Raný příklad hypogea se nachází v minojské lokalitě z doby bronzové Knossos na Krétě. Hogan poznamenává, že tato podzemní klenba měla tvar úlu a byla vysekána do měkké skály. Hypogeum Ħal Saflieni v Paole na Maltě je nejstarším příkladem prehistorického hypogea, nejstarší fáze se datuje do let 3600-3300 př. n. l.; jedná se o komplex podzemních komor, sálů a chodeb o rozloze přibližně 500 m2 na třech úrovních, částečně vytesaný tak, aby napodoboval chrámovou architekturu, a obsahující rozsáhlé prehistorické umění. V Larnaku na Kypru byla v roce 1999 objevena Lefkaritisova hrobka.
Hypogea byla nalezena také v dynastickém Egyptě, například u Severní pyramidy Mazghuna, Jižní pyramidy Mazghuna a Jižní pyramidy Saqqara. Hypogea ve starověké Palmýře obsahovala lokály uzavřené deskami s vyřezávanými portrétními reliéfy a sarkofágy s vyřezávanými rodinnými hodovními výjevy na víku.
Pozdější křesťané budovali podobné podzemní svatyně, krypty a hrobky, které nazývali katakomby. Jednalo se však pouze o rozdíl v názvu, nikoliv v účelu a rituálech, a archeologické a historické výzkumy ukazují, že byly ve skutečnosti stejné. Werner Jacobsen napsal:
Stejně jako ostatní ctižádostiví Římané byli i biskupové-světci třetího a čtvrtého století obvykle pohřbíváni v hypogejích na hřbitovech za hradbami svých měst; často teprve zázraky v jejich hrobkách přiměly jejich nástupce k přijetí modernějších úprav. V Dijonu byl světec a biskup Benignus (zemř. asi 274) pohřben ve velkém sarkofágu v komorní hrobce na římském hřbitově. V šestém století hrobka již dávno zchátrala a byla považována za pohanskou, a to i biskupem Řehořem z Langres.
.