Na transcrição eucariótica dos mRNAs, os sinais terminadores são reconhecidos por fatores proteicos associados ao RNA polimerase II e que desencadeiam o processo de terminação. Uma vez transcritos os sinais de poli-A no mRNA, as proteínas de clivagem e fator de especificidade de poliadenilação (CPSF) e fator de estimulação de clivagem (CstF) se transferem do domínio terminal carboxil do RNA polimerase II para o sinal de poli-A. Estes dois fatores recrutam então outras proteínas no local para clivar a transcrição, liberando o mRNA do complexo de transcrição, e adicionam uma cadeia de cerca de 200 repetições A ao final de 3′ do mRNA em um processo conhecido como poliadenilação. Durante estas etapas de processamento, a polimerase do RNA continua a transcrever de várias centenas a alguns milhares de bases e eventualmente dissocia-se do DNA e da transcrição a jusante através de um mecanismo pouco claro; existem dois modelos básicos para este evento conhecidos como torpedo e modelos alostéricos.
Modelo de torpedoEditar
Após o mRNA ser completado e clivado na sequência de sinal poli-A, o fio de RNA restante (residual) permanece ligado ao modelo de ADN e à unidade de RNA polimerase II, continuando a ser transcrito. Após esta clivagem, uma chamada exonuclease liga-se ao cordão de RNA residual e remove os nucleotídeos transcritos recentemente, um de cada vez (também chamados de “degradando” o RNA), movendo-se em direção à RNA polimerase II ligada. Esta exonuclease é XRN2 (5′-3′ Exoribonuclease 2) em humanos. Este modelo propõe que a XRN2 degrada o RNA residual não ligado de 5′ para 3′ até chegar à unidade RNA pol II. Isto faz com que a exonuclease ‘empurre para fora’ a unidade RNA pol II à medida que passa por ela, terminando a transcrição enquanto também limpa o fio residual de RNA.
Similiar à terminação Rho-dependente, XRN2 dispara a dissociação do RNA polimerase II empurrando a polimerase para fora do modelo de DNA ou puxando o modelo para fora da polimerase de RNA. O mecanismo pelo qual isto acontece permanece, no entanto, pouco claro e foi desafiado a não ser a única causa da dissociação.
Para proteger o mRNA transcrito da degradação pela exonuclease, é adicionada uma tampa de 5′ ao fio. Esta é uma guanina modificada adicionada à frente do mRNA, que impede que o exonuclease se ligue e degrade o cordão de RNA. Uma cauda de 3′ de poli(A) é adicionada ao final de um fio de mRNA para proteção de outras exonucleases também.
Modelo alostéricoEditar
O modelo alostérico sugere que a terminação ocorre devido à mudança estrutural da unidade de polimerase do RNA após a ligação ou perda de algumas de suas proteínas associadas, fazendo com que ela se desprenda do fio de DNA após o sinal. Isto ocorreria após a unidade RNA pol II ter transcrito a seqüência do sinal de poli-A, que atua como um sinal terminador.
RNA polimerase é normalmente capaz de transcrever o DNA em mRNA de cadeia única de forma eficiente. Entretanto, ao transcrever sobre os sinais de poli-A no modelo de DNA, uma mudança conformacional é induzida na RNA polimerase a partir da perda proposta de proteínas associadas de seu domínio terminal carboxil. Esta mudança de conformação reduz a processabilidade da RNA polimerase tornando a enzima mais propensa a se dissociar de seu substrato de DNA-RNA. Neste caso, a terminação não é completada pela degradação do mRNA, mas sim mediada pela limitação da eficiência de alongamento da RNA polimerase e assim aumentando a probabilidade de que a polimerase se dissocie e termine seu ciclo atual de transcrição.