Poušť pokrývá většinu Turkmenistánu, dlouhý pás ve směru východ-západ. Široce zasahuje do hřebenů dun, podložených horninami, ve výšce několika set metrů nad mořem. Nachází se východně od Kaspického moře, které má strmý východní břeh. Na severu sousedí s dlouhou deltou napájející Jižní Aralské moře, další endoreální jezero, které je asi o 58 metrů výše než Kaspické moře. Na severovýchodě se nachází delta řeky Amu Dar’ya, která vymezuje dlouhou hranici s pouští Kyzyl Kum v Uzbekistánu. V desetiletích od počátku 80. let 20. století zabírá poměrně malé rozšíření pouště „Aral Karakum“ většinu bývalého dna Aralského moře, asi 15 440 km2/40 000 km2. Rozloha moře v průběhu tisíciletí kolísala. Jeho většinový úbytek v době existence Sovětského svazu souvisel s velkými zavlažovacími projekty. Severní Aralské moře se v roce 2009 obnovilo do statisícové podoby, ale Jižní Aralské moře se v ústí řeky vyčerpalo do malé velikosti.
Na severozápadním okraji pouště se nacházela řeka. V pozdním pleistocénu tekla Amu Dar’ya za Aralskou pánev do jezera Sarykamysh a poté do Kaspického moře. Sedimentace a záplavy během pluviálního období vedly k rozlivu do údolí řeky Zeravšan na východě. Oba toky se spojily a vytvořily nebo rozšířily Horezmské jezero. Když se toto jezero, které vzniklo v dřívějším chvalinském období, přelilo na sever, vytesalo své spojení s Aralským mořem podél populačního koridoru Akcha Dar’ya v tomto nízkém, mírném údolí (odlehlé společenství západního Uzbekistánu a severovýchodního Turkmenistánu).