Spojitost mezi migrénou a funkčními gastrointestinálními poruchami byla potvrzena mnoha klinickými pozorováními a epidemiologickými studiemi. U většiny pacientů se během záchvatů migrény kromě různých neurologických a cévních příznaků objevují gastrointestinální poruchy včetně nevolnosti, zvracení, bolesti břicha nebo průjmu. Funkční gastrointestinální poruchy, jako je syndrom dráždivého tračníku (IBS), jsou u pacientů s migrénou hlášeny i v období mezi záchvaty. Na druhou stranu 23-53 % pacientů s IBS má časté bolesti hlavy. Migréna a IBS často koexistují s fibromyalgií a dalšími syndromy chronické bolesti a funkčními poruchami. Migréna a IBS postihují přibližně 10-20 % celkové populace, obvykle mladé dospělé. Obě onemocnění se častěji vyskytují u žen, což je možná způsobeno úlohou estrogenů v jejich patogenezi. Při hledání společných patogenetických mechanismů IBS a migrény se zvažuje role osy mozek-střevo, neuroimunitních a neuroendokrinních interakcí. Zdá se, že vliv stresu na výskyt a závažnost příznaků souvisí s hyperaktivitou osy hypotalamus-hypofýza-nadledviny. Střevní nervový systém jako zdroj četných neurotransmiterů a viscerálních reflexů je pravděpodobným společným patogenetickým článkem mezi IBS a migrénou. Zejména serotonin jako hlavní neurotransmiter gastrointestinálního traktu hraje významnou roli v patogenezi IBS i migrény. V současné době jsou agonisté a antagonisté serotoninergních receptorů nejúčinnějšími léky pro léčbu IBS a migrény. Některé nežádoucí účinky triptanů, agonistů 5-HT(1B/D), používaných při léčbě migrény mohou souviset s vlivem triptanů na gastrointestinální funkce. Lepší pochopení vztahu mezi migrénou a IBS může vést k účinnější léčbě obou onemocnění.