Nas áreas onde não é praticada a irrigação, diferentes zonas de vida vegetal podem ser aproximadamente divididas de acordo com a quantidade de chuva.
Tropical rainforest é encontrado ao longo da divisão Nilo-Congo, em partes do lago Plateau, e no sudoeste da Etiópia. Calor e chuvas copiosas produzem florestas espessas com uma grande variedade de árvores e plantas tropicais, incluindo ébano, banana, borracha, bambu e arbusto de café. Misturas de mata e pastagem (savana), caracterizadas por um crescimento esparso de árvores de folhagem fina de altura média e uma cobertura de gramíneas e ervas perenes, ocorrem em grandes partes do planalto do lago, em partes do planalto etíope, na área que margeia o Nilo Azul perto de Al-Ruṣayriṣ, e na região sul do rio Al-Ghazāl.
Nas planícies sudanesas, prevalece uma mistura de mata fina, árvores espinhosas e pastagem aberta. Esta área é pantanosa durante a estação chuvosa, particularmente na região de Al-Sudd, no centro do Sul do Sudão, que tem uma área de quase 100.000 milhas quadradas. A vegetação inclui papiro, gramíneas altas de bambooliscos, mato de junco ambatch, ou turor, alface-d’água, uma espécie de convolvulus, e o jacinto-d’água sul-americano.
Norte da latitude 10° N ocorre um cinturão de savana espinhosa ou país arbustivo de pomar caracterizado por pequenos povoamentos de árvores dispersas, espinheiros, e – após a chuva – grama e ervas. Ao norte, no entanto, a chuva diminui e a vegetação afrouxa, de modo que o campo está salpicado de pequenos arbustos espinhosos, na sua maioria acácias. De Khartoum para o norte há um verdadeiro deserto, com chuvas escassas e irregulares e sem vegetação permanente, exceto por alguns arbustos atrofiados. As gramíneas e pequenas ervas podem estar espalhadas pelas linhas de drenagem após a chuva, mas estas morrem em poucas semanas. No Egipto a vegetação perto do Nilo é quase inteiramente resultado da irrigação e cultivo.
Muitas variedades de peixes são encontradas no sistema do Nilo. Notáveis entre aqueles encontrados no sistema do baixo Nilo são o poleiro do Nilo (que pode atingir um peso de mais de 175 libras), o bolti (uma espécie de tilápia), o barbo, várias espécies de peixe-gato, o peixe elefante-negro e o peixe tigre, ou leopardo-d’água. A maioria destas espécies e o Haplochromis sardinelike, o peixe-pulmão e o peixe-lama são encontrados tão a montante como o Lago Vitória. A enguia comum penetra até o sul como Khartoum, e a enguia espinhosa é encontrada no Lago Victoria.
Pintada especialmente para a Encyclopædia Britannica por Tom Dolan, sob a supervisão de Loren P. Woods, Chicago Natural History Museum
O crocodilo do Nilo, encontrado na maioria das partes do rio, ainda não penetrou nos lagos da bacia superior do Nilo. Outros répteis encontrados na bacia do Nilo incluem a tartaruga de casca mole, três espécies de lagarto monitor, e cerca de 30 espécies de cobras, das quais mais da metade são venenosas. O hipopótamo, outrora comum em todo o sistema do Nilo, é agora encontrado apenas na região de Al-Sudd e ao sul.
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Muitos cardumes de peixes que se alimentaram nas águas do Nilo no Egipto durante a época das cheias foram reduzidos ou desapareceram desde a construção da Barragem do Alto de Aswan. A maioria das espécies de peixes do Nilo eram migrantes, e a barragem tem impedido muitos de migrarem para o Lago Nasser. A diminuição do número de anchovas no Mediterrâneo oriental também tem sido atribuída à grave redução do fluxo de nutrientes transportados pela água, devido à barragem. O lago Nasser, no entanto, foi desenvolvido para uma pesca comercial, onde a perca do Nilo e outras espécies prosperam.