Jefferson zdědil mnoho otroků. Jeho manželka mu přinesla věno čítající více než 100 otroků a během svého života jich nakoupil mnohem více. V některých obdobích byl jedním z největších otrokářů ve Virginii.
1821, když psal o událostech z roku cca 1770: “ Vynaložil jsem (ve virginském zákonodárném sboru) jednu snahu o povolení emancipace otroků, která byla zamítnuta: a skutečně, během královské vlády nemohlo nic liberálního očekávat úspěch.“ (Jefferson, 1984, s. 5.)
1774: „Zrušení domácího otroctví je velkým předmětem touhy v těch koloniích , kde bylo nešťastně zavedeno v jejich počátečním stavu. Ale dříve než dojde ke zrovnoprávnění otroků, které máme, je nutné vyloučit veškerý další dovoz z Afriky…“. (Jefferson, 1984, s. 115.)
1776: “ vedl krutou válku proti samotné lidské přirozenosti, porušoval její nejsvětější práva na život a svobodu v osobách vzdálených lidí, kteří ho nikdy neurazili, zajímal & je a odváděl do otroctví na jinou polokouli, nebo je vystavoval bídné smrti při jejich převozu tam. Tato pirátská válka, opovržení nevěřících mocností, je válkou KŘESŤANSKÉHO krále Velké Británie. Rozhodl se udržet otevřený trh, na němž se mají kupovat a prodávat MUŽI, a prostituoval svůj negativní postoj k potlačení každého legislativního pokusu zakázat nebo omezit tento odporný obchod: a aby toto shromáždění hrůz nechtělo fakticky zemřít, podněcuje nyní tytéž lidi, aby proti nám povstali se zbraní v ruce a vykoupili si svobodu, o niž je připravil, tím, že budou vraždit lidi, na něž je také uvrhl, čímž splácejí dřívější zločiny spáchané na svobodách jednoho národa zločiny, k nimž je nabádá, aby je páchali na životech jiného národa.“ -Z Jeffersonova návrhu Deklarace nezávislosti. Tento odstavec byl odhlasován Kongresem. (Jefferson, 1984, s. 22.)
1778: „Předložil jsem návrh zákona, který má zabránit dalšímu dovozu . Ten prošel bez odporu a zastavil nárůst tohoto zla dovozem, přičemž jeho konečné vymýcení ponechal na budoucím úsilí.“ (Zveřejněno v roce 1821.) (Jefferson, 1984, s. 34.)
1787: „Pod vlivem mírného zacházení, kterému jsou naši otroci vystaveni, a jejich zdravé, i když hrubé stravy se tato skvrna v naší zemi rozmnožuje stejně rychle, nebo dokonce rychleji než u bělochů“. (Jefferson, 1984. s. 214.)
1787: Jefferson diskutoval o svém návrhu zákona z roku 1777, který by v případě schválení nakonec osvobodil otroky z Virginie a deportoval je: „Pravděpodobně se někdo zeptá: Proč si neponechat černochy a nezačlenit je do státu…? Hluboce zakořeněné předsudky bílých, desetitisíce vzpomínek černochů na křivdy, které utrpěli, nové provokace, skutečné rozdíly, které vytvořila příroda, a mnoho dalších okolností nás rozdělí na strany a způsobí otřesy, které pravděpodobně nikdy neskončí jinak než vyhlazením jedné nebo druhé rasy.“ (Jefferson, 1984. s. 264.)
1787: „Předkládám tedy pouze podezření, že černoši, ať už byli původně samostatnou rasou, nebo se z nich časem a okolnostmi vyčlenili, jsou ve srovnání s bělochy méně nadaní jak tělesně, tak duševně“. (Jefferson, 1984. s. 270.)
1787: „Na mravy našeho lidu musí mít nepochybně neblahý vliv existence otroctví mezi námi. Celý obchod mezi pánem a otrokem je neustálým projevem těch nejbouřlivějších vášní, neomezeného despotismu na jedné straně a ponižujícího poddanství na straně druhé…. Vskutku se třesu o svou zemi, když přemýšlím o tom, že Bůh je spravedlivý: že s ohledem pouze na čísla, přírodu a přirozené prostředky patří k možným událostem obrat kola osudu, výměna poměrů: že se může stát pravděpodobným nadpřirozeným zásahem Všemohoucí nemá žádnou vlastnost, která by se v takovém souboji mohla postavit na naši stranu.“ (Jefferson, 1984. s. 288-9)
1787: „Tato neochota ( je kvůli nim, nikoliv kvůli mně; protože jakmile budou mé dluhy vyrovnány, pokusím se o nějaký plán, jak učinit jejich situaci šťastnější, rozhodnutý spokojit se s malým podílem jejich práce.“ (Jefferson: „Neochota“). (Miller, s. 57.)
V roce 1790 daroval Jefferson své novomanželce a jejímu manželovi 1000 akrů půdy a 25 otroků. (Miller)
V roce 1798 vlastnil Jefferson 141 otroků, z nichž mnozí byli starší. O dva roky později jich vlastnil 93. (Bigelow,s537.)
1800: „Jsme opravdu k politování!“ -Jeffersonova reakce na Gabrielovo spiknutí, pokus o povstání otroků ve Virginii. (Miller, s. 127.)
Jednou z Jeffersonových otrokyň byla Sally Hemingsová, údajně nevlastní sestra jeho zesnulé manželky. Během Jeffersonova prezidentství se v tisku objevila fáma, že byla jeho milenkou. Jefferson tuto historku popřel, což se také předávalo jako rodinná tradice Hemingsových. nejmladší ze šesti Hemingových dětí určitě pocházel z Jeffersonovy linie, nejspíše prostřednictvím Jeffersona, jeho bratra Randolpha nebo jednoho z Randolphových synů. Jefferson byl v blízkosti Sally Hemingsové v každém období početí. ( Miller, s. 148-176:.) Diskuse o otázce DNA viz: http://tinyurl.com/ckfkk2 a: http://jeffersondna.com
Jefferson jedno z Hemingových dětí osvobodil a druhému umožnil nepronásledovaný útěk. Obě byly dost lehké na to, aby se úspěšně vydávaly za bělochy (viz Miller, s. 165).
1807: Jefferson řekl anglickému diplomatovi, že černoši jsou „o tolik horší než zbytek lidstva, o kolik je mula horší než kůň, a o tolik jsou stvořeni k nošení břemen“. (Miller, s. 57.)
1807: Podle ústavy mohl Kongres zakázat obchod s otroky (tj. dovoz otroků do země) až v roce 1808. V březnu 1807 prezident Jefferson doporučil a Kongres takový zákon přijal, aby vstoupil v platnost 1. ledna 1808. (Miller, s. 145)
(přibližně) 1814: „Slučování bělochů s černochy způsobuje degradaci, s níž žádný milovník své země, žádný milovník dokonalosti lidského charakteru nemůže nevinně souhlasit.“ (18) (Miller, s. 207)
1815: „Otrok má být výchovou a návyky připraven k samosprávě a k poctivému provozování průmyslu a společenské povinnosti. To první musí předcházet tomu druhému.“ (Miller, str. 253.)
1820: (Diskuse o otroctví) „Máme vlka za uši a nemůžeme ho ani zadržet, ani bezpečně pustit. Na jedné misce vah je spravedlnost a na druhé sebezáchova.“ (Miller, str. 241)
1821: „Nic není v knize osudu zapsáno jistěji než to, že tito lidé mají být svobodní. Stejně tak není méně jisté, že obě rasy, stejně svobodné, nemohou žít v jedné vládě. Příroda, zvyk a názor mezi nimi vytyčily nesmazatelné hranice rozdílu.“ Modernímu člověku zní první věta jako bojový pokřik za emancipaci. V Jeffersonově kontextu znamenala téměř pravý opak: protože emancipace byla nevyhnutelná, snaha o její urychlení byla zbytečná a pravděpodobně kontraproduktivní. První věta je vyryta na zdi Jeffersonova památníku, ostatní věty nikoli. (Jefferson, 1984. s. 44)
1824: Jefferson hovořil o své přetrvávající naději, že otroky bude možné poslat do Afriky: „Odeslat je všechny najednou, to nikdo nepovažuje za proveditelné pro nás ani za účelné pro ně. Vezměme si na jeho uskutečnění dvacet pět let, během nichž se jejich počet zdvojnásobí. Jejich odhadovaná hodnota jako majetku… musí být někým zaplacena nebo ztracena.“ (Jefferson, 1984. s. 1485)
(Viz Miller, s. 168)
Jedinými otroky, které Jefferson ve své závěti osvobodil, byly děti Sally Hemingsové. Jeho dcera Martha později Sally osvobodila.