Přestože plánovaný chov tonkinské kočky začal až v 60. letech 20. století, rané verze plemene se s největší pravděpodobností vyskytují již stovky let. Vzhledem k tomu, že barmské kočky, kterým se v jejich domovině v jihovýchodní Asii původně říkalo „měděné kočky“, existovaly po staletí ve stejných oblastech jako siamské kočky, jeví se plánované či neúmyslné křížení jako pravděpodobné. Jednobarevné hnědé (samohnědé) kočky a čokoládové siamské kočky byly mezi prvními kočkovitými šelmami, které přišly do Anglie ze Siamu koncem 19. století, spolu se siamskými kočkami s modrýma očima typu sealpoint.
Rané záznamy popisují hnědě zbarvené kočky jako „siamské, se srstí z leštěného kaštanu a zelenomodrýma očima“. Vědci se domnívají, že všechny tyto importované kočky nebyly stejného genetického typu, ale představují spíše to, co bychom dnes nazvali barmskými, čokoládovými bodovými siamkami, tonkinskými a havanskými hnědými. V tuto chvíli je z dostupných popisů těžké rozeznat jednoho od druhého. Ironií osudu bylo zjištěno, že Wong Mau, základní barmská kočka přivezená do Spojených států v roce 1930, byla křížencem siamské a barmské kočky a dnes by byla považována za tonkinese. Tyto siamské a jednobarevné kočky byly vystavovány v Evropě na přelomu 19. a 20. století. Brzy poté však tyto kočky upadly v nemilost. V roce 1930 Klub siamských koček oznámil: „Klub velmi lituje, že není schopen podporovat chov jiných než modrookých siamek“. Jednobarevné kočky bez modrých očí byly proto zakázány v soutěžích a zmizely z nabídky koček.
Tonkinské kočky získaly nový začátek jako uznané plemeno počátkem 60. let 20. století, kdy kanadská chovatelka Margaret Conroyová zkřížila sobolí barmskou kočku se siamskou kočkou s tulením bodem. Produktem křížení byla kočka středního temperamentu a typu, kterou Conroyová původně nazvala „zlatá siamka“. V době vzniku tonkinské kočky nebyly barmská ani siamská kočka ještě selektivním šlechtěním přetvořeny do současné podoby. Siamky ještě nedosáhly svého extrémně elegantního výstavního stylu a barmky ještě nebyly tak kompaktní a zavalité, ani tvar hlavy nebyl tak široký a kulatý. Přesto bylo spojení obou plemen a dosažení jednotného a konzistentního typu hlavy a těla pro tonkinské chovatele náročné.
Aby se plemeno odlišilo od siamského, byl v roce 1967 změněn název na „tonkanese“. V roce 1971 chovatelé odhlasovali změnu názvu na „tonkinský“ podle Tonkinského zálivu u jižní Číny a severního Vietnamu. Název byl atraktivní a měl pěkný exotický nádech, i když plemeno nepocházelo z oblasti Tonkinského zálivu.
Ve spolupráci s dalšími významnými chovateli, jako byla Jane Barletta z New Jersey, sepsal Conroy první standard plemene, který byl předložen Kanadské asociaci koček (CCA). Tonkinské kočky byly prvním plemenem vyšlechtěným v Kanadě. V roce 1971 se CCA stala prvním registrem koček, který udělil tonkinům status šampiona. CFF uznala tonkinese v roce 1974; TICA následovala v roce 1979, kdy vznikla jako asociace.
V říjnu 1979 přijala CFA „pětileté pravidlo“, podle kterého musí nová plemena zůstat v nově zřízené nesoutěžní třídě miscellaneous po dobu pěti let. V roce 1984 udělila CFA plemeni tonkinese status šampiona. Do roku 1990 přijaly toto plemeno do šampionátu všechny hlavní asociace.
.