Výtok z jezera Henrys Lake je v létě vystaven značnému odběru vody ze zavlažovacích zařízení. Koncem sezóny, kdy se s chladnějším počasím snižují odběry, se do toku vypouští více vody, což umožňuje rybám pohybovat se z dolního úseku řeky nahoru. Organizace Nature Conservancy sponzoruje naučnou stanici poblíž odtokového toku.
Jižně od jezera Big Springs přitéká do řeky každý den téměř 500 000 galonů (1900 m3) vody o konstantní teplotě 52 °F (11 °C). Řeka teče na jih přes náhorní plošinu v severní části okresu Fremont, přes národní les Caribou-Targhee a protéká nádrží Island Park. Vystupuje z nádrže a protéká kaňonem, který se otevírá do široké ploché louky v kaldeře Island Park v centrálním okrese Fremont. Řeka pomalu teče kolem městečka Island Park, protéká státním parkem Harriman, jinak známým jako „železniční ranč“, a pak rychle klesá, když se blíží ke stěně kaldery, protéká přes vodopády Upper Mesa i Lower Mesa Falls a vystupuje z hor na planinu Snake River u Ashtonu. Teče jihozápadním směrem přes planinu kolem města St. Anthony a severně od Rexburgu se rozděluje do několika koryt a vtéká do široké vnitrozemské delty. Přibližně 5 mil (8,0 km) západně od Rexburgu přijímá z východu řeku Teton. Do Snakea se vlévá ze severovýchodu přibližně 10 mil (16 km) jihozápadně od Rexburgu, těsně pod výškou 4800 m.n.m.
Nádrž Island Park, součást projektu Minidoka, slouží k zavlažování v oblasti Snake River Plain. Její povodí poskytuje jeden z nejvýznamnějších lovů pstruha duhového v Idahu, pokud jde o stanoviště, rybí populace a využití rybáři. Úsek řeky mezi Henry’s Lake a Big Springs je hlavní oblastí tření pstruhů a je pro rybolov uzavřen.
Henrys Fork je již dlouho známý pro svůj vynikající rybolov, zejména pro lov na suchou mušku. Bing Lempke, potrubář z nedalekého Idaho Falls, byl až do své smrti v roce 1990 považován za místního děkana rybolovu.