Pádným argumentem, že nový lidský retrovirus XMRV není laboratorní kontaminant, je zjištění, že virová DNA je integrována do chromozomální DNA nádorů prostaty. Proč tento výsledek představuje tak silný důkaz virové infekce?
Vytvoření integrované kopie virového genomu – proviru – je kritickým krokem v životním cyklu retrovirů. Provirová DNA je přepisována buněčnou RNA polymerázou II za vzniku virového RNA genomu a mRNA potřebných k dokončení replikačního cyklu. Bez provirové DNA nemůže replikace retroviru pokračovat.
Pro výrobu provirové DNA je genom retrovirové RNA převeden virovým enzymem reverzní transkriptázou na dvouvláknovou DNA. K tomuto kroku dochází v cytoplazmě. Specifické a efficientní vložení virové DNA do DNA hostitelské buňky katalyzuje virový enzym zvaný integráza. Tento enzym rozpozná a nařízne oba konce virové DNA a nové 3′-konce jsou poté kovalentně spojeny s hostitelskou DNA v odstupňovaných zářezech vytvořených integrázou.
Následující obrázek ukazuje některé charakteristické rysy retrovirové integrace. Nahoře je neintegrovaná lineární DNA viru ptačího sarkomu/leukózy vytvořená reverzní transkripcí. Po dokončení integrace se z obou konců ztratí dva páry bází (AA-TT) a na obou stranách provirové DNA se zdvojí cílové místo o velikosti 6 bp v hostitelské DNA (růžová barva). Toto cílové místo se u různých retrovirů liší v délce od 4 do 6 bp. Provirová DNA (uprostřed) končí konzervovanou sekvencí 5′-T G…C A-3′. Provirus slouží jako šablona pro tvorbu virového genomu RNA (dole).
Pro identifikaci provirové DNA XMRV byla genomová DNA izolována z nádorů prostaty a DNA byla amplifikována pomocí primeru, který se annealizoval ve virovém env genu, v blízkosti pravé části LTR. Analýzy sekvence nukleotidů amplifikované DNA od 14 9 různých pacientů ukázaly očekávanou virovou sekvenci CA následovanou lidskou DNA. Další kardinální znak retrovirální integrace – duplikace sekvencí hostitelské DNA lemujících integrační místo – však nemohl být potvrzen, protože bylo studováno pouze pravé integrační místo.
Izolace celé provirové DNA, včetně obou lemujících integračních míst, od pacientů s rakovinou prostaty nebo chronickým únavovým syndromem by byla dalším důkazem toho, že XMRV je virus, který infikuje člověka.