Skladování FFPE tkání
FPE vzorky lze skladovat v nemocnicích, biobankách a výzkumných centrech. Úložiště často uchovávají záznamy o způsobu odběru tkáně, postupech konzervace a demografických údajích (mimo jiné: původ, doba trvání, věk, etnický původ, pohlaví a stadium onemocnění) dárce. Demografické informace jsou důležitým faktorem při výzkumu a klinických studiích. Správně uchované vzorky FFPE jsou velmi cenné a mohou být uchovávány při pokojové teplotě po dlouhou dobu.
Použití
Vzorky FFPE jsou důležité, protože se často používají v:
a) Imunohistochemii
Sekce vzorků FFPE se namontují na sklíčko, vykoupou se v roztoku obsahujícím protilátky a poté se obarví, aby byly lépe vidět. Tato metoda je důležitá pro lékaře a výzkumné pracovníky, kteří v tkáni hledají patologii, například Alzheimerovu chorobu nebo rakovinu.
b) Onkologie
FFPE vzorky mají zásadní význam v oblasti onkologie, protože nádorové tkáně mají charakteristickou morfologii, která umožňuje výzkumným pracovníkům hledat určité proteiny. Tyto proteiny pak pomáhají při posuzování léčby a diagnózy.
c) Hematologie
Při studiu krve a jejích poruch jsou vzorky FFPE důležité při určování anomálií a objevování léků. Vzorky lze použít ve studiích týkajících se regenerace tkání, genetiky a toxikologie.
d) Imunologie
Vzorky FFPE od dárce s autoimunitním onemocněním pomáhají při určování příčiny a vývoji terapie tohoto onemocnění.
Komplikace nebo omezení
Jedním z možných omezení procesu fixace pomocí formalínu je potenciální denaturace proteinů, které jsou přítomny ve tkáni, což je činí nedetekovatelnými pro protilátky. Ke kompenzaci tohoto problému byly vyvinuty techniky získávání antigenu. Technika získávání antigenů specificky obnovuje DNA, RNA a proteiny ze vzorků FFPE. Aby tato metoda fungovala, je rozhodující kvalita vzorků FFPE. Problémem je také to, že neexistuje žádný standardní postup, který by se používal při preanalytickém zpracování, jako je fixace a izolace DNA. To znamená, že drobné rozdíly, jako je různé použití přístrojů, manipulace se vzorky a metodika, mohou vést k odchylkám, které ovlivňují kvalitu DNA a výsledky studií. Bylo zjištěno, že některé z faktorů, které ovlivňují výsledky studií ze vzorků FFPE, jsou následující:
-
Nepřesné zaznamenávání fixačního protokolu
-
Různá doba fixace
-
Teplota během fixace
-
. fixace
-
Podmínky skladování vzorků FFPE
Kontrola kvality
Zajištění nejvyšší kvality vzorků FFPE, ti, kteří tyto vzorky odebírají a skladují, by měli:
-
Dodržovat etické a právní normy.
-
Vést přehlednou a přesnou evidenci dárců.
-
Poskytovat informace týkající se procesu odběru a shromažďování vzorků
-
Být během odběru vzorků pod dohledem patologa s licencí
-
Provádět kompletní řetězec opatrování
-
Pracovat pouze se pečlivě vybranou sítí distributorů, kteří trvale poskytují vysoce kvalitní a přesné vzorky
Čerstvě zmrazené tkáně
Čerstvě zmrazené tkáně jsou vzorky, které jsou konzervovány pomocí tekutého dusíku metodou známou jako „bleskové zmrazení“. Tyto vzorky jsou poté uloženy v mrazničce, která je nastavena na teplotu nižší než -80 stupňů Celsia. Čerstvě zmrazené tkáně mají jiné využití než vzorky FFPE, protože je lze použít i pro nativní morfologické studie nebo molekulární analýzu.
Vzorky FFPE vs. čerstvě zmrazené tkáně
FPE a čerstvě zmrazené tkáně mají svá pro a proti. Jedná se o dva různé typy vzorků, které mají různé využití v závislosti na požadavcích výzkumu nebo klinické studie.
-
Bloky FFPE jsou velmi tvrdé a lze je snadno skladovat při pokojové teplotě po desítky let bez nutnosti speciálního vybavení, díky čemuž je tento typ vzorku tkáně velmi úsporný.
-
Pro výzkumníky je k dispozici velký archiv vzorků FFPE díky snadnosti spojené s jeho skladováním.
-
Vzorky FFPE se používají již desítky let, takže jsou patologům neuvěřitelně známé.
-
Čerstvě zmrazená tkáň je mnohem vhodnější pro analýzu nativních proteinů, polymerázovou řetězovou reakci a sekvenování DNA nové generace.
-
Čerstvě zmrazená tkáň zajišťuje zachování DNA, RNA a nativních proteinů.
-
Čerstvě zmrazená tkáň vyžaduje specializované vybavení pro skladování. To znamená, že mechanické poruchy, výpadky proudu a neopatrnost mohou ovlivnit kvalitu vzorků.
1) Ward T. The importance of proper formalin fixation of FFPE samples. Personalis. Přístup 19. 6. 2018. https://www.personalis.com/importance-proper-formalin-fixation-ffpe-specimens/
2) Doiron L. 5 pravidel kontroly kvality pro onkologické tkáňové banky. Folio Conversant. Přístupné 19. 6. 2018. http://www.conversantbio.com/blog/bid/339034/5-Quality-Control-Rules-for-Cancer-Tissue-Banks
3) FFPE vs. zmrazené vzorky tkání. BioChain. Přístupné 19. 6. 2018. https://www.biochain.com/general/ffpe-vs-frozen-tissue-samples/
4) Co je to FFPE tkáň a jaké je její využití. BioChain. Dostupné dne 19. 6. 2018. https://www.biochain.com/general/what-is-ffpe-tissue/