Na obrázku 2(a) je znázorněn profil emise fluorescence při použití bloku filtrů DAPI-FITC a kultury fibroblastů jelení kůže indického muntžaka obarvených Alexa Fluor 488 konjugovaným s falloidinem, který se váže na intracelulární vláknitou aktinovou síť. Absorpční maximum Alexa Fluor 488 ve viditelném světle je 495 nanometrů a emisní maximum nastává při 519 nanometrech v zelené oblasti spektra. Kromě toho byl vzorek současně obarven pomocí DAPI (zaměřeného na DNA v buněčném jádře; excitace při 358 nanometrech a emise při 461 nanometrech) a MitoTracker Red CMXRos (zaměřeného na mitochondrie; červená emise). Všimněte si nepřítomnosti signálu červeného fluoroforu (MitoTracker), ale přítomnosti jasně zelené fluorescence, kterou vykazují aktinová vlákna, a o něco nižší intenzity modrého signálu DAPI v buněčném jádře.
Tenký řez myším střevem obarvený aglutininem z pšeničných klíčků Alexa Fluor 350, modře fluoreskujícím lektinem, který je specifický pro hlen pohárkových buněk, je uveden na obrázku 2b). Kromě toho byl vzorek současně obarven faloidinem Alexa Fluor 568 (vláknitý aktin; emise 600 nanometrů) a zeleným barvivem SYTOX (jádra; excitace 504 nanometrů a emise 523 nanometrů). Všimněte si nízké úrovně signálu modrého fluoroforu (Alexa Fluor 350), ale jasně zelené fluorescence jader ve vzorku tkáně díky fluorescenci SYTOX Green. Tato kombinace dvojitého excitačního filtru účinně eliminuje signál z červené sondy (Alexa Fluor 568).
Obrázek 2c) ukazuje intenzitu fluorescenční emise z kultury epiteliálních buněk potkaních klokánků (PtK2), které byly imunofluorescenčně označeny primárními myšími monoklonálními protilátkami proti hovězímu alfa-tubulinu a následně kozími fragmenty proti myším Fab konjugovanými s Alexa Fluor 488. Kromě toho byl vzorek označen Hoechstem 33258, který se selektivně váže na DNA v buněčném jádře, a MitoTracker Red CMXRos (zaměřený na mitochondrie; červená fluorescence). Všimněte si výrazného zeleného zbarvení intracelulární sítě mikrotubulů, která se táhne celou cytoplazmou, a modré emise Hoechstu 33258 vázaného na DNA v jádře. Zdá se, že buňka ve spodní části snímku prochází mitózou ve stavu prometafáze nebo metafáze.
Buňky švýcarské myši (linie 3T3) imunofluorescenčně značené primárními myšími monoklonálními protilátkami proti cytochromoxidáze a následně kozími fragmenty proti myším Fab konjugovanými s Alexa Fluor 568 jsou znázorněny na obrázku 2(d). Vzorek byl rovněž označen několika dalšími sondami, včetně lektinu Helix pomatia agglutinin (HPA) konjugovaného s Alexa Fluor 488 (zelená emise), který se u této buněčné linie selektivně váže na glykoproteiny v Golgiho aparátu. Cytoskeletální aktinová vlákna byla obarvena Alexa Fluor 680 (červená excitace; emise v blízké infračervené oblasti) a jaderná DNA byla označena DAPI (modrá emise). Všimněte si výrazného zeleného zbarvení Golgiho aparátu a modré intenzity fluorescence pozorované v jádrech.
Emisi fluorescence z tenkého řezu myší ledviny obarvené více (3) fluorofory ukazuje obrázek 2(e). Na jádra v řezu tkání byla zaměřena sonda nukleové kyseliny DAPI, která má excitační maximum při 358 nanometrech a emisní maximum při 461 nanometrech, když je vázána na DNA v buněčných kulturách a řezech tkání. Kromě toho byl řez kryostatu současně obarven také aglutininem z pšeničných klíčků Alexa Fluor 488 (glomeruly a stočené tubuly) a falloidinem Alexa Fluor 568 (vláknitý aktin a kartáčová hranice). Všimněte si přítomnosti signálu z modré (DAPI) i zelené (Alexa Fluor 488) sondy, ale nepřítomnosti oranžovo-červené fluorescence způsobené konjugáty Alexa Fluor 568 v aktinových sítích a kartáčovém okraji.
Autofluorescenční emise z tenkého řezu kukuřičným zrnem (Zea mays) je ukázána na obrázku 2(f). Endogenní autofluorescence v rostlinných tkáních vzniká z různých biomolekul, včetně chlorofylu, karotenu a xantofylu. V ultrafialové a modré oblasti excitace má chlorofyl absorpční pás s vysokým extinkčním koeficientem a při excitaci vlnovými délkami mezi 350 a 500 nanometry produkuje značné množství fluorescence. U výše znázorněné tkáně kukuřičného zrna si všimněte přítomnosti intenzity autofluorescenční emise v modré a zelené spektrální oblasti, která je charakteristická pro kombinaci fluorescenčních filtrů Nikon DAPI-FITC.
.