Foraminifera – The World Foraminifera Database

Aktuální počet platných recentních druhů: 8 887
Aktuální počet platných fosilních druhů: 40 130
Aktuální počet všech platných (fosilních + recentních) druhů: 48 271

Světová databáze Foraminifera

Tato světová databáze všech druhů Foraminifera, které byly kdy popsány (recentní i fosilní), je součástí Světového registru mořských druhů (WoRMS), celosvětové iniciativy, jejímž cílem je vytvořit registr všech mořských organismů.

Vyhledávání v databázi (fosilní a/nebo recentní)

Výchozím nastavením je vyhledávání v celé databázi fosilních a recentních druhů. Pokud chcete prohledávat pouze recentní (žijící) taxony, zaškrtněte v okně pro vyhledávání taxonů políčko „extant“.

Co jsou foraminifera?

Foraminifera („nositelé děr“), foraminifery nebo zkráceně foramy, jsou velkou fyziologickou skupinou améboidních prvoků (jednobuněčných) s retikulujícími pseudopody, jemnými vlákny cytoplazmy, která se větví a spojují do dynamické sítě. Obvykle vytvářejí test (neboli schránku), která může mít jednu nebo více komor a je tvořena uhličitanem vápenatým (CaCO3) nebo minerálními zrny či jinými částicemi slepenými dohromady. Testy jsou obvykle menší než 0,5 mm, ale největší mohou mít průměr až 20 cm. Foraminifera patří mezi nejhojnější a vědecky nejvýznamnější skupiny organismů. Testy nedávno uhynulých planktonních foraminifer jsou tak hojné, že tvoří tlustou pokrývku na jedné třetině povrchu Země (jako Globigerina ooze na dně oceánů). Foraminifery jsou v podstatě mořští a ústí řek obývající prvoci žijící ve všech prostředích od největších hloubek až po nejvyšší astronomickou hladinu přílivu a od rovníku po póly.

Význam foraminifer vyplývá z využití jejich fosilních testů v biostratigrafii, paleoenvironmentálních studiích a izotopové geochemii. Jejich všudypřítomnost ve většině mořských sedimentárních hornin, často v podobě velkých, dobře zachovalých a rozmanitých souborů, vedla k tomu, že jsou celosvětově nejstudovanější skupinou fosilií. Protože se recentní foraminifery těší malému zájmu biologů, byli paleontologové nuceni provádět většinu studií, včetně genetického výzkumu, na živé fauně.

Tato stránka má následující cíle:

• poskytnout katalog světových druhů foraminifer
• podpořit stabilitu nomenklatury foraminifer
• působit jako nástroj pro vyšší taxonomické revize. a regionálních monografií

Vyšší klasifikace

Seznam v současnosti přijatých druhů-názvů skupin je u recentních druhů úplný nejméně z 90 %, ale taxonomie mnoha taxonů ještě potřebuje revizi a nově popsané druhy budou doplněny co nejdříve po zveřejnění, což je úkol, který bude průběžně plnit redakce. Fosilní rody a vyšší taxony jsou většinou kompletní, ale doplnění fosilních druhů bude trvat mnoho let. Pro vyšší klasifikaci Foraminifera není v současné době k dispozici široká shoda. Zde se pro vápnité taxony většinou používá klasifikace uvedená v Loeblich a Tappan (1987 a 1992) a pro aglutinované taxony se postupuje podle Kaminskiho (2004), ale vyšší klasifikace Foraminifera je ve stavu revize a byla aktualizována v souladu s dosavadními výsledky založenými na genetických sekvencích Pawlowski et al. (2013) a Holzmann a Pawlowski (2017). Další výsledky probíhajících molekulárně fylogenetických výzkumů snad v budoucnu přispějí ke stabilizaci taxonomického systému.

• Holzmann, M. a Pawlowski, J. (2017). An updated classification of rotaliid foraminifera based on ribosomal DNA phylogeny. Marine Micropaleontology 132, 18-34.
• Kaminski, M. A. (2004). The Year 2000 Classification of the Agglutinated Foraminifera [Klasifikace aglutinovaných foraminifer v roce 2000]. In: Sborník příspěvků k problematice mořských živočichů a rostlin: Sborník příspěvků k problematice hloubkových amforaminií: M. K. Bubik, Ma. (ed). Proceedings of the Sixth International Workshop on Agglutinated Foraminifera [Sborník příspěvků z šestého mezinárodního semináře o aglutinovaných foraminiferách]. Grzybowski Foundation Special Publication. Pp. 237-255.
• Loeblich, A. R., and Tappan, H. (1987). „Foraminiferal genera and their classification“. Van Nostrand Reinhold, New York.
• Loeblich, A. R., and Tappan, H. (1992). Současný stav klasifikace foraminifer. In „Studies in Benthic foraminifera. Proceedings of the Fourth Symposium on benthic foraminifera, Sendai, 1990“. (Y. Takayanagi, and T. Saito, Eds.), pp. 93-102. Tokai University Press, Tokyo.
• Pawlowski, J., Holzmann, M., Tyszka, J. (2013). Nová nadřazená klasifikace Foraminifera: Molekuly se setkávají s morfologií. Marine Micropaleontology 100, 1-10

Řídící výbor

Řídící výbor zajišťuje mezinárodní dohled a podporuje sestavování a racionalizaci Světové databáze foraminifer.

Členy řídícího výboru jsou:

• Tomas Cedhagen, Dánsko
• Peter Frenzel, Německo
• Bruce W. Hayward, Nový Zéland (svolavatel)
• Martin Langer, Německo
• François Le Coze, Francie
• Briony Mamo, Hongkong, Čína
• Willem Renema, Nizozemsko
• Daniel Vachard, Francie

Editoři

Vkládají údaje a činí taxonomická rozhodnutí ve skupinách, za které jsou odpovědní:

• Hayward, Bruce: Foraminifera

• Encarnação, Sarita Camacho da: Foraminifera
• Le Coze, François: Foraminifera
• Mamo, Briony: Foraminifera
• Vachard, Daniel: Foraminifera

Editoři odpovídají za záznamy, rozhodnutí o platnosti názvů. Opravy a opomenutí lze adresovat kterémukoli z editorů.

Přijetí druhu do databáze je rozhodnutím editorů, ale uznáváme, že taková rozhodnutí je třeba často přehodnocovat ve světle nových informací. Pokud nesouhlasíte s rozhodnutím o synonymii staršího druhu nebo s přiřazením rodu, sdělte nám prosím své dobře vyargumentované-korigované přiřazení. Údaje mohou přidávat nebo upravovat pouze redaktoři, ale kdokoli může nahrát obrázky s identifikací a informacemi o lokalitě, ačkoli tyto budou kontrolovány a mohou být upraveny redaktory

Historie World Foraminifera Database

World Foraminifera Database začala jako evropský recentní seznam druhů, který sestavili Tomas Cedhagen a Onno Gross. V roce 2010 k ní byl přidán seznam recentních druhů z Mexického zálivu sestavený Barunem Sen Guptou a kolegy a seznam moderních druhů z Nového Zélandu sestavený Brucem Haywardem a kolegy.

• Gross, O. (2001). Foraminifera, in: Costello, M.J. et al. (Ed.) (2001). European register of marine species: a check-list of the marine species in Europe and a bibliography of guides to their identification. Collection Patrimoines Naturels, 50: 60-75.
• Hayward, B.W., Tendal, O.S., Carter, R., Grenfell, H.R., Morgans, H.E.G., Scott, G.H., Strong, C.P., Hayward, J.J. (2012). Phylum Foraminifera. Foraminifera and Xenophyophores. In: Gordon, D.P. (ed.). New Zealand Inventory of biodiversity (Soupis biodiverzity Nového Zélandu): Species 2000 Symposium Review. Canterbury University Press,. Christchurch. Pp. 242-287
• Sen Gupta, B.K., Smith, L.E., Machain-Castillo, M.L. (2009). Foraminifera of the Gulf of Mexico, Pp. 87-129 in Felder, D.L. and D.K. Camp (eds.), Gulf of Mexico-Origins, Waters, and Biota. Biodiverzita. Texas A&M Press, College Station, Texas.

Od té doby přibyly záznamy z katalogu recentních foraminifer Johannese Pignattiho, mnoha velkých atlasů recentních foraminifer a výstupy z Ellisova a Messinova katalogu foraminifer. Jsme si vědomi, že mnoho taxonů popsaných od roku 1980 ještě nebylo nalezeno a doplněno

Kdo popsal největší počet recentních druhů foraminifer?

• McCulloch – 2429
• Cushman – 1134
• D’Orbigny – 691
• Brady – 398
• Saidová – 394
• Earland – 3,5 mil. 306

Knihovna literatury

Knihovna literatury v současné době obsahuje ~9000 odkazů, mnoho starších prací je k dispozici ve formě naskenovaných PDF.

Fotogalerie

Fotogalerie v současné době obsahuje ~6000 snímků spojených se záznamy o druzích, většinou vložených Tomášem Cedhagenem ze svazku Brady’s Challenger a Cushmanových monografií, ale i některých dalších monografií.

Úkoly, které je třeba splnit

Řídící výbor stanovil následující úkoly, které by mohly být provedeny ke zlepšení užitečnosti a hodnoty databáze Forams in WoRMS. Úkoly byly zařazeny do jednoho ze tří seznamů vnímaných priorit. Vyzýváme všechny pracovníky, kteří chtějí zvýšit užitečnost této databáze tím, že dobrovolně přispějí k některému z níže uvedených úkolů, aby se e-mailem obrátili na předsedu řídícího výboru Bruce Haywarda.

1. Vyzýváme všechny pracovníky, kteří chtějí zvýšit užitečnost této databáze tím, že dobrovolně přispějí k některému z níže uvedených úkolů. První priorita

• Dosáhnout 100% zápisu všech formálně navržených taxonomických názvů foraminifer. .
• Zapsat všechny nové taxony tak, jak jsou navrhovány.
• Aktualizovat vyšší taxonomii, jakmile bude revidována na základě molekulárních důkazů.
• Aktualizujte taxonomii a synonyma taxonů, jakmile budou publikovány nové molekulární a komplexní morfologické studie.
• Zajistit 100% pokrytí pro snímky typů nebo ověřených exemplářů všech akceptovaných existujících taxonů

2. Zajistit, aby taxonomie byla v souladu se zákonem o taxonomii. Druhá priorita

• Zkontrolovat všechny záznamy z doby před rokem 2010, zda již neobsahují chyby
• Sjednat odkazy na renomované obrázky/taxonomické popisy dostupné na institucionálních (dlouhodobě existujících) webových stránkách.
• Zajistit 100% pokrytí snímky typů nebo ověřených exemplářů všech přijatých fosilních taxonů
• Zařadit všechny fosilní taxony alespoň do jednoho nebo více z následujících časových období:
• Zajistit na webu odkaz nebo nahrát do WoRMS kopii všech publikací, které popisují nové taxony foraminifer.
• Využít databázi Forams in WoRMS literature sources (v současné době 11 000 záznamů) jako výchozí bod pro vytvoření komplexní bibliografie světových publikací o foraminiferách.

3. Třetí priorita

• Uvést známá časová rozmezí (přesnější než období) u všech fosilních taxonů.
• Získat údaje o globálním geografickém rozšíření pro všechny existující druhy.
• Získat údaje o globálním geografickém rozšíření pro všechny fosilní druhy.

Odkazy na další stránky o foraminiferách

Pro pomoc začátečníkům nebo nespecialistům zde uvádíme výběr odkazů na webové stránky o foraminiferách, kde lze získat další informace.

• Ilustrovaný slovníček pojmů používaných při výzkumu foraminifer http://paleopolis.rediris.es/cg/CG2006_M02/index.html
• Techniky přípravy vzorků pro studium foraminifer ve třídě http://www.ucmp.berkeley.edu/fosrec/Snyder&Huber.html
• Foram Facts http://www.ucmp.berkeley.edu/fosrec/Wetmore.html
• Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Foraminifera
• Foraminiferal references http://www.es.ucl.ac.uk/Grzybowski/foramrefs.htm.
• Cushman Foundation for Foraminiferal Research http://www.cushmanfoundation.org/
• Grzybowski Foundation http://www.es.ucl.ac.uk/Grzybowski/
• The Micropalaeontological Society http://www.tmsoc.org/
• University of California Museum of Paleontology – Introduction to foraminifera http://www.ucmp.berkeley.edu/foram/foramintro.html
• University College, London – Foraminifera http://www.ucl.ac.uk/GeolSci/micropal/foram.html
• Chronos foram on-line atlases http://portal.chronos.org/gridsphere/gridsphere?cid=resources
• The Foraminifera.eu Project http://www.foraminifera.eu/
• E-formas http://www.eforams.org
• Molekulární databáze foraminifer http://forambarcoding.unige.ch/
• Biografie Josepha Cushmana http://paleobiology.si.edu/cushman

Citace

Použití údajů ze Světové databáze foraminifer ve vědeckých publikacích by mělo být uvedeno následujícím způsobem:

• Hayward, B.W.; Le Coze, F.; Vachard, D.; Gross, O. (2021). Světová databáze foraminifer. Přístup http://www.marinespecies.org/foraminiferadne 2021-03-25. doi:10.14284/305

Pokud údaje z World Foraminifera Database tvoří podstatnou část záznamů použitých v analýzách, je třeba kontaktovat hlavního editora (editory) databáze. Mohou existovat další údaje, které se mohou ukázat jako cenné pro takové analýzy.
Jednotlivé stránky jsou individuálně autorizovány a datovány. Lze je citovat samostatně: správná citace je uvedena v dolní části každé stránky.

O

Světový seznam je prohledávatelný katalog názvů druhů a vyšších taxonů.

Procházka tímto katalogem začíná kliknutím na jednu z voleb v menu, kterou najdete v horní části každé stránky

• Úvod vás zavede do této úvodní části
• Vyhledávání taxonů vás zavede na stránku s dotazem, přes kterou lze přistupovat ke všem stránkám taxonů
• Procházení taxonů vás zavede na taxonomický strom
• Kontrolní seznam vás zavede na stránku s dotazem, ve které lze přímo vybrat geounit, pokud je již znám přesný název jednotky. Tímto způsobem lze rychle najít seznam taxonů pro danou oblast.
• Atributy povede na stránku pro dotazování (především) na rozsahy fosilií
• Stats some statistics about the World Foraminifera Database
• Sources povede na stránku pro dotazování na Reference of Foraminifera literature.
• Images povede na fotogalerii s obrázky
• Login only available to editors.

Pro každý druh foraminifer nebo infraspecifický taxon, přijatý nebo nepřijatý, mohou existovat následující záznamy:

1. jméno rodu
2. případně jméno podrodu,
   N.B. jména podrodů nemusí být podle ICZN vždy citována; přijetí kombinací bez jmen podrodů se považuje za „alternativní zastoupení“ v databázi.
3. název druhu
4. případně infraspecifický název
5. autor a rok vzniku názvu druhu, bez závorek nebo se závorkami podle toho, zda se jedná o původní kombinaci nebo ne
6. AphiaID (jedinečný číselný identifikátor databáze)
7. Vyšší klasifikace (podle Loeblicha a Tappana, 1990, 1992)
8. Stav jako „přijatý“ nebo „nepřijatý“ (pokud je to relevantní; juniorská synonymie je obvykle založena na publikované revizi)
9. Stav záznamu (udává, kdo záznam kontroloval)
10. Rang taxonu, např.např. druh
11. Příbuzný: bezprostředně vyšší taxon, např. rod, k němuž tento taxon patří
12. Synonymizované taxony: seznam juniorních synonym spojených s tímto názvem
13. Zdroje: literární odkaz na původní popis a případně na recentní revizi (jako „základ záznamu“).
14. Dětské taxony: všechny bezprostředně podřízené taxony, např. poddruhy
15. Prostředí: mořské nebo brakické
16. Fosilní rozsah: pouze recentní nebo známý i jako fosilní (brzy budou k dispozici i epochové rozsahy)
17. Rozšíření: údaj o recentním geografickém rozšíření taxonu, alespoň na základě původu holotypu,
    Mohou být uvedeny různé geografické oblasti, nejlépe mořský ekoregion (viz Spalding et al. 2007), ale často také výlučná ekonomická zóna země. Oblasti rozšíření juniorních synonym jsou automaticky uvedeny u každého „akceptovaného druhu“
18. Specimen: informace o typovém exempláři nebo publikované informace o exempláři
19. Odkazy: na další zdroje foraminifer, na obrázky a další informace na konkrétních serverech. Aktuální obecné odkazy jsou následující: Genbank atd.
20. Poznámky: jakékoli další důležité informace, včetně popisů, komentářů, vysvětlení atd.
21. Obrázky: fotografie nebo jiné obrázky nahrané na stránky
    Dáváme přednost „objektivním“ obrázkům taxonů, jako jsou fotografie nebo ilustrace typových exemplářů. Nepodporujeme fotografie neidentifikovaných foraminifer, ale spolehlivě identifikované obrázky bez autorských práv jsou vítány.
22. LSID notace: (podobně jako ISBN v publikacích)
23. Historie úprav: datum zápisu a provedených změn, jméno editora
24. Odkazy na taxonomický strom, Google, Google Scholar a obrázky Google.

Záznamy o vyšších taxonech mají obecně stejnou strukturu jako záznamy o druzích. Ne všechny výše uvedené položky již existují pro všechny taxony zadané v databázi, ale budou doplněny, jakmile to čas dovolí.

Co můžete v této databázi v tuto chvíli udělat, je zjistit, jaká je v současné době uznávaná kombinace vašeho předmětného foraminifera, jaká je jeho v současné době uznávaná příslušnost k vyššímu taxonu a odkud byl původně popsán. Můžete také zjistit, které akceptované druhy se vyskytují ve vyšším taxonu. Co však (zatím) nemůžete, je najít každou publikovanou kombinaci rodového a druhového jména, protože jsme zatím upřednostnili původní a aktuálně přijaté kombinace (takže nepůvodní nepřijaté kombinace často ještě chybí). Co také nemůžete udělat komplexně, je dohledat rozšíření druhů a vyšších taxonů nebo získat regionální seznamy druhů, protože zatím neexistuje shoda v zadaných údajích z celého světa.