pomocný biskup denverskýEdit
Dne 23. ledna 2001 papež Jan Pavel II. jmenoval Gómeze pomocným biskupem denverské arcidiecéze a titulárním biskupem v Belali. Biskupské svěcení přijal 26. března z rukou arcibiskupa Charlese J. Chaputa, O.F.M. Cap., jehož spolusvětiteli byli biskupové Joseph Fiorenza a Javier Echevarría Rodríguez. Jako své biskupské motto si zvolil „Adeamus cum fiducia ad thronum gratiae“, což znamená „Přistupujme s důvěrou k trůnu milosti“ (Židům 4,16). Byl prvním numerickým členem Opus Dei, který byl vysvěcen na biskupa ve Spojených státech. Jako biskup již není členem této organizace, protože podléhá papeži a nezodpovídá se tak prelátovi, který má Opus Dei na starosti. Gomez uvedl, že není „členem“ Opus Dei, ale že byl vysvěcen na kněze v Opus Dei a že jeho spiritualita odráží toto prostředí.
Gómez působil v letech 2001-2003 jako rektor katedrály Neposkvrněného početí v Denveru. Poté působil jako moderátor kurie i jako farář kostela Matky Boží.
Arcibiskupem San AntoniaEdit
Gómez byl 29. prosince 2004 jmenován arcibiskupem San Antonia. V roce 2005 byl časopisem Time jmenován jedním z 25 nejvlivnějších Hispánců ve Spojených státech a v roce 2007 byl na seznamu „Pozoruhodných Hispánců“ televize CNN v internetovém speciálu k Měsíci hispánského dědictví. V roce 2006 arcibiskup Gomez oficiálně představil Nadaci katolické komunity římskokatolické církve arcidiecéze San Antonio. V roce 2007 se zasloužil o setkání hispánských vedoucích představitelů a katolických biskupů za účelem vytvoření Katolické asociace latinskoamerických vedoucích představitelů (CALL).
Během svého působení v San Antoniu si Gómez získal pověst ortodoxního vůdce, který zvrátil některé liberálněji zaměřené iniciativy v diecézi. Rozpustil kancléřskou komisi pro spravedlnost a mír poté, co její členové vyjádřili nesouhlas s jeho podporou dodatku ke státní ústavě, který zakazoval manželství osob stejného pohlaví. Během prezidentských voleb v roce 2008 veřejně vyjádřil znepokojení, když Univerzita svaté Marie, nejstarší katolická univerzita v Texasu, umožnila kandidátce za práva na potrat Hillary Clintonové uspořádat na půdě univerzity předvolební akci. Vyjádřil také znepokojení, když jiná katolická univerzita, Our Lady of the Lake University, dovolila, aby na jedné akci vystoupila jako hlavní řečník vysoce postavená jeptiška, která podle některých názorů podporuje svěcení žen. Uvítal Summorum Pontificum, které poskytlo větší svobodu tridentské mši, a řekl, že to zachová „bohaté dědictví a odkaz církve“.
Je členem Papežské komise pro Latinskou Ameriku při Římské kurii a správní rady Katolické univerzity v Americe. Jako člen Konference katolických biskupů Spojených států amerických je předsedou Podvýboru pro církev v Latinské Americe; v této funkci vedl delegaci tří biskupů na Haiti, aby zhodnotili tamní situaci po zemětřesení v roce 2010. Je také zvoleným předsedou Výboru pro migraci, předsedou pracovní skupiny pro španělsky psanou Bibli a členem Výboru pro nauku.
Arcibiskup losangeleskýEdit
Papež Benedikt XVI. jmenoval Gómeze 6. dubna 2010 koadjutorem arcidiecéze Los Angeles. Arcidiecéze Los Angeles je největší katolickou diecézí v zemi, přičemž Hispánci tvoří více než dvě třetiny z pěti milionů katolíků v arcidiecézi. Gómez vystřídal kardinála Mahonyho 1. března 2011, slavnostní předání se konalo 27. února 2011. Je prvním Hispáncem ve funkci losangeleského arcibiskupa a zároveň nejvýše postaveným hispánským biskupem ve Spojených státech. Řekl: „Jsem velmi vděčný Svatému otci, že mi dal tuto příležitost sloužit církvi s takovým učitelem a vůdcem, jakým je kardinál Roger Mahony. Jsem vděčný apoštolskému nunciovi, arcibiskupovi Pietru Sambimu, že podpořil důvěru Svatého otce ve mne. Budu se ze všech sil snažit, abych si tuto důvěru zasloužil.“
Gómez, který je považován za teologicky konzervativního, je také vnímán jako „přirozený smířlivec obdivovaný za to, že spojuje bohaté a chudé a anglo- a hispánské katolíky“. Je považován za konzervativnějšího než jeho předchůdce, kardinál Mahony. Na adresu tohoto přesvědčení však Mahony uvedl, že „tyto nálepky ‚konzervativní‘ a ‚liberální‘ jsou v životě církve skutečně neužitečné“ a „mohu potvrdit, že oba sdílíme společný závazek vůči Kristu a církvi a že oba máme zájem plně prosazovat učení církve a také přinášet slova a příklad Krista dnešní společnosti a světu“. Gómez také řekl, že by bylo nesprávné, kdyby pozorovatelé usuzovali, že je konzervativec, protože je knězem Opus Dei.
Papež Benedikt XVI. 18. září 2012 jmenoval arcibiskupa Gómeze jedním ze synodních otců pro 13. řádné generální shromáždění biskupské synody o nové evangelizaci v říjnu 2012.
Dne 24. listopadu 2012 byl jmenován členem Papežské rady pro sociální komunikaci.
Dne 31. ledna 2013 Gómez prohlásil, že emeritní arcibiskup kardinál Roger Mahony „již nebude mít žádné administrativní ani veřejné povinnosti“ pro losangeleskou arcidiecézi. Toto oznámení přišlo v době, kdy Gomez odhalil své spisy týkající se sexuálního zneužívání duchovními. Uvedl v nich, že „Považuji tyto spisy za brutální a bolestivé čtení. Chování popsané v těchto spisech je strašně smutné a zlé. Neexistuje žádná omluva, žádné vysvětlení toho, co se těmto dětem stalo. Kněží, kterých se to týkalo, měli povinnost být jejich duchovními otci a selhali. Toto strašné selhání si dnes musíme přiznat.“
Pod Gómezovým vedením a s jeho požehnáním Nadace Královny andělů, veřejné sdružení věřících podle kanonického práva založené Markem Anchor Albertem, od roku 2011 obnovuje zaniklý zvyk sponzorovat mariánské procesí a votivní mši na památku založení města Los Angeles 4. září 1781. Od roku 2012 je Gómez hlavním celebrantem této každoroční mše ke cti Nuestra Señora de los Ángeles (Panny Marie Andělské), patronky a jmenovkyně města a okresu Los Angeles.
V pátek 14. listopadu 2014 byl arcibiskup Gomez během podzimního zasedání Konference katolických biskupů Spojených států amerických zvolen jedním z delegátů Světové biskupské synody o rodině v roce 2015, a to až do schválení Vatikánem.
15. listopadu 2016 byl zvolen místopředsedou USCCB a 12. listopadu 2019 byl zvolen předsedou USCCB. Je prvním latinskoamerickým biskupem, který kdy tuto funkci zastával.