Mezi lety 1512 a 1516 vytvořili umělci Niclaus z Haguenau (sochařská část) a Grünewald (malované desky) tento slavný oltářní obraz pro klášterní komplex antonitů v Isenheimu, vesnici asi 15 mil jižně od Colmaru. Tento polyptych, který až do Francouzské revoluce zdobil hlavní oltář kaple klášterního špitálu, objednal Guy Guers, který v letech 1490-1516 působil jako preceptor této instituce.
Klášter Isenheim, založený kolem roku 1300, patřil řádu svatého Antonína, který byl založen v 11. století v oblasti Dauphiné ve Francii. Mniši antonitského řádu sloužili obětem svatojánského ohně, strašlivé nemoci, která byla ve středověku běžná. Dnes je známo, že příčinou této pohromy byla otrava houbou (námelou), která roste na žitné trávě a kontaminuje tak žitnou mouku používanou při výrobě chleba. Nažka obsahuje chemickou látku, která přivádí oběti k šílenství a způsobuje gangrénu rukou a nohou v důsledku zúžení průtoku krve končetinami. Aby se antonité postarali o nemocné, podávali jim kvalitní chléb a dávali jim pít lektvar zvaný saint vinage, svaté obohacené víno, v němž mniši nejprve macerovali zvláštní směs bylin a poté v něm namáčeli ostatky svatého Antonína. Vyráběli také mast z bylin, které měly protizánětlivé účinky.
Mniši v Isenheimu postupně získali bohatou sbírku uměleckých děl objednaných a financovaných klášterem, mezi nimiž byl i tento oltářní obraz. V této církevní instituci byl uchováván až do revoluce, v roce 1792 byl předán do úschovy místní pobočce francouzské národní knihovny. V roce 1852 byl přemístěn do kaple bývalého dominikánského kláštera známého jako Unterlinden v Colmaru, kde se stal hlavním pokladem tehdy zakládaného muzea, a od té doby nepřestává návštěvníky uchvacovat a nadchnout.