ApE je proprietární sekvenční editor používající pro ukládání sekvencí modifikovaný formát GenBank. Software lze použít pro sestavení sekvenčních stop, virtuální digesty, anotaci sekvencí a schematické znázornění sekvencí. Vytvořil jej a spravuje Wayne Davis z University of Utah. Aktuální stabilní verze z června 2010 je 1.17 a software běží v systémech Windows, Mac a Unix. Software je zdarma, ale dary jsou vítány.
Vlastnosti
OS, formát dat
- běží v systémech Windows, OS X a Linux/Unix
- importuje DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL a ABI sekvenční stopy
- ukládá data v upraveném formátu souboru Genbank (kompatibilní s nástrojem DNA Strider)
- exportuje tabulku funkcí BankIt pro odeslání sekvence do GenBank NCBI
- exportuje grafické soubory sekvenčních diagramů
Značení sekvencí a nástroje
- před-existující rozšiřitelné tabulky prvků, které lze použít pro automatické anotační
- vyhledávání sekvencí, e.např. pro primery, sondy nebo restrikční místa
- značení restrikčních míst a oblastí v sekvenci a v jednoduché kreslené podobě
- zobrazuje překlad, Tm, %GC, ORF vybrané DNA
- BLAST vybrané sekvence v NCBI nebo wormbase
- virtuální digest včetně gelového diagramu
Autor je velmi pohotový a během několika dnů integroval mnou navrženou možnost exportu do BankIt. –JS 05:50, 30. června 2010 (EDT)
V posledních verzích ApE (setkal jsem se s ní minimálně ve verzích 2.0.39 – 2.0.45, může se týkat všech verzí 2.0.X?) vydaných v posledních ~12 měsících, včetně aktuální verze (2.0.45), je závažná chyba ovlivňující funkci zarovnávání. V některých případech, kdy se sekvence liší o jeden pár bází indel, je výstup zarovnání pomocí ApE nesprávný a neshodná rezidua nejsou zvýrazněna červeně, jak se očekává. To může velmi usnadnit přehlédnutí malých delecí při kontrole sekvenačních dat oproti očekávané sekvenci. Tato chyba by měla být opravena ve verzi 2.0.46, která bude teprve vydána. Viz hlášení o chybě zde („Misalignment of sequences with indels (sometimes)“). Používejte s opatrností! –Damian Ekiert 12:19, 22. února 2013 (EST). Aktuální verze v2.0.46 tento problém nemá, říká hlášení chyby — JM 9/2013
Odkazy na domovskou stránku ApE
- Hlavní stránka editoru plazmidů ApE & ke stažení
- Wiki ApE pro otázky, odpovědi, požadavky na funkce, hlášení chyb atd.
- stáhněte si nejnovější náhledové verze (alfy)
Viz také
- Recenze ApE na softpedii
- Ukázka OWW pomocí ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#Zpracování sekvencí DNA
- Biosoftware pro Mac
- Sekvenční analýza
.