V oblastech, kde se nezavlažuje, lze různé zóny rostlinstva zhruba rozdělit podle množství srážek.
Tropický deštný prales se nachází podél rozvodí Nilu a Konga, v částech Jezerní plošiny a v jihozápadní Etiopii. Teplo a vydatné srážky vytvářejí husté lesy s velkým množstvím tropických stromů a rostlin, včetně ebenového dřeva, banánovníku, kaučukovníku, bambusu a kávovníku. Smíšené lesy a pastviny (savany), které se vyznačují řídkým porostem řídce olistěných stromů středního vzrůstu a půdním pokryvem z trávy a vytrvalých bylin, se vyskytují ve velké části Jezerní plošiny, v některých částech Etiopské plošiny, v oblasti lemující Modrý Nil u Al-Ruayriṣ a v jižní oblasti řeky Al-Ghazál.
Na súdánských pláních převládá směs řídkých křovin, trnitých stromů a otevřených pastvin. Tato oblast je v období dešťů bažinatá, zejména v oblasti Al-Sudd ve středním Jižním Súdánu, která má rozlohu téměř 100 000 km2. Vegetace zde zahrnuje papyrus, vysoké bambusovité trávy, ambroň rákosovitý neboli turor, vodní salát, druh convolvulus a jihoamerický vodní hyacint.
Severně od 10° s. š. se vyskytuje pás trnité savany nebo země ovocných keřů charakterizovaný malými rozptýlenými porosty stromů, trnitými keři a – po dešti – travinami a bylinami. Severně od něj však srážek ubývá a vegetace řídne, takže krajina je poseta malými trnitými keři, většinou akáciemi. Od Chartúmu na sever se rozkládá pravá poušť, kde jsou srážky řídké a nepravidelné a kde kromě několika zakrslých keřů není žádná trvalá vegetace. Traviny a drobné byliny se mohou po deštích rozptýlit podél odvodňovacích linií, ale během několika týdnů odumřou. V Egyptě je vegetace v blízkosti Nilu téměř výhradně výsledkem zavlažování a kultivace.
V nilském systému se vyskytuje mnoho druhů ryb. Z těch, které se vyskytují v dolní části nilského systému, stojí za zmínku okoun nilský (který může dosáhnout hmotnosti přes 175 kg), bolti (druh tilapie), ostroretka, několik druhů sumců, ryba sloní ryba a tygrovaná ryba neboli vodní leopard. Většina těchto druhů a sardinkám podobná ryba Haplochromis, ploutvonožec a bahenní ryba se vyskytují až ve Viktoriině jezeře. Úhoř obecný proniká až k Chartúmu na jih a úhoř ostnitý se vyskytuje ve Viktoriině jezeře.
Speciálně pro Encyclopædia Britannica namaloval Tom Dolan pod dohledem Lorena P. Woodse, Přírodovědné muzeum v Chicagu
Krokodýl nilský, který se vyskytuje na většině území řeky, zatím nepronikl do jezer v povodí horního Nilu. Mezi další plazy vyskytující se v povodí Nilu patří želva měkkozobá, tři druhy ještěrky monitorovité a asi 30 druhů hadů, z nichž více než polovina je jedovatá. Hroch, kdysi běžný v celém nilském systému, se dnes vyskytuje pouze v oblasti Al-Sudd a na jihu.
© Digital Vision/Getty Images
Mnoho hejn ryb, které se ve vodách Nilu v Egyptě živily v období povodní, se po výstavbě Asuánské vysoké přehrady zmenšilo nebo zmizelo. Většina druhů nilských ryb byla migranty a přehrada mnohým z nich zabránila v migraci do Násirova jezera. Snížení počtu ančoviček ve východním Středozemním moři bylo rovněž přičítáno vážnému omezení odtoku živin z vody v důsledku přehrady. V Násirově jezeře se však rozvinul komerční rybolov, v němž se daří okounu nilskému a dalším druhům.