dnů po výsadbě (dap) do 22 dap. Rostliny Columbia byly pěstovány za stálého osvětlení v růstové komoře; snímky byly pořizovány každých třicet minut. Toto 65MB video ve formátu Quicktime zahrnuje události po vyklíčení až po vyrašení. Původní video laskavě poskytl TAIR Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) a převedl je do formátu Quicktime. Quicktime si můžete stáhnout zde. Informace o Arabidopsis jako modelovém genetickém organismu Arabidopsis as a model plant: report from the NSF and MASC. Arabidopsis – A Plant Genome Project, jeden z projektů Nifty50 od National Science Foundation, USA. Knihy o Arabidopsis Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel and Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Komplexní, podrobná laboratorní příručka pro Arabidopsis obsahující části o růstu rostlin, genetické analýze, proteomice a genomice. The Arabidopsis Book Chris Somerville a Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Webové dynamické kompendium biologie Arabidopsis. Přispívající kapitoly napsané odborníky ve svých oborech jsou k dispozici on-line a zdarma jako dokumenty ve formátu PDF (portable document format). Arabidopsis : Praktický přístup. (2000) Zoe Wilson ed. Oxford University Press, Oxford, Velká Británie. Další protokoly a metody Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson a Jeremy Roberts, eds. CRC Press, Boca Raton, FL, USA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, eds. CSHL Press, New York, USA. Celkem ucelený přehled arabidopsologie Arabidopsis : atlas morfologie a vývoje. (1993) John L. Bowman ed. Springer-Verlag, Berlin & New York. Obrázky a popisy normálních a mutantních rostlin Arabidopsis Methods in Arabidopsis research. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protokoly a metody pro výzkumníky Arabidopsis Časová osa 2005: První vydání genomu TAIR (verze TAIR 6.0, listopad 2005). 2004: Konečné vydání TIGR Genome (verze TIGR 5.0, březen 2004). 2003: Vydání genomu TIGR 4.0 (červen 2003). 2001: Zvýšený důraz na funkční a srovnávací genomiku, program NSF2010. 2000: Dokončení sekvence genomu. 1999: K dispozici čipy DNA a mikročipy . 1999: Chromozomy II a IV sekvenovány . 1998: Arabidopsis se objevuje v článku o genomu v časopise Science . 1997: Dokončení fyzických map všech chromozomů . 1996: Iniciativa pro genom Arabidopsis. 1995: Vytvoření standardních knihoven BAC a P1. 1994: Zahájení sekvenování cDNA. 1993: Zavedena vysoce účinná transformace. 1992: Zveřejněna první chromozomová procházka. 1991: Vytvořena zásobní centra a databáze. 1990: Genomový projekt Arabidopsis byl zahájen. 1989: Klonování prvního mutantního genu označeného T-DNA. 1988: Zveřejněna první RFLP mapa chromozomů. 1988: Založena elektronická diskusní skupina Arabidopsis. 1986: První zveřejněné sekvence genů Arabidopsis. 1986: 1985: ohlášena transformace pomocí Agrobacteria: Poprvé propagováno jako model molekulární genetiky. 1984: 1983: charakterizována velikost a složitost genomu: První podrobná genetická mapa zveřejněna. 1980: Rozšíření zájmu o využití Arabidopsis ke studiu biochemie, fyziologie a vývoje rostlin. 1976: Druhá mezinárodní konference o Arabidopsis. 1970: Vydání prvního významného přehledového článku. 1965: První mezinárodní konference o Arabidopsis. 1964: Vydán první zpravodaj Arabidopsis.