Celé území dnešního Allstonu bylo součástí Brightonu. V roce 1807 se město oddělilo od Cambridge. Allston nikdy neexistoval jako samostatný politický subjekt. Město Brighton bylo v roce 1874 připojeno k Bostonu. V roce 1868 byla v západní části Brightonu zřízena nová pošta a železniční trať. Byly pojmenovány Allston podle malíře Allstona Washingtona, který žil a pracoval za řekou Charles v cambridgeské části Cambridge.
Allston rychle prosperoval díky chovu dobytka a stavbě železnice. Rančerství však skončilo v polovině 20. století. Allston je známý jako jedna z mála komunit ve Spojených státech pojmenovaných po umělci.
Bostonští Patriots (nyní New England Patriots) z Národní fotbalové ligy hráli jednu sezónu v Allstonu (v roce 1970) na Harvardském stadionu. Boston Braves hráli na hřišti Braves Field (dnes Nickerson Field Bostonské univerzity) v letech 1915 až 1952.